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标题: 求助不同晶胞大小的MSD问题 [打印本页]

作者
Author: 平安 时间: 2020-5-19 21:49
标题: 求助不同晶胞大小的MSD问题
大家好，我用两种高分子构建了两个不同的晶胞，由于高分子存在略微不同，导致了AC+NPT之后晶胞大小不一。较为疏水的分子晶胞较大，亲水的较小，二者相差2埃左右。动力学计算与水的相互作用后分析结果。根据实验结果，我觉得疏水的晶胞MSD-t的斜率似乎应该高一些，但结果恰恰相反。请问是由于晶胞大小差异的原因吗？还是我对MSD理解有些问题，请大家不吝赐教。谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-19 23:53
跟晶胞大小没必然关系，除非晶胞本身就太小，还没能达到 MSD~晶胞尺寸的收敛阶段

可以把晶胞尺寸再设大一些再对比，如果发现结论不怎么受晶胞尺寸影响，再去从模拟参数、力场、统计误差等等其它层面考虑

作者
Author: 平安 时间: 2020-5-20 08:15
谢谢老师，我的按您的方法再试一试。另外我现在的晶胞立方体边长40埃左右，它满足达到MSD~晶胞尺寸的收敛阶段的条件吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-21 07:53

平安发表于 2020-5-20 08:15
谢谢老师，我的按您的方法再试一试。另外我现在的晶胞立方体边长40埃左右，它满足达到MSD~晶胞尺寸的收敛 ...

没法一概而论，和体系关系很大。通常单个分子越大，盒子就应该越大。

作者
Author: 平安 时间: 2020-5-21 08:32
谢谢老师

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