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标题: 在linux系统下怎么安装amber tools20呢？ [打印本页]

作者
Author: caroline 时间: 2020-5-19 16:19
标题: 在linux系统下怎么安装amber tools20呢？
在linux系统下怎么安装amber tools20呢？

作者
Author: puzhongji 时间: 2020-5-19 16:55
第一步，下载
http://bbs.keinsci.com/thread-307-1-1.html
到这个帖子下载ambertools20
第二步，安装
http://bbs.keinsci.com/thread-311-1-1.html
http://bbs.keinsci.com/thread-16999-1-1.html
根据这两个帖子安装

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-19 23:44
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反映出帖子具体内容，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“ambertools20的安装”改了，以后务必注意

作者
Author: 乙酰胞壁酸 时间: 2020-6-18 09:34
ambertool20的安装应该和18基本没有区别
可以参考知乎https://zhuanlan.zhihu.com/p/62141031

作者
Author: hhhnano 时间: 2020-6-18 11:59
Amber20和以前版本安装有很大差别，且自动生成安装目录amber20,安装文件采用cmake_run文件安装，每部安装要设置其中的参数，这两天刚装好，采用官方提供的benchmark验证成功：

tar xvf Amber20.tar.bz2
tar xvf AmberTools20.tar.bz2
export AMBERHOME=/home/user/amber2020/amber20_src

一、串行安装
cd amber20_src/build
# optional: edit the run_cmake script to make any needed changes;
# most users should not need to do this
./run_cmake
# Next, build and install the code:
make install

source /home/xzhfood/amber2020/amber20/amber.sh

cd $AMBERHOME
make test.serial

二、并行安装
#compile the parallel (MPI)

cd $AMBERHOME/AmberTools/src
./configure_mpich gnu
You must download MPICH and extract it here
(for example, type 'tar xvfz mpich-3.3.2.tar.gz')
tar xvf mpich-3.3.tar.gz

cd /home/user/amber2020/amber20_src/build
# edit the run_cmake script to set -DMPI=TRUE
./run_cmake
make install

source /home/user/amber2020/amber20/amber.sh

# To run tests: Note the value below may depend on your MPI implementation
export DO_PARALLEL="mpirun -np 28"
cd $AMBERHOME
source amber.sh
make test.parallel
# Note, some tests, like the replica exchange tests, require more
# than 2 threads, so we suggest that you test with either 4 or 8
# threads as well
export DO_PARALLEL="mpirun -np 4"
make test.parallel

三、单GPU安装
Building and Testing the GPU code

export CUDA_HOME=/usr/local/cuda-9.2
cd build

# edit the run_cmake script to set -DCUDA=TRUE (you should also be using the GNU compilers here)
./run_cmake
make install

cd $AMBERHOME
export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0
make test.cuda.serial
(choose the GPU id you wish to test)

四、多GPU安装
Building pmemd.cuda.MPI

cd build
# edit the run_cmake script to have -DMPI=TRUE -DCUDA=TRUE
./run_cmake
make install

cd $AMBERHOME
export DO_PARALLEL="mpirun -np 28" # for bash/sh
make test.cuda.parallel

作者
Author: caroline 时间: 2020-6-22 14:48

hhhnano 发表于 2020-6-18 11:59
Amber20和以前版本安装有很大差别，且自动生成安装目录amber20,安装文件采用cmake_run文件安装，每部安装要 ...

那您是用anaconda安装的还是用conda安装的呢

作者
Author: blueken 时间: 2020-7-18 13:11

hhhnano 发表于 2020-6-18 11:59
Amber20和以前版本安装有很大差别，且自动生成安装目录amber20,安装文件采用cmake_run文件安装，每部安装要 ...

conda安装的amber20是二进制版本是吧？需要mpi和gpu版本需要source编译是吧，Amber20.tar没找到哪里可以下。。。。

作者
Author: caroline 时间: 2020-7-23 10:07

blueken 发表于 2020-7-18 13:11
conda安装的amber20是二进制版本是吧？需要mpi和gpu版本需要source编译是吧，Amber20.tar没找到哪里可以 ...

