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标题: Gromacs如何计算同组分子内的相互作用能？ [打印本页]

作者
Author: yuancheng 时间: 2020-5-17 21:46
标题: Gromacs如何计算同组分子内的相互作用能？
本帖最后由 yuancheng 于 2020-5-17 23:02 编辑

作为一名初学者，目前刚学会了gmx mdrun方法计算两个不同能量组之间的相互作用能，即如图所示*ndx中a与b之间的。

gmx energy命令后选取：21 Coul-SR:a-b、22 LJ-SR:a-b 两相数据作为短程库伦相互作用和短程范德华相互作用进行分析。

然而如果我还想继续分析a组中（310个原子代表5个分子）分子间的相互作用能时就遇到了一定的困难，之前我以为就是 17 Coul-SR:a-a 18 LJ-SR:a-a 两个数据，但是看到算出的结果明显感觉不对（正负号感觉都是错的），对于分子数少的我可以采取这个5个分子分别建一个ndx中的组，然后分别算出每一对的Coul-SR:a-b、LJ-SR:a-b最后进行加和得到总的。

但是如果我的a组中分子数是上百个的话，这种手动计算就显得非常耗时且容易出错，显得非常不现实。我也想到了可能可以用一些计算脚本来算，但是苦于能力有限还编写不了脚本。

我想请教的是：1、Coul-SR:a-a 和LJ-SR:a-a这种选项代表什么意思？2、如何便捷地计算同一个组内分子间的相互作用能？有没有类似的脚本可以参考呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-17 23:59
Coul-SR:a-a 和LJ-SR:a-a就是a组内的实空间计算的库仑作用和范德华作用，分子内和分子间的非键作用都包括

做MD的不会写脚本寸步难行，不会就赶紧学

作者
Author: lyj980317 时间: 2021-8-25 16:19
请问您的问题解决了吗？我也遇到了相同的问题。如果挨个建索引，工作内容太大了

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-8 06:15

lyj980317 发表于 2021-8-25 16:19
请问您的问题解决了吗？我也遇到了相同的问题。如果挨个建索引，工作内容太大了

看此文了解点脚本编写常识
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612（http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html）

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Author: 分子动力学初学 时间: 2022-9-26 08:07
学姐好，我想问下有AB的能量文件和A和B各自的能量文件，怎用使用gmx mdrun方法计算两个不同能量组之间的相互作用能啊，谢谢啦！

作者
Author: wanzongliang 时间: 2025-9-13 10:59

sobereva 发表于 2020-5-17 23:59
Coul-SR:a-a 和LJ-SR:a-a就是a组内的实空间计算的库仑作用和范德华作用，分子内和分子间的非键作用都包括
...

请问sob老师这个实空间是考虑到组分和其周围环境的影响吗，因为我计算的离子液体，计算组分内正离子之间的相互作用出现了负值的情况，不知道这是不是有可能出现的情况？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-13 23:42

wanzongliang 发表于 2025-9-13 10:59
请问sob老师这个实空间是考虑到组分和其周围环境的影响吗，因为我计算的离子液体，计算组分内正离子之间 ...

Ewald及其变体诸如PME，算的静电作用是考虑到无穷远距离的，是实空间部分和倒易空间部分之和，只有实空间部分才能做组的分解。“实空间”和“周围环境”概念上没直接联系

作者
Author: wanzongliang 时间: 2025-9-15 08:42

sobereva 发表于 2025-9-13 23:42
Ewald及其变体诸如PME，算的静电作用是考虑到无穷远距离的，是实空间部分和倒易空间部分之和，只有实空间 ...

好的感谢sob老师

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Author: 小熊的立可白 时间: 2025-10-25 16:50

wanzongliang 发表于 2025-9-13 10:59
请问sob老师这个实空间是考虑到组分和其周围环境的影响吗，因为我计算的离子液体，计算组分内正离子之间 ...

你好，请问这个问题解决了吗？我也是在溶液环境中，整体带正电的离子组分的Coul-SR 、 LJ-SR 都是负值，这是正常的吗？

作者
Author: wanzongliang 时间: 2025-11-5 14:45

小熊的立可白发表于 2025-10-25 16:50
你好，请问这个问题解决了吗？我也是在溶液环境中，整体带正电的离子组分的Coul-SR 、 LJ-SR 都是负值， ...

我没有找到这个问题的原因，我自己写了分析脚本计算电荷之间的相互作用得到的结果是预想的结果

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