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标题: 吸附构型遇到几何优化失败怎么办？ [打印本页]

作者
Author: mutousong 时间: 2020-5-18 15:38
标题: 吸附构型遇到几何优化失败怎么办？
按照文献指导进行吸附模型构建，Li2S吸附在VS（100）表面，底面三层原子固定，上面两层原子驰预，优化后提示失败，请问如何解决？另外，优化后吸附物表层原子位置变动较大，这正常吗？与不加U有关系吗？敬请前辈不吝赐教。
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------------------------------------------------------------------------ <-- SCF
SCF loop    Energy          Fermi          Energy gain    Timer <-- SCF
                           energy       per atom       (sec) <-- SCF
------------------------------------------------------------------------ <-- SCF
Initial  -1.35962606E+005  0.00000000E+000                   203648.73  <-- SCF
   1  -1.35962654E+005  2.28017968E+000 3.93317282E-004  203761.92  <-- SCF
   2  -1.35962689E+005  2.28013967E+000 2.82314393E-004  203870.72  <-- SCF
   3  -1.35963007E+005  2.27565991E+000 2.58305329E-003  203976.27  <-- SCF
   4  -1.35962605E+005  2.27906894E+000  -3.26360394E-003  204079.34  <-- SCF
   5  -1.35962669E+005  2.27844641E+000 5.22042033E-004  204183.95  <-- SCF
   6  -1.35962663E+005  2.27904363E+000  -5.08605517E-005  204281.08  <-- SCF
   7  -1.35962661E+005  2.27904783E+000  -1.77860739E-005  204376.30  <-- SCF
   8  -1.35962663E+005  2.27883054E+000 1.42454097E-005  204456.86  <-- SCF
   9  -1.35962663E+005  2.27882070E+000  -1.80093426E-006  204528.23  <-- SCF
   10  -1.35962663E+005  2.27890780E+000 5.19241142E-007  204587.95  <-- SCF
   11  -1.35962663E+005  2.27901868E+000 3.98157257E-007  204646.75  <-- SCF
------------------------------------------------------------------------ <-- SCF

Final energy, E          =  -135962.2513790    eV
Final free energy (E-TS) =  -135962.6626257    eV
(energies not corrected for finite basis set) 是基组选择不合适吗？

NB est. 0K energy (E-0.5TS)    =  -135962.4570023    eV

作者
Author: mutousong 时间: 2020-5-20 11:01
@卡开发发前辈看了好多您就ms问题的回复，您能就这个问题帮我解答一下吗？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-5-20 13:01

mutousong 发表于 2020-5-20 11:01
@卡开发发前辈看了好多您就ms问题的回复，您能就这个问题帮我解答一下吗？

计算细节不太明确，可以多给点信息。另外V体系可能DFT+U会有些影响。

作者
Author: mutousong 时间: 2020-5-21 07:51

卡开发发发表于 2020-5-20 13:01
计算细节不太明确，可以多给点信息。另外V体系可能DFT+U会有些影响。

(, 下载次数 Times of downloads: 67) (, 下载次数 Times of downloads: 45) (, 下载次数 Times of downloads: 43) (, 下载次数 Times of downloads: 45)
这是设置，附件为计算结果。谢谢您！

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-5-21 09:20
我觉得可能是磁性问题（参考https://materialsproject.org/materials/mp-1214/）

作者
Author: gswylq 时间: 2020-5-21 12:20
MS管就是这样，我算过。

作者
Author: mutousong 时间: 2020-5-21 13:16

卡开发发发表于 2020-5-21 09:20
我觉得可能是磁性问题（参考https://materialsproject.org/materials/mp-1214/）

好的谢谢。

作者
Author: mutousong 时间: 2020-6-2 12:31

卡开发发发表于 2020-5-21 09:20
我觉得可能是磁性问题（参考https://materialsproject.org/materials/mp-1214/）