amber20这部分是需要购买的

作者
Author: huangjin 时间: 2020-8-15 22:49
谁能出一个AmberTools20的安装教程呀？小白没有安装成功

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-17 08:48

huangjin 发表于 2020-8-15 22:49
谁能出一个AmberTools20的安装教程呀？小白没有安装成功

照着手册里说的装，有具体问题贴报错，或者google搜

作者
Author: tanshy 时间: 2020-10-23 19:23
求问大神，并行安装make install出现这个报错：
[ 68%] Linking CXX shared library libcpptraj_mpi.so
/usr/bin/ld: /usr/local/lib/libpnetcdf.a(file.o): relocation R_X86_64_PC32 against symbol `ompi_mpi_info_null' can not be used when making a shared object; recompile with -fPIC
/usr/bin/ld: final link failed: Bad value
collect2: error: ld returned 1 exit status
make[2]: *** [AmberTools/src/cpptraj/src/CMakeFiles/libcpptraj_mpi.dir/build.make:986: AmberTools/src/cpptraj/src/libcpptraj_mpi.so] Error 1
make[1]: *** [CMakeFiles/Makefile2:6724: AmberTools/src/cpptraj/src/CMakeFiles/libcpptraj_mpi.dir/all] Error 2
make: *** [Makefile:152: all] Error 2

作者
Author: tanshy 时间: 2020-10-23 21:27

hhhnano 发表于 2020-6-18 11:59
Amber20和以前版本安装有很大差别，且自动生成安装目录amber20,安装文件采用cmake_run文件安装，每部安装要 ...

求问老师在并行安装时出现如下报错，是什么原因？

[ 68%] Linking CXX shared library libcpptraj_mpi.so
/usr/bin/ld: /usr/local/lib/libpnetcdf.a(file.o): relocation R_X86_64_PC32 against symbol `ompi_mpi_info_null' can not be used when making a shared object; recompile with -fPIC
/usr/bin/ld: final link failed: Bad value
collect2: error: ld returned 1 exit status
make[2]: *** [AmberTools/src/cpptraj/src/CMakeFiles/libcpptraj_mpi.dir/build.make:986: AmberTools/src/cpptraj/src/libcpptraj_mpi.so] Error 1
make[1]: *** [CMakeFiles/Makefile2:6724: AmberTools/src/cpptraj/src/CMakeFiles/libcpptraj_mpi.dir/all] Error 2
make: *** [Makefile:152: all] Error 2

作者
Author: hangmint 时间: 2021-4-8 18:52
看你的发行版了，官方文档上面写的有，我用的是manjaro是arch系的，我遇到的是ambertools依赖于gcc9,不过官方源里移除了gcc9,目前是gcc10,解决的办法是，去aur源下载gcc9的源码，用gcc10编译，然后再用yay安装yay install ambertools，对了还有一个包需要到官网上下载，然后哦放到home目录下的.cache/yay/下面。

作者
Author: hangmint 时间: 2021-4-8 18:55

blueken 发表于 2020-7-18 13:11
conda安装的amber20是二进制版本是吧？需要mpi和gpu版本需要source编译是吧，Amber20.tar没找到哪里可以 ...

官网，我当时也是缺少一个tar包，结果发现取官网下载哪里填好信息之后，可以下载

作者
Author: sharslve 时间: 2021-6-27 21:40
你好，请问有amber的安装包吗？我申请了但是没申请下来。

作者
Author: abin 时间: 2021-6-27 22:08
AmberTools 是免费的。
Amber核心，是付费的。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-1 05:41

sharslve 发表于 2021-6-27 21:40
你好，请问有amber的安装包吗？我申请了但是没申请下来。

Amber本来就不是能免费申请的
分清楚Amber和AmberTools

作者
Author: sharslve 时间: 2021-7-9 10:32

sobereva 发表于 2021-7-1 05:41
Amber本来就不是能免费申请的
分清楚Amber和AmberTools

谢谢回复，我已经申请到Amber20了，中国的可以发邮件免费申请，就是时间比较久，申请到批准到发下载地址总共花了两个星期左右。

作者
Author: scfslyzkf 时间: 2021-8-3 17:54

hhhnano 发表于 2020-6-18 11:59
Amber20和以前版本安装有很大差别，且自动生成安装目录amber20,安装文件采用cmake_run文件安装，每部安装要 ...

