计算化学公社

标题: 求助为小分子准备.gro文件和.top文件 [打印本页]

作者
Author: ahxb 时间: 2020-5-11 20:18
标题: 求助为小分子准备.gro文件和.top文件
各位坛友好，我在参照网上的教程用gromacs计算柱状分子A（主体）和氨基酸B（客体）的结合自由能时，在构建.gro文件和.top文件时遇到了一些问题。

我已经用gaussian16优化得到了主体和客体的结构。gromacs需要描述分子结构的PDB文件，我用gaussview将结构保存为PDB文件后，使用pdb2gmx产生.gro文件和.top文件，报出如下错误：
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Program: gmx pdb2gmx, version 2020
Source file: src/gromacs/gmxpreprocess/resall.cpp (line 557)

Fatal error:
Residue '' not found in residue topology database

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
-------------------------------------------------------

看起来像是gromacs不能处理gaussview保存的pdb文件。请问各位坛友，该怎么从gaussian16的优化结果得到用于gromacs计算的.gro文件和.top文件？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-11 22:08
显然不能直接用pdb2gmx搞，除非你自己往rtp里添加相应的残基。
该怎么做看
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）

作者
Author: ahxb 时间: 2020-5-12 22:09

sobereva 发表于 2020-5-11 22:08
显然不能直接用pdb2gmx搞，除非你自己往rtp里添加相应的残基。
该怎么做看
几种生成有机分子GROMACS拓扑 ...

社长你好，我根据您帖子里的推荐，使用LigParGen得到了使用OPLS-AA力场的.gro文件和.itp文件。在网上查阅资料后，我了解到.itp文件可以包含在.top文件里。请问如何用.itp文件编写.top文件？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-12 22:49
include进去就完了
但有时需要自行调整格式，了解gmx的拓扑文件基本规范就懂了，关键是要搞清楚字段顺序：

(, 下载次数 Times of downloads: 49)

作者
Author: narroto 时间: 2021-5-14 21:48

sobereva 发表于 2020-5-12 22:49
include进去就完了
但有时需要自行调整格式，了解gmx的拓扑文件基本规范就懂了，关键是要搞清楚字段顺序： ...

社长您好，请问有了分子的itp文件如何得到top文件，如何include，学生入门新手，还望社长解答

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-15 17:16

narroto 发表于 2021-5-14 21:48
社长您好，请问有了分子的itp文件如何得到top文件，如何include，学生入门新手，还望社长解答

简单情况自己手写，比如

(, 下载次数 Times of downloads: 55)

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