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标题: gmx cluster的聚类问题怎么限制团簇数量 [打印本页]

作者
Author: yogurt 时间: 2020-5-17 20:57
标题: gmx cluster的聚类问题怎么限制团簇数量
我想使用gmx cluster命令进行聚类，从而获得pdb文件在VMD中进行展示，请问如何限制生成的pdb文件的数量呢？是通过-cutoff参数进行限制么？希望聚类成三个团簇就好，一个最好。哈哈。期待老师的解答，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-17 22:57
一个的话相当于根本就没做归簇
没法指定归出多少簇，得到的数目取决于cutoff，设得越大数目越少

作者
Author: yogurt 时间: 2020-5-18 12:52
本帖最后由 yogurt 于 2020-5-18 13:05 编辑

请问sob老师，我是想获得某一段轨迹中的具有代表性的构象，所以才做聚类。我看文献里面有represent的构象图，所以想在我的论文中也展示一下。那聚类获得pdb文件中如何查看每个团簇代表性的百分比？因为想挑选代表性高的构象。谢谢老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-21 08:18

yogurt 发表于 2020-5-18 12:52
请问sob老师，我是想获得某一段轨迹中的具有代表性的构象，所以才做聚类。我看文献里面有represent的构象图 ...

每个簇当中最有代表性的结构一起被输出为多帧文件cluster.pdb，可以通过VMD观看。“最有代表性”的结构是指簇中的与其它所有结构的平均RMSD值最小的结构。

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