官方的教程，步骤看上去很简单，但是编译起来经常出错，也没有给出相应环境变量配置的详细解释。
从miniconda装二进制版相对简单的多，但是不能并行，也是一个问题。

作者
Author: 494085639 时间: 2021-11-25 09:16

hhhnano 发表于 2020-6-18 11:59
Amber20和以前版本安装有很大差别，且自动生成安装目录amber20,安装文件采用cmake_run文件安装，每部安装要 ...

你好想问下在哪里可以下载到两个压缩包?

作者
Author: snljty 时间: 2021-11-25 09:51

494085639 发表于 2021-11-25 09:16
你好想问下在哪里可以下载到两个压缩包?

AmberTools21官网直接能下。Amber20现在对北美西欧霓虹以外的地方学术机构开源免费，但是需要自己去发邮件申请。申请方式自己看官网。

作者
Author: 聂佳伟 时间: 2021-12-3 22:37
新人不能去下载网址下载

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-24 03:01

聂佳伟发表于 2021-12-3 22:37
新人不能去下载网址下载

不可能不能下
不能下说清楚怎么不能下

作者
Author: azero 时间: 2022-1-28 20:29

hhhnano 发表于 2020-6-18 11:59
Amber20和以前版本安装有很大差别，且自动生成安装目录amber20,安装文件采用cmake_run文件安装，每部安装要 ...

解压文件夹名称是amber20_src，安装在amber文件夹，
安装完能删掉amber20_src文件夹么，
export AMBERHOME=/home/user/amber2020/amber20_src 这句搞得不敢删掉amber20_src文件夹

这文件夹挺大的

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-2-21 12:55
我是在./run cmake阶段出现了这样的错误，请问该怎么处理呢？
Could NOT find Readline (missing: READLINE_INCLUDE_DIR READLINE_LIBRARY READLINE_WORKS)
CMake Error at cmake/3rdPartyTools.cmake:84 (message):
  3rd party program readline is not bundled and cannot be built inside Amber.
Call Stack (most recent call first):
  cmake/3rdPartyTools.cmake:189 (set_3rdparty)
  CMakeLists.txt:190 (include)

-- Configuring incomplete, errors occurred!
See also "/nh/amber20_src/build/CMakeFiles/CMakeOutput.log".
See also "/nh/amber20_src/build/CMakeFiles/CMakeError.log".

If the cmake build report looks OK, you should now do the following:

make install
source /nh/amber20/amber.sh

Consider adding the last line to your login startup script, e.g. ~/.bashrc

作者
Author: Santz 时间: 2022-2-24 18:40

uenh1998 发表于 2022-2-21 12:55
我是在./run cmake阶段出现了这样的错误，请问该怎么处理呢？
Could NOT find Readline (missing: READLIN ...

sudo yum install readline readline-devel -y

作者
Author: robert2005 时间: 2022-3-31 10:01

hhhnano 发表于 2020-6-18 11:59
Amber20和以前版本安装有很大差别，且自动生成安装目录amber20,安装文件采用cmake_run文件安装，每部安装要 ...

export AMBERHOME=/home/user/amber2020/amber20_src

一、串行安装
cd amber20_src/build
# optional: edit the run_cmake script to make any needed changes;
# most users should not need to do this
./run_cmake
# Next, build and install the code:
make install

source /home/xzhfood/amber2020/amber20/amber.sh

cd $AMBERHOME
make test.serial
第一行export路径是不是错了啊，我看最后cd $AMBERHOME不是第一行export的路径啊？

作者
Author: robert2005 时间: 2022-3-31 10:04
按照手册装貌似并行总是失败啊，无法安装并行版啊？哪位大神并行版安装成功了啊？

作者
Author: robert2005 时间: 2022-3-31 10:08
二、并行安装
#compile the parallel (MPI)

cd $AMBERHOME/AmberTools/src
./configure_mpich gnu
这个里面的$AMBERHOME/AmberTools/src这个路径到底是哪个目录啊？
amber20/AmberTools/src???
amber20_src/AmberTools/src???

