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标题: 求助:vasp找过渡态只有一个虚频，但虚频太小可以吗 [打印本页]

作者
Author: reedfy 时间: 2020-5-19 14:39
标题: 求助:vasp找过渡态只有一个虚频，但虚频太小可以吗
各位大佬，第一次算过渡态，用的CLNEB，EDIFF = 1E-5 , EDIFFG = -0.03 ,IOPT = 1 。因为反应物和生成物结构变化较大，dist.pl值为8点多，插了6个点，经计算已经收敛。
把能量最高，同时切向力(-0.001305)也最小的 image(04) 拿出来计算频率。表面有H2O 和SO2，这6个原子放开，其它固定，结果如下：
1 f  =  112.533585 THz 707.069365 2PiTHz 3753.716215 cm-1 465.401663 meV
2 f  =  104.601776 THz 657.232341 2PiTHz 3489.139564 cm-1 432.598327 meV
3 f  = 48.006030 THz 301.630780 2PiTHz 1601.308734 cm-1 198.537051 meV
4 f  = 37.455764 THz 235.341506 2PiTHz 1249.389762 cm-1 154.904644 meV
5 f  = 30.981523 THz 194.662648 2PiTHz 1033.432327 cm-1 128.129325 meV
6 f  = 19.789752 THz 124.342678 2PiTHz  660.115049 cm-1 81.843865 meV
7 f  = 14.752089 THz 92.690109 2PiTHz  492.076705 cm-1 61.009758 meV
8 f  = 13.766939 THz 86.500228 2PiTHz  459.215637 cm-1 56.935503 meV
9 f  = 10.327111 THz 64.887155 2PiTHz  344.475349 cm-1 42.709515 meV
  10 f  = 6.026637 THz 37.866478 2PiTHz  201.026970 cm-1 24.924177 meV
  11 f  = 5.061159 THz 31.800202 2PiTHz  168.822097 cm-1 20.931280 meV
  12 f  = 3.329710 THz 20.921186 2PiTHz  111.067173 cm-1 13.770579 meV
  13 f  = 3.061645 THz 19.236880 2PiTHz  102.125466 cm-1 12.661949 meV
  14 f  = 2.578511 THz 16.201265 2PiTHz 86.009880 cm-1 10.663870 meV
  15 f  = 1.663230 THz 10.450380 2PiTHz 55.479369 cm-1    6.878568 meV
  16 f  = 1.544972 THz    9.707343 2PiTHz 51.534704 cm-1    6.389491 meV
  17 f  = 0.884655 THz    5.558450 2PiTHz 29.508907 cm-1    3.658639 meV
  18 f/i= 1.211955 THz    7.614936 2PiTHz 40.426456 cm-1    5.012243 meV

mep.eps图如下：
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中间几个点是比较平缓的，是因为这个虚频才比较小吗，这样找出的过渡态是正确的吗？
先谢谢各位大神了

作者
Author: 朱陈 时间: 2020-5-19 20:09
可以用Jmol查看振动的方向，如果对应于生成物和反应物的方向，那应该就是你找的过渡态，否则就不是。

作者
Author: reductioncat. 时间: 2020-5-22 11:31
虚频40.426456 cm-1 太小了不知道你是什么过程不太可能是TS对应的f/i。关于频率的visualization 楼上已经说得很清楚了。我补充一点就是 TS 算出来的虚频可以直接看出来里面有没有涉及成键比如 C-C 单键成键断键的虚频应该在 1000 cm-1 左右。 O-H 是在500。但是这个数字不是固定要随着你的体系而波动变化。各人根据自己体系算多了会有一个感觉。但是总体idea 就是 f/i 的数字能反映 TS 中成断键的过程。建议你看看6-9的结构哪一个最接近 TS 然后做 DIMER 再找一下过渡态。

作者
Author: reedfy 时间: 2020-5-22 20:21

reductioncat. 发表于 2020-5-22 11:31
虚频40.426456 cm-1 太小了不知道你是什么过程不太可能是TS对应的f/i。关于频率的visualization 楼上 ...

好的，多谢

作者
Author: Lilunjisuan 时间: 2023-6-6 11:24

reductioncat. 发表于 2020-5-22 11:31
虚频40.426456 cm-1 太小了不知道你是什么过程不太可能是TS对应的f/i。关于频率的visualization 楼上 ...

你好，我想问一下，怎么知道其他两种原子间成断键的虚频数值大概是是多少呢？（你列举了C-C O-H）

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