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标题: 请教一些PLUMED中SMD的设置 [打印本页]

作者
Author: asbel 时间: 2020-5-17 23:41
标题: 请教一些PLUMED中SMD的设置
最近在研究用PLUMED+GMX跑SMD，基础和英语比较弱。比较多问题想请教一下大家

  1. 怎么设置拉伸速度？比如说把距离从1拉伸到2。一开始以为拉伸速度是 (2-1)/STEP1，但跑起来似乎不像。
   我想设定速度为0.05nm/s，该怎么设置
   STEP0=0             AT0=1  KAPPA0=10.0
   STEP1=10000000 AT1=2

  2. 有个叫VERSE的选项，意思看得不是不懂
   VERSE (default=B)Tells plumed whether the restraint is only acting for CV larger (U) or smaller (L) than the restraint or whether it is acting on both sides (B).
   是不是说设定为U时，CV大于设定的距离才会受到力的作用，L则相反？

3. VERSE选项教程相应的例子如下，是不是说把原子1和2拉近，该距离在大于1的时候才会受到力的作用？

   The following input is progressively bringing atoms 1 and 2 close to each other with an upper wall
            DISTANCE ATOMS=1,2 LABEL=d1
            MOVINGRESTRAINT ...
            ARG=d1
            VERSE=U
            STEP0=0 AT0=1.0 KAPPA0=10.0
            STEP1=1000 AT1=0.0
         ...MOVINGRESTRAINT

作者
Author: 那年冬天风在吹 时间: 2024-8-24 11:00
请问研究出来了吗？

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