作者
Author: robert2005 时间: 2022-3-31 10:22
看这个安装过程感觉有些疑惑，$AMBERHOME到底是指哪个路径啊？感觉一会是amber20_src/AmberTools/src???
后来又变成了amber20/AmberTools/src???
或者说安装之前的export是不必要的，不用定义，安装后程序自动定义为amber20/AmberTools/src???
但是这样的话，后期并行就怎么都无法安装成功。
另外还有就是把openmpi或mpich解压到哪个路径啊？
amber20/AmberTools/src???
amber20_src/AmberTools/src???
解压后是个什么形式？比如
amber20_src/AmberTools/src/openmpi???
官网网页上说
Some programs in Amber (e.g., pmemd, cpptraj, etc.) can be built and installed in their parallel MPI version. If you want to build and install these MPI programs, you will need to provide a MPI compiler like OpenMPI or MPICH. The OpenMPI and MPICH system installations provided by CentOS (i.e., through yum install) are known to be somehow incompatible with Amber20.

One recommendation is to download a recent version of OpenMPI at open-mpi.org, untar the distribution in amber20_src/AmberTools/src, and execute in that directory the configure_openmpi script. (Do this after you have done a serial install, and have sourced the amber.sh script in the installation folder to create an AMBERHOME environment variable.) Similar instructions apply to MPICH, (see mpich.org,) but at least one user has reported configuration problems with this on CentOS7.
是amber20_src/AmberTools/src
手册上说
cd $AMBERHOME/AmberTools/src
./configure_mpich <compiler>
但是装完串行后，$AMBERHOME已经是amber20了，不是amber20_src了啊？
这个是不是有点矛盾啊？
我在centos7和8上装了好几遍了，串行都还好，并行版都是一样的错误：
error: Cannot link MPI programs. Check your configuration!!!
哪位大佬知道什么原因吗？

作者
Author: robert2005 时间: 2022-3-31 13:03
按照这个教程做下来，还是这个错误：
ome/ledock/amber20_src/build/CMakeFiles/miniconda/install/compiler_compat/ld: /home/ledock/amber20/lib/libmpi.so: undefined reference to `pci_get_strings'
/home/ledock/amber20_src/build/CMakeFiles/miniconda/install/compiler_compat/ld: /home/ledock/amber20/lib/libmpi.so: undefined reference to `pci_system_init'
/home/ledock/amber20_src/build/CMakeFiles/miniconda/install/compiler_compat/ld: /home/ledock/amber20/lib/libmpi.so: undefined reference to `shm_unlink@GLIBC_2.2.5'
/home/ledock/amber20_src/build/CMakeFiles/miniconda/install/compiler_compat/ld: /home/ledock/amber20/lib/libmpi.so: undefined reference to `aio_error@GLIBC_2.2.5'
/home/ledock/amber20_src/build/CMakeFiles/miniconda/install/compiler_compat/ld: /home/ledock/amber20/lib/libmpi.so: undefined reference to `aio_write@GLIBC_2.2.5'
collect2: error: ld returned 1 exit status
failure.
removing: _configtest.c _configtest.o
error: Cannot link MPI programs. Check your configuration!!!
make[2]: *** [AmberTools/src/mpi4py-3.0.3/CMakeFiles/mpi4py.dir/build.make:288: AmberTools/src/mpi4py-3.0.3/CMakeFiles/mpi4py-build/mpi4py-build.stamp] Error 1
make[1]: *** [CMakeFiles/Makefile2:3280: AmberTools/src/mpi4py-3.0.3/CMakeFiles/mpi4py.dir/all] Error 2
make: *** [Makefile:156: all] Error 2
为什么啊？

作者
Author: robert2005 时间: 2022-4-1 15:22

scfslyzkf 发表于 2021-8-3 17:54
官方的教程，步骤看上去很简单，但是编译起来经常出错，也没有给出相应环境变量配置的详细解释。
从mini ...

miniconda装的都不能并行？

作者
Author: robert2005 时间: 2022-4-1 17:32

hangmint 发表于 2021-4-8 18:52
看你的发行版了，官方文档上面写的有，我用的是manjaro是arch系的，我遇到的是ambertools依赖于gcc9,不过官 ...

