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标题: 求助GROMACS计算MM/GBSA的步骤 [打印本页]

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Author: yogurt 时间: 2020-5-15 10:51
标题: 求助GROMACS计算MM/GBSA的步骤
请问有没有老师成功的做过gromacs生成的文件转换成Amber的格式计算MM/GBSA的？本人按照文献提到的方法进行尝试，总是失败，应该是格式转换的问题。或者哪位大神可以出一个教程帖子么？不胜感激。愿意有偿。

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2020-5-15 18:28
https://rashmikumari.github.io/g_mmpbsa/
https://www.sciencedirect.com/sc ... i/S0010465514003154

作者
Author: yogurt 时间: 2020-5-15 23:45

wuzhiyi 发表于 2020-5-15 18:28
https://rashmikumari.github.io/g_mmpbsa/
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0010465 ...

是计算MMGBSA，用AMBER的方法。谢谢您。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-16 00:23
1 mdp里把两个部分定义成两个能量组，mdrun结合-rerun过一遍之前的复合物轨迹，从edr文件里提取两部分之间的MM作用能
2 把复合物轨迹拆分成两个片段各自的并且生成对应的tpr（mdp里开启GB模型设置），对复合物和各片段的轨迹rerun一遍，从相应edr文件里提取整体和两个片段的GBSA模型的溶解自由能，求差得到结合过程的自由能变化

再把1和2相加即可

具体例子没时间写

作者
Author: yogurt 时间: 2020-5-17 11:46
谢谢sob老师，也就是说不用amber也是可以计算MMGBSA的，是么？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-21 08:15

yogurt 发表于 2020-5-17 11:46
谢谢sob老师，也就是说不用amber也是可以计算MMGBSA的，是么？

是，毕竟GROMACS <=2018版是支持GB模型的

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-11-17 13:30

sobereva 发表于 2020-5-21 08:15
是，毕竟GROMACS

那么从正常显式溶剂跑的轨迹里提取出来用GB rerun来计算说的通嘛

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-18 05:26

喵星大佬发表于 2021-11-17 13:30
那么从正常显式溶剂跑的轨迹里提取出来用GB rerun来计算说的通嘛

说得通

MMPBSA、MMGBSA通常也是那么做的

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