计算化学公社

标题: orca的SCF HESSIAN计算报错求助 [打印本页]

作者
Author: hanshan 时间: 2020-5-20 10:03
标题: orca的SCF HESSIAN计算报错求助
请问大神能不能指点迷津？@sobereva
计算节点内存128G，orca输入文件inp为
! B3LYP D3 def2-TZVP def2/J RIJCOSX Opt Freq tightSCF grid4 gridx4 autostart miniprint
%maxcore 10240
%pal nprocs  32 end

报错信息如下
-------------------------------------------------------------------------------
                           ORCA SCF HESSIAN
-------------------------------------------------------------------------------

Hessian of the Kohn-Sham DFT energy:
Kohn-Sham wavefunction type                   ... RKS
Hartree-Fock exchange scaling                   ... 0.200
Number of operators                            ... 1
Number of atoms                               ... 74
Basis set dimensions                            ... 1644
Integral neglect threshold                      ... 2.5e-11
Integral primitive cutoff                      ... 2.5e-12

Setting up DFT Hessian calculations             ...
Electron density on the grid                   ... found on disk
Electron density on the final grid             ... found on disk
XC-Kernel on the grid                         ... found on disk
Building xc-kernel on the final grid          ... done (    0.2 sec)
-------------------------------------------------------
Primary job  terminated normally, but 1 process returned
a non-zero exit code.. Per user-direction, the job has been aborted.
-------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
mpirun detected that one or more processes exited with non-zero status, thus causing
the job to be terminated. The first process to do so was:

  Process name: [[32027,1],23]
  Exit code: 64
--------------------------------------------------------------------------

ORCA finished by error termination in SCF Hessian
Calling Command: mpirun -np 32  /home/bin/orca_4_1_2_linux_x86-64_openmpi215/orca_scfhess_mpi 4n1.scfhess.inp 4n1
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... aborting the run

作者
Author: hanshan 时间: 2020-5-20 10:05
对了，还有一个报错信息
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
!!!                      FATAL ERROR ENCOUNTERED             !!!
!!!                      -----------------------             !!!
!!!                         I/O OPERATION FAILED             !!!
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!

作者
Author: ChrisZheng 时间: 2020-5-20 10:14
%maxcore 10240
这个内存是每个核的内存使用，每个核10G内存

%pal nprocs 32 end
你使用32个核，总共需要320G。

作者
Author: hanshan 时间: 2020-5-20 10:15

ChrisZheng 发表于 2020-5-20 10:14
%maxcore 10240
这个内存是每个核的内存使用，每个核10G内存

谢谢，我之前觉得这个是设置内存上限

作者
Author: ChrisZheng 时间: 2020-5-20 10:28
本帖最后由 ChrisZheng 于 2020-5-20 10:29 编辑

hanshan 发表于 2020-5-20 10:05
对了，还有一个报错信息
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
!!! ...

这个IO错误可能是和你输入坐标有问题比如这样写

....
* xyzfile 0 1 a.xyz

复制代码

最后不跟一个空行 ORCA会错误的读取文件名报IO错误正确的写法是这样

....
* xyzfile 0 1 a.xyz

复制代码

留至少一个空行论坛里格式不太好实现

作者
Author: hanshan 时间: 2020-5-20 10:38

ChrisZheng 发表于 2020-5-20 10:28
这个IO错误可能是和你输入坐标有问题比如这样写

计算几个小时之后到hessian时候报错的，坐标可能没有问题

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-20 22:43
先把内存设置不当问题解决了再说

作者
Author: hanshan 时间: 2020-5-25 09:14

sobereva 发表于 2020-5-20 22:43
先把内存设置不当问题解决了再说

内存设置已经改了，还是完全一样的报错

作者
Author: rabbitkiller 时间: 2020-5-25 09:54

hanshan 发表于 2020-5-25 09:14
内存设置已经改了，还是完全一样的报错

"mpirun detected that one or more processes exited with non-zero status, thus causing
the job to be terminated. The first process to do so was:"

貌似是程序计算过程中出问题了。Hessian计算内存消耗很厉害，会不会是因为内存消耗太大系统自动杀掉了一部分进程？你试试Numfreq看看会不会报错，Numfreq计算内存消耗小得多。

作者
Author: hanshan 时间: 2020-5-25 11:03

rabbitkiller 发表于 2020-5-25 09:54
"mpirun detected that one or more processes exited with non-zero status, thus causing
the job to ...

Numfreq是Numerical frequency calculations
Freq是Analytical frequency calculations吧

作者
Author: rabbitkiller 时间: 2020-5-25 11:23

hanshan 发表于 2020-5-25 11:03
Numfreq是Numerical frequency calculations
Freq是Analytical frequency calculations吧

是的，numfreq内存消耗少得多。如果真是内存不够的话，可以试试numfreq。

作者
Author: hanshan 时间: 2020-5-25 11:28

rabbitkiller 发表于 2020-5-25 11:23
是的，numfreq内存消耗少得多。如果真是内存不够的话，可以试试numfreq。

那要是数值解而非解析解的话，是不是还不如用Gaussian算呢？本来用orca就是为了rijcosx加速

作者
Author: rabbitkiller 时间: 2020-5-25 12:14

hanshan 发表于 2020-5-25 11:28
那要是数值解而非解析解的话，是不是还不如用Gaussian算呢？本来用orca就是为了rijcosx加速

我也是新手，也遇到过类似问题

后来试了试numfreq，算是能算，太慢了。

我记得freq的设置里面有一个dryrun，是估计运行所需最大内存的，你翻翻手册，试试看用dryrun估计一下内存。

作者
Author: chenw 时间: 2020-6-12 22:36
楼主问题解决了吗？我也遇到了类似的困惑

作者
Author: jliang 时间: 2020-7-16 16:00
楼主问题解决了吗？我也遇到了类似的困惑

作者
Author: 隔壁很辣 时间: 2021-9-15 09:57
我也遇到了这样的问题，把内存分配提高了两倍之后是可以解决的。

作者
Author: j5888xm 时间: 2023-9-8 20:33
本帖最后由 j5888xm 于 2023-9-8 20:38 编辑

算了几个小时这个不是MPI的问题，减少核数加大内存可以解决

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