还是说安装AMBER,必须用GCC9或者以上的版本才能编译并行版，如果用GNU编译器的话？

作者
Author: robert2005 时间: 2022-4-1 17:33

robert2005 发表于 2022-4-1 17:32
还是说安装AMBER,必须用GCC9或者以上的版本才能编译并行版，如果用GNU编译器的话？

我用的CENTOS8里面的版本是8.5

作者
Author: robert2005 时间: 2022-4-1 17:34

robert2005 发表于 2022-4-1 17:33
我用的CENTOS8里面的版本是8.5

我看知乎视频里面编译并行版用的GCC版本都是9以上

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-4-1 18:58

robert2005 发表于 2022-3-31 13:03
按照这个教程做下来，还是这个错误：
ome/ledock/amber20_src/build/CMakeFiles/miniconda/install/compil ...

我用自己编译的openmpi也遇到过一样的问题，libmpi.so出错，但是文件看起来都是正常的。我用miniconda安装了一个openmpi后解决了上述错误。

作者
Author: robert2005 时间: 2022-4-1 19:26

Frozen-Penguin 发表于 2022-4-1 18:58
我用自己编译的openmpi也遇到过一样的问题，libmpi.so出错，但是文件看起来都是正常的。我用miniconda安 ...

怎么安装啊？什么命令啊？

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-4-1 22:40

robert2005 发表于 2022-4-1 19:26
怎么安装啊？什么命令啊？

conda install openmpi
如果没有conda命令，需要先安装conda并按照提示激活

作者
Author: Santz 时间: 2022-4-2 09:03

Frozen-Penguin 发表于 2022-4-1 22:40
conda install openmpi
如果没有conda命令，需要先安装conda并按照提示激活

老哥可以写个详细的过程吗？试了下还是出现collect2: error: ld returned 1 exit status
failure.
removing: _configtest.c _configtest.o
error: Cannot link MPI programs. Check your configuration!!!
make[2]: *** [AmberTools/src/mpi4py-3.0.3/CMakeFiles/mpi4py-build/mpi4py-build.stamp] Error 1
make[1]: *** [AmberTools/src/mpi4py-3.0.3/CMakeFiles/mpi4py.dir/all] Error 2

作者
Author: Santz 时间: 2022-4-2 09:03

Santz 发表于 2022-4-2 09:03
老哥可以写个详细的过程吗？试了下还是出现collect2: error: ld returned 1 exit status
failure.
remo ...

尝试用amber.conda install mpi4py也不行

作者
Author: robert2005 时间: 2022-4-2 09:26
又发现一点，不用最新版本的OPENMPI，比如4.1版本，使用4.0的版本就不会出现libmpi.so错误了，但是会出现新的错误
make[2]: *** [AmberTools/src/pnetcdf/src/libf/CMakeFiles/pnetcdf_fortran_obj.dir/build.make:1854: AmberTools/src/pnetcdf/src/libf/CMakeFiles/pnetcdf_fortran_obj.dir/nfxutil.c.o] Error 1
make[1]: *** [CMakeFiles/Makefile2:3254: AmberTools/src/pnetcdf/src/libf/CMakeFiles/pnetcdf_fortran_obj.dir/all] Error 2
make: *** [Makefile:156: all] Error 2

作者
Author: robert2005 时间: 2022-4-2 09:30

Santz 发表于 2022-4-2 09:03
尝试用amber.conda install mpi4py也不行

进入amber20里面的miniconda/condabin/之后，输入命令
./conda install openmpi
就可以了，默认是安装openmpi-4.0.2
但是我这样安装后还是出错，我再试一下看看

作者
Author: Santz 时间: 2022-4-2 09:34

robert2005 发表于 2022-4-1 17:34
我看知乎视频里面编译并行版用的GCC版本都是9以上

不一定非要9，看官方列出的自带的4.8.5或8.5.0都是可以的 https://ambermd.org/InstSingularity.php

作者
Author: robert2005 时间: 2022-4-2 09:42

hhhnano 发表于 2020-6-18 11:59
Amber20和以前版本安装有很大差别，且自动生成安装目录amber20,安装文件采用cmake_run文件安装，每部安装要 ...

