计算化学公社

标题: 氢键距离越短，氢键强度一定越强吗？ [打印本页]

作者
Author: 风起时想你 时间: 2020-5-22 10:18
标题: 氢键距离越短，氢键强度一定越强吗？
通常，氢键距离越短，氢键强度越强。能否通过这单一因素去判断氢键强度？还是应该多个指标联合起来考察？为什么？

作者
Author: snljty 时间: 2020-5-22 10:23
看卢老师的
《透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍》
http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-22 10:56
这种问法太粗糙。不是同一类氢键的情况通过距离没有可比性。而且还要考虑有没有其它因素影响氢键距离，比如位阻、张力什么的。
即便是同一类氢键，距离和衡量氢键强度最常用的解离能也并没有完全理想的相关性，诸如Chemical Physics Letters 285, 170 (1998)图1里能量和距离不是总有正相关性。
如果你是做量化研究带氢键体系的，推荐用楼上提到的我的文章里提出的根据BCP的电子密度估算氢键作用能的方法，只要几何优化完了顺带就有了波函数，拿Multiwfn算一下也就不到一分钟的事，直接就得到了氢键键能。此关系普适性很好，可靠度也高，其它指标通常都可以免了，文章做了非常详细的对比和相关性测试。

作者
Author: 风起时想你 时间: 2020-5-22 11:06

sobereva 发表于 2020-5-22 10:56
这种问法太粗糙。不是同一类氢键的情况通过距离没有可比性。而且还要考虑有没有其它因素影响氢键距离，比如 ...

感谢老师解答。

作者
Author: 风起时想你 时间: 2020-5-22 11:06

snljty 发表于 2020-5-22 10:23
看卢老师的
《透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍》
http:// ...

感谢老师解答。

作者
Author: 风起时想你 时间: 2020-5-24 18:12

sobereva 发表于 2020-5-22 10:56
这种问法太粗糙。不是同一类氢键的情况通过距离没有可比性。而且还要考虑有没有其它因素影响氢键距离，比如 ...

老师，我还有一个问题：通过gaussView量的氢键键长，gaussView它是怎么计算出来的？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-25 02:37

风起时想你发表于 2020-5-24 18:12
老师，我还有一个问题：通过gaussView量的氢键键长，gaussView它是怎么计算出来的？

语义不明
gview直接量就得到了啊，有了两个原子坐标自然就能很简单地得到距离

作者
Author: 风起时想你 时间: 2020-5-25 10:40

sobereva 发表于 2020-5-25 02:37
语义不明
gview直接量就得到了啊，有了两个原子坐标自然就能很简单地得到距离

老师，我看了您2019年JCC研究氢键本质的文章，不太理解这句话：
In addition, the HB distance, namely the H...Y distance in X─H...Y contact, is evidently closely related to strength of HBs. However, this seemingly important geometric parameter was also not taken into our regression analyses, because elements in different rows have remarkably different van der Waals radii, which heavily influence the magnitude of interaction distance.
氢键距离与原子范德华半径有关？为什么？

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