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标题: 大环共轭分子不会画 [打印本页]

作者
Author: lc00 时间: 2015-9-14 22:20
标题: 大环共轭分子不会画
要处理苯并噻吩，二苯并噻吩，以及甲基取代的二苯并噻吩的表面吸附问题。但是不会画这些分子，小弟使用medea建模。希望大神指导一下画这些分子的细节。 (, 下载次数 Times of downloads: 45)

作者
Author: sobereva 时间: 2015-9-14 22:23
最简单的方法，你在chemdraw里画出结构，然后复制粘贴到Chem3D里就有立体结构了。
gview绘制这样的结构也非常容易。

作者
Author: lc00 时间: 2015-9-14 22:36

sobereva 发表于 2015-9-14 22:23
最简单的方法，你在chemdraw里画出结构，然后复制粘贴到Chem3D里就有立体结构了。
gview绘制这样的结构也 ...

因为我要用medea-vasp算。能不能稍微讲讲，怎么直接在medea中建立这些分子的模型呢，比如分子片段拼凑，替换原子之类的手段。十分感谢哈！

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-9-15 08:22

lc00 发表于 2015-9-14 22:36
因为我要用medea-vasp算。能不能稍微讲讲，怎么直接在medea中建立这些分子的模型呢，比如分子片段拼凑， ...

medea没用过，要么就其他程序画完导入vesta，直接转化成poscar文件。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-9-15 11:23

lc00 发表于 2015-9-14 22:36
因为我要用medea-vasp算。能不能稍微讲讲，怎么直接在medea中建立这些分子的模型呢，比如分子片段拼凑， ...

用medea的人不多，我也没用过，你可以看看自带的help，商业程序的help一般都很详细，尤其是MS。

你在其它程序里建好结构，保存出medea能认的格式，再读进medea就行了。

作者
Author: liu_tiao 时间: 2015-9-18 21:40

sobereva 发表于 2015-9-15 11:23
用medea的人不多，我也没用过，你可以看看自带的help，商业程序的help一般都很详细，尤其是MS。

你在 ...

sob大神好。我在处理二苯并噻吩DBT在固体表面的吸附，反应的时候。因为用VASP对分子结构优化不熟悉，想请问一下您，在二苯并噻吩DBT结构优化后，怎么才能知道已经优化好了呢，是看其中的各个键长吗？（是不是有实验手段，可以测量其中的各个原子的键长呢，然后与优化的结构相比较）。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-9-18 23:03

liu_tiao 发表于 2015-9-18 21:40
sob大神好。我在处理二苯并噻吩DBT在固体表面的吸附，反应的时候。因为用VASP对分子结构优化不熟 ...

这个你在本论坛第一性原理版单独发个帖子吧，分类选VASP

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