https://blog.csdn.net/weixin_43592490/article/details/115427312
这个帖子里写的在CENTOS系统中安装是要更新GCC的，但是我试了一下还是不行，还是出错。
请问楼主，您是在哪个版本的LINUX下面成功安装并行版AMBER20的啊？GCC版本是多少啊？
另外关于您的这个操作步骤里面$AMBERHOME到底是哪个路径啊？
麻烦您能详细说一下吗？多谢啊！
这个AMBER20我装了好几天并行了，都没有成功，备受打击啊！之前装其他软件发现缺失库文件，YUM一下挨个补上就可以了，这个折腾了几天，换了2个CENTOS还是不行。惭愧啊。

作者
Author: robert2005 时间: 2022-4-2 09:45
本帖最后由 robert2005 于 2022-4-2 11:54 编辑

不一定非要9，看官方列出的自带的4.8.5或8.5.0都是可以的 https://ambermd.org/InstSingularity.php

非常感谢！但是我两个都试过了，都有错误

作者
Author: robert2005 时间: 2022-4-2 09:50
还有个帖子是20.04这个系统安装并行成功的。
https://blog.csdn.net/qq_33953882/article/details/113995531
而且这个系统好几个帖子都说并行安装成功了，里面详细给出了所需软件的版本
AMBER官方列出的这个系统的GNU是9.3版本
ubuntu-20.04 cmake 3.18.1 python3 3.9.5 gnu 9.3.0

作者
Author: Santz 时间: 2022-4-2 10:43

robert2005 发表于 2022-4-2 09:42
https://blog.csdn.net/weixin_43592490/article/details/115427312
这个帖子里写的在CENTOS系统中安装 ...

那个AMBERHOME路径应该是/home/me/amber20，这点跟Amber18不同。在串行版安装完成后source /home/me/amber20/amber.sh这一步就把AMBERHOME设置为了/home/me/amber20，虽然如此，官方手册中的表述是有点错误的P24：“For many users, especially for macOS, the easiest approach is the following:
cd $AMBERHOME/AmberTools/src
./configure_mpich <compiler>” 这样写其实是进不去AmberTools/src的，绝对路径应该是/home/me/amber20_src/AmberTools/src才对

作者
Author: robert2005 时间: 2022-4-2 11:52

Santz 发表于 2022-4-2 10:43
那个AMBERHOME路径应该是/home/me/amber20，这点跟Amber18不同。在串行版安装完成后source /home/me/ambe ...

正解，我比较了一下，觉得也应该是，因为路径不对，里面是没有configure_mpich这个文件的，是无法运行./configure_mpich <compiler>这个命令的。

作者
Author: Santz 时间: 2022-4-2 12:11

robert2005 发表于 2022-4-2 11:52
正解，我比较了一下，觉得也应该是，因为路径不对，里面是没有configure_mpich这个文件的，是无法运行./c ...

插个点，并行那个问题解决了的话请分享下

作者
Author: robert2005 时间: 2022-4-2 13:16

Santz 发表于 2022-4-2 12:11
插个点，并行那个问题解决了的话请分享下

您用哪个LINUX系统啊？哪个版本啊？我在网上搜CENTOS的安装，就找到那一个帖子，而且里面提到要升级GCC的，知乎里面AMBER20并行安装成功的视频里面没有看出是什么LINUX，但是确定一点就是GCC是9以上的。感觉貌似GCC版本小于9都不可能正常安装并行版的AMBER20的。我准备换20.04那个系统试试了，那个里面GCC是9以上的。

作者
Author: robert2005 时间: 2022-4-2 13:23

Frozen-Penguin 发表于 2022-4-1 18:58
我用自己编译的openmpi也遇到过一样的问题，libmpi.so出错，但是文件看起来都是正常的。我用miniconda安 ...

