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标题: VND里怎么改分子类型 [打印本页]

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Author: Freesky 时间: 2020-5-11 15:48
标题: VND里怎么改分子类型
在VMD里直接得到的是球棍模型的形式，请问一下大家可以改成全是棍状的capped sticks的格式吗？

作者
Author: snljty 时间: 2020-5-11 16:53
Licorice

作者
Author: Freesky 时间: 2020-5-11 17:06

snljty 发表于 2020-5-11 16:53
Licorice

什么意思啊

作者
Author: snljty 时间: 2020-5-11 17:11
本帖最后由 snljty 于 2020-5-11 17:13 编辑

Freesky 发表于 2020-5-11 17:06
什么意思啊

mol modstyle 0 top Licorice或者
(, 下载次数 Times of downloads: 40)
(, 下载次数 Times of downloads: 56)

作者
Author: Freesky 时间: 2020-5-11 17:20

snljty 发表于 2020-5-11 17:11
mol modstyle 0 top Licorice或者

不是的，我的意思是要保持等值面，就像下面的这种

作者
Author: snljty 时间: 2020-5-11 17:31

Freesky 发表于 2020-5-11 17:20
不是的，我的意思是要保持等值面，就像下面的这种

你问题就没写清楚。默认就不是CPK的球棍模型，是Lines模型。你如果用的卢老师的RDG的脚本之类的，把.tcl或者.vmd脚本里的CPK改成Licorice就行了。其实这事非常简单，花一上午把VMD的Quick Start跑一遍就都知道了。不改脚本手动在GUI里面改也可以。

作者
Author: Freesky 时间: 2020-5-11 17:53

snljty 发表于 2020-5-11 17:31
你问题就没写清楚。默认就不是CPK的球棍模型，是Lines模型。你如果用的卢老师的RDG的脚本之类的，把.tcl ...

谢谢老师您的回复，可是我一把卢老师的.vmd文件里的CPK换成Licorice之后就直接闪退了，我也不太清楚这是为啥

作者
Author: snljty 时间: 2020-5-11 18:16
本帖最后由 snljty 于 2020-5-11 20:48 编辑

Freesky 发表于 2020-5-11 17:53
谢谢老师您的回复，可是我一把卢老师的.vmd文件里的CPK换成Licorice之后就直接闪退了，我也不太清楚这是 ...

后面参数不一样，也得改。我指的是改那一整行。CPK 1.000000都改成Licorice
对了还有，刚发现一个typo，是VMD不是VND

作者
Author: Freesky 时间: 2020-5-11 18:21

snljty 发表于 2020-5-11 18:16
后面参数不一样，也得改。我指的是改那一整行。CPK 1.000000都改成Licorice

明白啦，太谢谢老师您了

作者
Author: Freesky 时间: 2020-5-12 07:13

snljty 发表于 2020-5-11 18:16
后面参数不一样，也得改。我指的是改那一整行。CPK 1.000000都改成Licorice
对了还有，刚发现一个typo， ...

老师，我还有一个小问题，就是我画出来的图中各个地方的键太粗了，请问要改这个要怎么修改那个脚本文件啊？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-14 16:47

Freesky 发表于 2020-5-12 07:13
老师，我还有一个小问题，就是我画出来的图中各个地方的键太粗了，请问要改这个要怎么修改那个脚本文件啊 ...

representation里选licorice风格后会出现新的选项，直接就能设粗细。想知道设置粗细对应的命令，就选file - log tcl commands to console，然后修改粗细，看命令行窗口显示的对应的命令

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