计算化学公社

标题: AMBER18 | ERROR: I could not understand line 452 [打印本页]

作者
Author: hyr95 时间: 2020-5-14 17:57
标题: AMBER18 | ERROR: I could not understand line 452
老师，为什么我用新装的机子老报错呢？之前用超算跑过也没报错。
软件是amber18，这是min.out文件末尾

Here is the input file:

#Initial minimisation with the whole system fixed except solvent
&cntrl
imin=1, maxcyc=10000, ncyc=5000,ig = -1,irandom = 1,
cut=10.0, ntb=1, ntr=1,
restraint_wt=10.0,
restraintmask=':1-654'
/

Note: ig = -1. Setting random seed to 198028 based on wallclock time in
   microseconds and disabling the synchronization of random numbers
   between tasks to improve performance.
| irandom = 1, using AMBER's internal random number generator (default).

| ERROR: I could not understand line 452
ATOM 156  CA  GLY A  16    472.591  31.903 989.789  1.00 52.59          C

作者
Author: laoman 时间: 2020-5-14 18:17
在amber官网随便一搜就找到了类似的信息。应该是起始结构的坐标值太大导致的。参考：http://archive.ambermd.org/201310/0426.html

作者
Author: hyr95 时间: 2020-5-14 18:54

laoman 发表于 2020-5-14 18:17
在amber官网随便一搜就找到了类似的信息。应该是起始结构的坐标值太大导致的。参考：http://archive.amberm ...

那为什么之前用超算跑都可以？

作者
Author: hyr95 时间: 2020-5-14 20:29

laoman 发表于 2020-5-14 18:17
在amber官网随便一搜就找到了类似的信息。应该是起始结构的坐标值太大导致的。参考：http://archive.amberm ...

我按照您贴出来的链接，在min.in文件里加了iwrap=1，ntxo=2，依然报错，为什么呢？

作者
Author: laoman 时间: 2020-5-15 18:16

hyr95 发表于 2020-5-14 20:29
我按照您贴出来的链接，在min.in文件里加了iwrap=1，ntxo=2，依然报错，为什么呢？

这俩加上去并不能改变起始坐标，只是把pbc之外的原子wrap回box之内，ntxo=2应该是控制轨迹文件格式的选项？我觉得可以试试把初始结构align到PDB下载的结构，应该能把起始结构的坐标变小一点。至于为什么超算上可以跑起来，我是不明白的。

作者
Author: hyr95 时间: 2020-5-18 09:09
谢谢~

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