您好！您用的是哪个LINUX版本啊？GCC是9以上吗？还是CENTOS?CENTOS几啊？

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-4-2 15:48

robert2005 发表于 2022-4-2 13:23
您好！您用的是哪个LINUX版本啊？GCC是9以上吗？还是CENTOS?CENTOS几啊？

我在Ubuntu20和CentOS6上用gcc4.8.5和7.5.0多次安装成功过，但是每次安装的设置都不完全一样，有很多参数可能需要根据提示修改。

作者
Author: robert2005 时间: 2022-4-7 09:06
-- Unable to locate MKL_HOME for your system.  To use MKL, set MKL_HOME to point to your MKL installation location.
CMake Warning (dev) at /usr/share/cmake/Modules/FindPackageHandleStandardArgs.cmake:438 (message):
  The package name passed to `find_package_handle_standard_args` (OpenMP_C)
  does not match the name of the calling package (OpenMPFixed).  This can
  lead to problems in calling code that expects `find_package` result
  variables (e.g., `_FOUND`) to follow a certain pattern.
Call Stack (most recent call first):
  cmake/patched-cmake-modules/FindOpenMPFixed.cmake:408 (find_package_handle_standard_args)
  cmake/hanjianwei/FindMKL.cmake:194 (find_package)
  cmake/3rdPartyTools.cmake:219 (find_package)
  CMakeLists.txt:191 (include)
This warning is for project developers.  Use -Wno-dev to suppress it.

CMake Warning (dev) at /usr/share/cmake/Modules/FindPackageHandleStandardArgs.cmake:438 (message):
  The package name passed to `find_package_handle_standard_args` (OpenMP_CXX)
  does not match the name of the calling package (OpenMPFixed).  This can
  lead to problems in calling code that expects `find_package` result
  variables (e.g., `_FOUND`) to follow a certain pattern.
Call Stack (most recent call first):
  cmake/patched-cmake-modules/FindOpenMPFixed.cmake:408 (find_package_handle_standard_args)
  cmake/hanjianwei/FindMKL.cmake:194 (find_package)
  cmake/3rdPartyTools.cmake:219 (find_package)
  CMakeLists.txt:191 (include)
This warning is for project developers.  Use -Wno-dev to suppress it.

CMake Warning (dev) at /usr/share/cmake/Modules/FindPackageHandleStandardArgs.cmake:438 (message):
  The package name passed to `find_package_handle_standard_args`
  (OpenMP_Fortran) does not match the name of the calling package
  (OpenMPFixed).  This can lead to problems in calling code that expects
  `find_package` result variables (e.g., `_FOUND`) to follow a certain
  pattern.
Call Stack (most recent call first):
  cmake/patched-cmake-modules/FindOpenMPFixed.cmake:408 (find_package_handle_standard_args)
  cmake/hanjianwei/FindMKL.cmake:194 (find_package)
  cmake/3rdPartyTools.cmake:219 (find_package)
  CMakeLists.txt:191 (include)
This warning is for project developers.  Use -Wno-dev to suppress it.

