计算化学公社

标题: 求助GMX做产生相MD，每次跑300ps左右就出现报错 [打印本页]

作者
Author: Limk 时间: 2020-5-14 16:36
标题: 求助GMX做产生相MD，每次跑300ps左右就出现报错
各位老师好，我在NPT系综下做有机小分子的动力学模拟，每次跑200-300ps的时候就会出现类似下面的报错；我换了几个有机小分子的结构发现还是这样，请教一下老师这可能是什么原因造成的，应该如何解决，谢谢老师！

step 146300, will finish Thu May 14 15:37:10 2020
Step 146400, time 292.8 (ps)  LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 7.687456, max 1159.554810 (between atoms 31198 and 31222)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
  10949  10985 90.0 0.1086 0.1204    0.1086
  10980  11004 90.0 0.1086 0.1296    0.1086
  11624  11648 90.0 0.1086 0.1693    0.1086
  21898  21933 90.0 0.1086 0.7173    0.1086
  31198  31222  113.3 0.1086 126.0362    0.1086
  31199  31223 90.0 0.1086 0.4268    0.1086
  45661  45685 90.0 0.1086 0.6565    0.1086
  49382  49406 46.7 0.1086 0.1086    0.1086
  49502  49526 90.0 0.1086 5.8194    0.1086
  49503  49527 90.0 0.1086 0.4944    0.1086
Wrote pdb files with previous and current coordinates

step 146400, will finish Thu May 14 15:37:40 2020
Step 146401, time 292.802 (ps)  LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 8.099644, max 1211.111694 (between atoms 31198 and 31222)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
  10980  11004 75.3 0.1296 0.1086    0.1086
  11597  11631 90.0 0.1086 0.5089    0.1086
  11624  11648 90.0 0.1693 0.5337    0.1086
  18907  18931 90.0 0.1086 5.6817    0.1086
  31199  31223 90.0 0.4268 0.3273    0.1086
  31200  31224 90.0 0.1086 0.3283    0.1086
  45661  45685 83.6 0.6565  16.8640    0.1086
  49502  49526 90.0 5.8194 5.3910    0.1086
  49503  49527 90.0 0.4944 1.3198    0.1086
  49504  49528 90.0 0.1086 0.5947    0.1086
Wrote pdb files with previous and current coordinates

Step 146402, time 292.804 (ps)  LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 306.241394, max 46038.492188 (between atoms 11597 and 11631)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
  10980  11004 90.0 0.2050 0.1340    0.1086
  11597  11631 79.0 0.9605 4999.8882    0.1086
  11624  11648 90.0 1.0074 0.1720    0.1086
  18906  18930 47.4 0.2050 0.1086    0.1086
  18907  18931 90.0 10.7245 3.9039    0.1086
  18908  18932 90.0 0.2050 0.4538    0.1086
  19937  19961  162.9 0.2050 389.9985    0.1086
  31199  31223 90.0 0.6178 0.5894    0.1086
  31200  31224 90.0 0.6197 0.1184    0.1086
  49501  49525 37.6 0.2050 0.1086    0.1086
  49502  49526 90.0 10.1758 2.9861    0.1086
  49503  49527 90.0 2.4912 1.7305    0.1086
  49504  49528 90.0 1.1226 0.3891    0.1086
Wrote pdb files with previous and current coordinates
/tmp/slurmd/job3516762/slurm_script: line 7: 13862 Segmentation fault    gmx_mpi mdrun -v -deffnm prod

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-14 16:57
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt：

(, 下载次数 Times of downloads: 33)
(, 下载次数 Times of downloads: 22)

作者
Author: Limk 时间: 2020-5-14 17:20

sobereva 发表于 2020-5-14 16:57

好的，谢谢sob老师，我检查尝试下

作者
Author: nulibboy 时间: 2020-8-19 23:00
楼主请问你的问题解决了吗？怎么知道自己的力场和top文件对不对？

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2020-8-20 08:07
步长设为1fs试试

作者
Author: 肥力丝 时间: 2024-6-4 18:12

sobereva 发表于 2020-5-14 16:57

老师您好，我想请问关于LINCS崩溃的问题，我是在做一个体系不同温度下的模拟结果，经过100万步的能量最小化，10ns的NVT平衡和10ns的NPT平衡，然后2fs步长的MD模拟。330k下体系生产一切正常，350k下预平衡正常，md生产出现LINCS警告。我认为我的体系预平衡时间已经比较长了，体系结构应该比较合理，不明白这种警告还可以怎么修改。如果结构存在不合理的地方我应该怎么修改，是直接修改结构文件，还是加长平衡时间、减小步长，诚盼老师的回复！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-5 03:09

肥力丝发表于 2024-6-4 18:12
老师您好，我想请问关于LINCS崩溃的问题，我是在做一个体系不同温度下的模拟结果，经过100万步的能量最小 ...

http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)