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标题: TPPMKTOP生成NH3分子的itp文件的疑问 [打印本页]

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Author: 夜夜衣 时间: 2020-5-19 10:28
标题: TPPMKTOP生成NH3分子的itp文件的疑问
本帖最后由夜夜衣于 2020-5-19 11:33 编辑

各位老师，我用TPPMKTOP网站生成了NH3的top文件，如图一所示，，然后模拟总是报lincs错误，检查发现键参数有问题，网站生成的Kb和Ka是文献给出的两倍。然后这个top文件我就不敢用了，因为里面还定义了二面角，NH3中为什么会有二面角？我将二面角这部分的定义直接删除（ 2 3 1 4 1 improper_Z_N_X_Y），好像grompp也不报错。我目前有几个工作已经是用带二面角这个定义算了的，这个对我的计算会有影响吗？文献中也没看到有定义二面角的地方。谢谢各位老师！

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