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标题: 关于高斯计算中反应条件的模拟应该怎么设置的问题 [打印本页]

作者
Author: kevin 时间: 2015-9-14 20:04
标题: 关于高斯计算中反应条件的模拟应该怎么设置的问题
想请教一个问题，我计算的是有机化学反应，如果加入溶剂模型，就可以理解为水溶液（或其他溶剂）中的反应（比如水解）,如果气态的反应呢，不加溶剂模型就好了么？但是，气态反应下的反应条件有很多种啊，这种简单的计算难道可以适用所有的反应条件么，比如加热的温度，反应的时间长短等。
不知道我描述清楚了我的问题了没有，谢谢各位老师指点

作者
Author: sobereva 时间: 2015-9-14 20:48
反应的时间长短这不是直接量化计算中体现出来的。反应时间长短这是宏观实验上的问题，量化算的是微观的、发生一次反应过程时的情况。至于加热的温度，怎么体现取决于具体考虑方式，比如做从头算动力学用更高的温度（更高的动能），过渡态/极小点那些计算则在振动分析的时候设定温度来在所得的热力学数据中体现。

作者
Author: kevin 时间: 2015-9-15 10:12

sobereva 发表于 2015-9-14 20:48
反应的时间长短这不是直接量化计算中体现出来的。反应时间长短这是宏观实验上的问题，量化算的是微观的、发 ...

恩恩，sob老师。量化计算的是基元反应，比如说两个例子 opt=(ts, calcfc, noeigentest) freq B3LYP/6-31G(d)和 opt=(ts, calcfc, noeigentest) freq B3LYP/6-31G(d) scrf=(scipcm,solvent=water)具体有什么不同呢，如果是同一个反应的话，比如吡喃式的葡萄糖开环的反应。这两种不同的写法，会有怎样的不同呢？就其中的一种而言，他是不是能代表很多很多条件的反应呢？如果是，是不是意味着同样的计算可以解释不同条件下，相同反应的的机理都是一样的呢？
问的感觉有点傻，但是就是转不过弯儿来

作者
Author: sobereva 时间: 2015-9-15 11:16

kevin 发表于 2015-9-15 10:12
恩恩，sob老师。量化计算的是基元反应，比如说两个例子 opt=(ts, calcfc, noeigentest) freq B3LYP/6-31 ...

后者写法就是使用SCIPCM隐式溶剂模型表现周围的水环境，这只是把水环境当做一个有特定介电常数的连续介质来考虑。这会影响反应的IRC中的结构、能量等方面。
但是隐式溶剂模型没法表现溶剂与溶质之间的强作用，比如溶剂对反应有很强的影响进而导致机理的改变（强氢键、质子转移等），隐式溶剂模型就体现不出来，得用显式溶剂模型，也就是计算过程中把溶剂分子明确地画出来让它能够直接参与反应过程的计算。

作者
Author: kevin 时间: 2015-9-15 14:22

sobereva 发表于 2015-9-15 11:16
后者写法就是使用SCIPCM隐式溶剂模型表现周围的水环境，这只是把水环境当做一个有特定介电常数的连续介 ...

恩恩，谢谢sob老师。那我提到的第一种计算 opt=(ts, calcfc, noeigentest) freq B3LYP/6-31 G(d)是不是对应的反应条件就很多了，就是不能明确针对一类反应了呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-9-15 14:38

kevin 发表于 2015-9-15 14:22
恩恩，谢谢sob老师。那我提到的第一种计算 opt=(ts, calcfc, noeigentest) freq B3LYP/6-31 G(d)是不是 ...

量化研究的是微观的，而你说的那些条件很多都是宏观的，对于宏观上的反应条件，有很多从微观的角度去计算本身就注定反映不出来。你写的关键词，对应的微观情况就是：体系被当成处于1atm 298.15K的理想气体，考察其中分子发生反应时的过渡态结构。

作者
Author: kevin 时间: 2015-9-15 15:37

sobereva 发表于 2015-9-15 14:38
量化研究的是微观的，而你说的那些条件很多都是宏观的，对于宏观上的反应条件，有很多从微观的角度去计 ...

嗯嗯，谢谢sob老师，这次我明白了

作者
Author: zhuxiaodiu 时间: 2015-9-17 16:16

sobereva 发表于 2015-9-15 11:16
后者写法就是使用SCIPCM隐式溶剂模型表现周围的水环境，这只是把水环境当做一个有特定介电常数的连续介 ...

显式溶剂模型，与隐式溶剂相比，对于gaussian输入部分的溶剂化模型有区别吗？我按照您的解释理解是显示溶剂和隐式溶剂的区别就是把溶剂分子明确画出，输入部分没有差别？对吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-9-17 20:00

zhuxiaodiu 发表于 2015-9-17 16:16
显式溶剂模型，与隐式溶剂相比，对于gaussian输入部分的溶剂化模型有区别吗？我按照您的解释理解是显示溶 ...

是的。

画了溶剂分子，而且还用了SCRF关键词用了隐式溶剂模型，具体称为杂化溶剂模型。一般你要是明确画出溶剂分子的时候都这样用。

作者
Author: zhuxiaodiu 时间: 2015-9-18 11:14

sobereva 发表于 2015-9-17 20:00
是的。

画了溶剂分子，而且还用了SCRF关键词用了隐式溶剂模型，具体称为杂化溶剂模型。一般你要是明确 ...

那写文章的时候，计算方法需要明确提出吗？您有相关文献参考吗？十分感谢 ~~

作者
Author: sobereva 时间: 2015-9-18 13:21

zhuxiaodiu 发表于 2015-9-18 11:14
那写文章的时候，计算方法需要明确提出吗？您有相关文献参考吗？十分感谢 ~~

你是指什么的计算方法？

文中计算细节部分总是要把计算方法进行说明的。

作者
Author: zhuxiaodiu 时间: 2015-9-18 15:41

sobereva 发表于 2015-9-18 13:21
你是指什么的计算方法？

文中计算细节部分总是要把计算方法进行说明的。

就是计算细节部分，使用显示溶剂模型或者是您说的杂化溶剂模型需要具体说明吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-9-18 23:00

zhuxiaodiu 发表于 2015-9-18 15:41
就是计算细节部分，使用显示溶剂模型或者是您说的杂化溶剂模型需要具体说明吗？

需要说明。但没必要非得用“显式溶剂模型”、“杂化溶剂模型”这样的词，只要你说你往体系里放置了水分子，目的是什么就行了。

作者
Author: zhuxiaodiu 时间: 2015-9-19 09:33

sobereva 发表于 2015-9-18 23:00
需要说明。但没必要非得用“显式溶剂模型”、“杂化溶剂模型”这样的词，只要你说你往体系里放置了水分子 ...

明白了谢谢~~

作者
Author: lastzealot 时间: 2015-9-24 09:43

sobereva 发表于 2015-9-15 11:16
后者写法就是使用SCIPCM隐式溶剂模型表现周围的水环境，这只是把水环境当做一个有特定介电常数的连续介 ...

受益了

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