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标题: 高斯使用calcall关键词优化过渡态能否输出每一帧的频率？ [打印本页]

作者
Author: 星斗如盘 时间: 2020-5-23 09:02
标题: 高斯使用calcall关键词优化过渡态能否输出每一帧的频率？
我们知道优化过渡态时使用calcall关键字，每一帧结构都会精确计算力常数，有没有办法让输出文件，输出每一帧的频率呢？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2020-5-23 13:29
本帖最后由 liyuanhe211 于 2020-5-23 13:33 编辑

可以用非标准路径，比如下列输入文件相当于在 HF/STO-3G 级别下用 opt=(TS, CalcAll, NoEigenTest) 优化 H 自由基对 H2 取代的过渡态，但是每一步多输出一次频率和热力学量。

#p nonstd
1/5=1,10=4,11=1,18=20,38=1/1,3;
2/9=110,12=2,17=6,18=5,40=1/2;
3/6=3,11=9,16=1,25=1,30=1,71=2,140=1/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5/2;
8/6=4,10=90,11=11/1;
11/6=1,8=1,9=11,15=111,16=1/1,2,10;
10/6=1/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,18=1,28=1/1;
7/10=1,25=1/1,2,3,16;
1/5=1,10=4,11=1,18=20/3(3);
2/9=110/2;
7/8=1,9=1,25=1,44=-1/16;
99//99;
2/9=110/2;
3/6=3,11=9,16=1,25=1,30=1,71=2,140=1/1,2,3;
4/5=5,16=3,69=1/1;
5/5=2,38=5/2;
8/6=4,10=90,11=11/1;
11/6=1,8=1,9=11,15=111,16=1/1,2,10;
10/6=1/2;
7/10=1,25=1/1,2,3,16;
7/8=1,9=1,25=1,44=-1/16;
1/5=1,10=4,11=1,18=20/3(-9);
2/9=110/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,18=1,19=2,28=1/1;
7/8=1,9=1,25=1,44=-1/16;
99//99;
Title Card Required
0 2
H 0.68980350 -1.59990556 -0.04189500
H -0.11729650 -1.59990556 -0.04189500
H -0.91999650 -1.59990556 -0.04189500

复制代码

这是一种简单的修改非标准路径的办法，见下图，其实只是在每个Overlay 7后面单独让它又算了一遍L716：

(, 下载次数 Times of downloads: 22)

(, 下载次数 Times of downloads: 17)

作者
Author: 星斗如盘 时间: 2020-5-23 13:57

liyuanhe211 发表于 2020-5-23 13:29
可以用非标准路径，比如下列输入文件相当于在 HF/STO-3G 级别下用 opt=(TS, CalcAll, NoEigenTest) 优化 H ...

这是自己设置计算的路径对吧？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-24 01:21
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反映出帖子具体内容，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“高斯计算使用calcall关键字优化过渡态”改了，以后务必注意

另外，keyword是关键词不是关键字

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-24 01:22

星斗如盘发表于 2020-5-23 13:57
这是自己设置计算的路径对吧？

仔细看
Gaussian的Link、IOp与非标准计算路径
http://sobereva.com/57

作者
Author: 星斗如盘 时间: 2020-5-24 13:39

sobereva 发表于 2020-5-24 01:22
仔细看
Gaussian的Link、IOp与非标准计算路径
http://sobereva.com/57

sob老师，我在使用calcall关键词优化过渡态的时候，手动的把每一帧的chk文件保存下来，然后使用freq=readfc计算每一帧的频率，发现第一帧只有一个虚频，对应我想要的振动，但是后面的帧，我想要的虚频逐渐变小，逐渐多出来另一个虚频，最终优化到了其他的结构。

calcall不是精确计算力常数吗？为什么直接就走偏了？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-25 04:06

星斗如盘发表于 2020-5-24 13:39
sob老师，我在使用calcall关键词优化过渡态的时候，手动的把每一帧的chk文件保存下来，然后使用freq=read ...

用这个工具监控比你一帧帧看频率方便得多得多
http://bbs.keinsci.com/thread-14081-1-1.html

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-25 04:08

sobereva 发表于 2020-5-25 04:06
用这个工具监控比你一帧帧看频率方便得多得多
http://bbs.keinsci.com/thread-14081-1-1.html

初始结构Hessian有且只有一个负本征值，虽然是良好的初猜，但并不保证在实际优化过渡态过程中就一定能维持住

作者
Author: 星斗如盘 时间: 2020-5-25 07:33

sobereva 发表于 2020-5-25 04:06
用这个工具监控比你一帧帧看频率方便得多得多
http://bbs.keinsci.com/thread-14081-1-1.html

好的，谢谢社长，我那个样子确实很麻烦

作者
Author: 星斗如盘 时间: 2020-5-25 07:36

sobereva 发表于 2020-5-25 04:08
初始结构Hessian有且只有一个负本征值，虽然是良好的初猜，但并不保证在实际优化过渡态过程中就一定能维 ...

嗯嗯，我也感觉这是计算方法的问题，而不是初猜的问题，和计算的精度好像也没关系，我试试别的优化方法吧。

作者
Author: lanthanum 时间: 2024-3-16 09:17
在正常的含有calcall的路径里添上 IOP(7/8=1) 即可，不需要自己编辑 nonstd。

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