卡开发发老师，我考虑磁性之后优化结构，结构变形如右，且没有优化成功，您可以帮忙看看是什么原因吗？
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SCF loop    Energy          Fermi          Energy gain    Timer <-- SCF
                           energy       per atom       (sec) <-- SCF
------------------------------------------------------------------------ <-- SCF
Initial  -5.47509756E+004  0.00000000E+000                   194290.69  <-- SCF
   1  -5.47182817E+004  2.80100252E-002  -6.41057544E-001  194776.66  <-- SCF
   2  -5.47231605E+004  6.95074379E-002 9.56627504E-002  195318.97  <-- SCF
   3  -5.47187828E+004  5.22532711E-002  -8.58376823E-002  195910.86  <-- SCF
************************************************************************
The memory required for this calculation exceeds machine capacity.
         Unable to continue. Run will be ABORTED.（任务优化未成功可能是核不够，但为啥结构变化那么大？）
Suggestions:
   Check the run setup is reasonable; in particular cell dimensions,
   number of atoms, plane wave cutoff all affect memory consumption.

作者
Author: mutousong 时间: 2020-6-2 12:42

卡开发发发表于 2020-5-21 09:20
我觉得可能是磁性问题（参考https://materialsproject.org/materials/mp-1214/）

在结构优化时选择了
Converting to higher symmetry will significantly improve the speed of this calculation.
If you want to make this conversion choose Yes.
If you want to proceed with P1 symmetry choose No.
里的yes

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-6-2 14:41

mutousong 发表于 2020-6-2 12:42
在结构优化时选择了
Converting to higher symmetry will significantly improve the speed of this cal ...

表面体系对称性还是不要用了吧，M$对二维结构的对称性没法识别。

作者
Author: mutousong 时间: 2020-6-3 10:45

卡开发发发表于 2020-6-2 14:41
表面体系对称性还是不要用了吧，M$对二维结构的对称性没法识别。

非常感谢您，我再试试的。

作者
Author: mutousong 时间: 2020-6-3 12:24

卡开发发发表于 2020-6-2 14:41
表面体系对称性还是不要用了吧，M$对二维结构的对称性没法识别。

(, 下载次数 Times of downloads: 38) 再麻烦您一下，castep里我打算先优化超胞再吸附分子，但超胞优化完和吸附了分子之后结构如两个图右边，我想得到的是图里左边那种构型，您指点我一下，万分感谢。
(, 下载次数 Times of downloads: 56)

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-6-3 17:11

mutousong 发表于 2020-6-3 12:24
再麻烦您一下，castep里我打算先优化超胞再吸附分子，但超胞优化完和吸附了分子之后结构如两个图右边，我 ...

提交的时候提示使用对称性的时候选No

作者
Author: mutousong 时间: 2020-6-4 08:15

卡开发发发表于 2020-6-3 17:11
提交的时候提示使用对称性的时候选No

嗯嗯好的十分感谢

作者
Author: mutousong 时间: 2020-12-29 08:55

卡开发发发表于 2020-5-20 13:01
计算细节不太明确，可以多给点信息。另外V体系可能DFT+U会有些影响。

卡开发发老师您好，请教您一个问题。金属切面建真空扩胞后，我对所有原子都进行了full relax。然后将上模型底下几层固定作为吸附质对锂化硫进行表面吸附，吸附构型优化时看到吸附质表层原子位置变动较大，想问问您这种情况我是否需要对吸附质表层原子进行x y坐标固定？我看好多文献在优化吸附构型后表层原子位置变化并不大。（计算过程已经考虑dft+u，且吸附质无磁性）

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-12-29 13:09

mutousong 发表于 2020-12-29 08:55
卡开发发老师您好，请教您一个问题。金属切面建真空扩胞后，我对所有原子都进行了full relax。然后将上模 ...

不应该固定上表面，有些表面可能本身就不是很稳定，会发生重构。

作者
Author: mutousong 时间: 2020-12-29 18:27

卡开发发发表于 2020-12-29 13:09
不应该固定上表面，有些表面可能本身就不是很稳定，会发生重构。

我看文献给出的吸附稳定结构几乎没有变形，我现在相当于在重复文献的工作。您意思是计算吸附能及吸附机理这方面不能固定上表面是吧？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-12-29 23:36

mutousong 发表于 2020-12-29 18:27
我看文献给出的吸附稳定结构几乎没有变形，我现在相当于在重复文献的工作。您意思是计算吸附能及吸附机理 ...

对，看看是否有模型和设置不合理的，欢迎一块讨论。

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