-- Could NOT find MKL (missing: MKL_INTERFACE_LIBRARY MKL_GFORTRAN_INTERFACE_LIBRARY MKL_GNU_THREADING_LIBRARY MKL_CORE_LIBRARY MKL_WORKS MKL_FORTRAN_WORKS)
-- Cannot search for FFTW Fortran headers because the serial headers were not found
-- Could NOT find FFTW (missing: FFTW_LIBRARY_SERIAL FFTW_WORKS FFTW_INCLUDES_SERIAL FFTW_FORTRAN_WORKS FFTW_LIBRARY_MPI FFTW_INCLUDES_MPI FFTW_MPI_WORKS)
-- Failed to find NetCDF interface for F77 (NetCDF_INCLUDES_F77 = NetCDF_INCLUDES_F77-NOTFOUND, NetCDF_LIBRARIES_F77 = NetCDF_LIBRARIES_F77-NOTFOUND)
-- Failed to find NetCDF interface for F90 (NetCDF_INCLUDES_F90 = NetCDF_INCLUDES_F90-NOTFOUND, NetCDF_LIBRARIES_F90 = NetCDF_LIBRARIES_F90-NOTFOUND)
-- Could NOT find XBLAS (missing: XBLAS_LIBRARY XBLAS_C_WORKS XBLAS_FORTRAN_WORKS)
-- A library with BLAS API not found. Please specify library location.
-- LAPACK requires BLAS
-- A library with LAPACK API not found. Please specify library location.
-- The ARPACK library was not found.  Please set ARPACK_LIBRARY to point to it. (missing: ARPACK_LIBRARY ARPACK_WORKS)
-- Could NOT find PnetCDF (missing: PnetCDF_LIBRARY PnetCDF_INCLUDE_DIR PnetCDF_WORKS)
-- Could not find some or all of the five main APBS libraries. Please set APBS_GENERIC_LIB, APBS_ROUTINES_LIB,
APBS_PMGC_LIB, APBS_MG_LIB, and APBS_MALOC_LIB to point to the correct libraries (missing: APBS_API_LIB APBS_ROUTINES_LIB APBS_MG_LIB APBS_PMGC_LIB APBS_GENERIC_LIB APBS_MALOC_LIB APBS_WORKS APBS_INCLUDES)
-- Could NOT find JNI (missing: JAVA_AWT_LIBRARY JAVA_INCLUDE_PATH JAVA_INCLUDE_PATH2 JAVA_AWT_INCLUDE_PATH)
-- Could NOT find PUPIL (missing: PUPIL_MAIN_LIB PUPIL_BLIND_LIB PUPIL_TIME_LIB JNI_FOUND PUPIL_WORKS)
-- Could NOT find LIO (missing: LIO_G2G_LIBRARY LIO_AMBER_LIBRARY LIO_WORKS)
-- Could NOT find PLUMED (missing: PLUMED_LIBRARY PLUMED_KERNEL_LIBRARY PLUMED_INCLUDES PLUMED_WORKS) (Required is at least version "2.5")
-- Checking for Python package mpi4py -- not found
-- Could NOT find Boost (missing: Boost_INCLUDE_DIR thread system program_options iostreams regex timer chrono filesystem graph)
-- Could NOT find MBX (missing: MBX_DIR)
-- Could not find MBX.  To locate it, add its install dir to the prefix path.
-- Could NOT find tng_io (missing: tng_io_DIR)
-- Could not find tng_io.  To locate it, add its install dir to the prefix path.
-- Cannot find PLUMED.  You will still be able to load it at runtime.  If you want to link it at build time, set PLUMED_ROOT to where you installed it.
-- Generating amber source scripts
-- Configuring subdirs...
-- FFTW: compiler supports stack alignment: TRUE
-- netcdf-fortran: Detected TS29113 support in Fortran compiler
-- Reticulating splines...
If you can't see the following build report, then you need to turn off COLOR_CMAKE_MESSAGES
请问上面这个错误有哪位大佬能帮忙看一下是什么原因啊？另外上面信息显示的Could NOT find内容是不是要单独安装啊，比如安装好之后才能安装AMBER20?
但是我用YUM装了FFTW等，装完之后再运行CMAKE，还是显示Could NOT find 啊，？
还是AMBER20如果正常安装的话，这些库会自动安装？（MKL我知道是要单独安装的）
上面显示缺失的库文件其实系统里面都有，设置环境变量还是不行

作者
Author: hangmint 时间: 2022-4-27 22:17

robert2005 发表于 2022-4-1 17:32
还是说安装AMBER,必须用GCC9或者以上的版本才能编译并行版，如果用GNU编译器的话？

回一下坑，我最近安装amber的cuda版本会提示我gcc版本不能高于8

作者
Author: 阿志 时间: 2023-8-24 10:19

tanshy 发表于 2020-10-23 21:27
求问老师在并行安装时出现如下报错，是什么原因？

[ 68%] Linking CXX shared library libcpptraj_mpi ...

请问，您解决这个问题了吗？

作者
Author: snljty2 时间: 2023-8-24 22:12

阿志发表于 2023-8-24 10:19
请问，您解决这个问题了吗？

尝试下这个方法？Amber22和AmberTools23的编译

作者
Author: Zoeycta 时间: 2024-6-13 19:28

puzhongji 发表于 2020-5-19 16:55
第一步，下载
http://bbs.keinsci.com/thread-307-1-1.html
到这个帖子下载ambertools20

下载的那个帖子权限不够看不到，请问能在这里重新发一下吗？目前AmberTools24安装不上，十分需要低版本的安装包

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)