计算化学公社

标题: MS计算晶格能选择分子的问题求助 [打印本页]

作者
Author: Freesky 时间: 2020-5-11 17:21
标题: MS计算晶格能选择分子的问题求助
在利用MS计算晶格能的时候，我是这样做的，首先扩展成超晶胞，然后计算超晶胞的能量，除以Z得到单个分子的能量，然后利用Forcite模块进行Dynamic松弛处理，然后取出松弛后的分子计算能量，把两者的差值作为晶格能，但是在选择松弛后的分子时发现选择不同位置的分子导致算出来的晶格能不太一致，请问这个是什么原因呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-11 21:54
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反映出帖子具体内容，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“MS计算晶格能”改了，以后务必注意

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-11 21:59
Z指代不明

没有“松弛”的说法，要么优化，要么动力学
你应当对单个分子在真空中进行MD计算，对MD过程的能量取平均当做分子孤立状态的能量，而不是对整个超胞做动力学然后取出某个分子来算它的能量。因此也没有所谓的分子的选取的问题

作者
Author: Freesky 时间: 2020-5-11 22:35

sobereva 发表于 2020-5-11 21:59
Z指代不明

没有“松弛”的说法，要么优化，要么动力学

老师，我又想了一下，这样的过程：先构建超胞，然后算其能量，除以Z，Z代表单个晶胞中的分子数，然后将超胞中的一个分子取出置于真空盒子中，计算其能量，两者的差值作为晶格能这样的想法对嘛？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-11 23:14
如果分子是柔性的，显然不能直接把分子拿出来光算个能量就完事。分子在实际真空中不可能一直保持晶体中的构象，这是为什么我强调要对单分子做动力学

作者
Author: Freesky 时间: 2020-5-12 06:25

sobereva 发表于 2020-5-11 23:14
如果分子是柔性的，显然不能直接把分子拿出来光算个能量就完事。分子在实际真空中不可能一直保持晶体中的构 ...

老师，那就是那部分差值的能量，再加上真空盒子中孤立分子做几何优化的能量变化这一部分能量，两者之和作为晶格能，这样就合理了，对嘛？

作者
Author: Freesky 时间: 2020-5-15 14:49

sobereva 发表于 2020-5-11 23:14
如果分子是柔性的，显然不能直接把分子拿出来光算个能量就完事。分子在实际真空中不可能一直保持晶体中的构 ...

老师，在真空种计算分子能量还需要加真空盒子吗

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-15 23:54

Freesky 发表于 2020-5-15 14:49
老师，在真空种计算分子能量还需要加真空盒子吗

这无所谓。如果设盒子，真空距离必须足够大避免和镜像相互作用。

作者
Author: Daisye 时间: 2022-1-21 17:18

sobereva 发表于 2020-5-11 23:14
如果分子是柔性的，显然不能直接把分子拿出来光算个能量就完事。分子在实际真空中不可能一直保持晶体中的构 ...

老师，想请问，对孤立分子做几何优化然后计算能量，代替做动力学求过程中能量的平均值，这样可以吗？
另外想问，对超胞做几何优化时，要优化晶胞参数吗？

作者
Author: Daisye 时间: 2022-1-21 20:57

sobereva 发表于 2020-5-11 23:14
如果分子是柔性的，显然不能直接把分子拿出来光算个能量就完事。分子在实际真空中不可能一直保持晶体中的构 ...

老师，想请问下，算孤立分子的能量时，可以做几何优化后算能量吗，而不用您提到的跑动力学的方法？另外还想请问，算晶胞的能量时，几何优化时要优化晶胞参数吗？谢谢老师~

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-21 23:17

Daisye 发表于 2022-1-21 20:57
老师，想请问下，算孤立分子的能量时，可以做几何优化后算能量吗，而不用您提到的跑动力学的方法？另外还 ...

本来这种问题没有特殊情况根本就不需要跑动力学，跑动力学才达不到目的

看具体目的。一般需要

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