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标题: 求助：如何导出VMD中的原子连接关系 [打印本页]

作者
Author: ddls2017 时间: 2020-5-14 11:23
标题: 求助：如何导出VMD中的原子连接关系
本帖最后由 ddls2017 于 2020-5-14 11:31 编辑

请教各位老师，如何将VMD显示的每一帧轨迹中原子间的连接关系导出来？非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-14 14:39

(, 下载次数 Times of downloads: 20)

VMD并非对每一帧重新判断连接关系，除非用此文提及的脚本
VMD初始化文件(vmd.rc)我的推荐设置
http://sobereva.com/545（http://bbs.keinsci.com/thread-16834-1-1.html）

作者
Author: ddls2017 时间: 2020-5-14 15:21
谢谢社长!

我来按你的方法试一下

作者
Author: ddls2017 时间: 2020-5-16 09:39

sobereva 发表于 2020-5-14 14:39
VMD并非对每一帧重新判断连接关系，除非用此文提及的脚本
VMD初始化文件(vmd.rc)我的推荐设置
http ...

社长，还是有问题。我按你的方法改了初始脚本，导出来的mol2文件中有每一帧的坐标，但所有帧的连接关系都是VMD当前显示那一帧的，连接关系并没有随着帧号的变化而相应地改变（参见附件）。而我想要把所有帧的连接关系一次性导出来。 (, 下载次数 Times of downloads: 0)

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-17 03:29

ddls2017 发表于 2020-5-16 09:39
社长，还是有问题。我按你的方法改了初始脚本，导出来的mol2文件中有每一帧的坐标，但所有帧的连接关系 ...

上传较大文本文件前记得先压缩以节约论坛空间

我不知道你的脚本具体怎么写的。你先随便取几帧，单独生成只含相应单帧的mol2文件，如果连接关系不同，则每一帧都这么导出，最后合并一下

作者
Author: ddls2017 时间: 2020-5-17 10:32

sobereva 发表于 2020-5-17 03:29
上传较大文本文件前记得先压缩以节约论坛空间

我不知道你的脚本具体怎么写的。你先随便取几帧，单独生 ...

好的，社长，下次我会注意。
我用的初始化文件设置就是社长你推荐的。导出的mol2文件只给出Display中当前显示的那一帧的连接关系，只有显示哪一帧才能导出那一帧的连接关系。这样每一帧单独导出来再合并的话，工作量有点大啊，轨迹中都是几千几万帧。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-18 00:06

ddls2017 发表于 2020-5-17 10:32
好的，社长，下次我会注意。
我用的初始化文件设置就是社长你推荐的。导出的mol2文件只给出Display中当 ...

把对vmd_frame( )的变量的更新加入你的脚本里再试，这控制当前所在的帧号

作者
Author: ddls2017 时间: 2020-5-20 12:16

sobereva 发表于 2020-5-18 00:06
把对vmd_frame( )的变量的更新加入你的脚本里再试，这控制当前所在的帧号

多谢社长

，我来试试

作者
Author: 洁然不同 时间: 2022-1-16 03:10

sobereva 发表于 2020-5-14 14:39
VMD并非对每一帧重新判断连接关系，除非用此文提及的脚本
VMD初始化文件(vmd.rc)我的推荐设置
http ...

Sob老师，请问在CP2K中如何设置连接关系？就是我想把xyz文件中每相邻的六个原子设置为一个分子，在计算分子偶极矩时，让CP2K单独计算每个分子的偶极矩，然后跑MD求平均。目前在LOCALIZE MOLECULE_dipole中会计算所有原子的偶极矩，不知道如何修改，感觉是在TOPOLOGY部分修改，官网manual看不太懂。不知道我的意思，老师您是否理解了。

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