标题: 求助gmx pairdist命令的使用问题 [打印本页] 作者Author: yogurt 时间: 2020-5-19 14:46 标题: 求助gmx pairdist命令的使用问题 我想计算蛋白质中两条链之间的contact interface，请问能不能使用gmx pairdist命令设定cutoff为0.4纳米计算两条链所有残基的原子之间的距离，然后确定两条链之间的距离。贴上文献中的原话：A residue is considered as part of the interface if one of its atoms is within 4Å from any atom of the other partnerin at least 30% of the 10,000 MD simulation frames. 作者Author: sobereva 时间: 2020-5-20 00:14
-refgrouping和-selgrouping接上res，可以分别把ref和sel组划分成残基，从而得到两个组间每对残基间最小/最大距离随时间的变化。之后结合自己写的脚本进行统计最小距离有百分之多少小于判断阈值，就可以得到满足文中说的判断条件的残基对。