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标题: CP2K如何续算？ [打印本页]

作者
Author: wanlichuan 时间: 2020-5-23 10:00
标题: CP2K如何续算？

按官网【(https://www.cp2k.org/exercises:2019_conexs_newcastle:ex1?s[]=restart)和（https://www.cp2k.org/howto:static_calculation）至少两处提到】说法:

把 SCF_GUESS ATOMIC

改为： SCF_GUESS RESTART

并且保留上一次计算产生的filename-RESTART.wfn

就行了。

我用一个结构优化的例子试了试，发现单纯这样做并不能接着上一次优化的最后一步续算，仍然是从头开始优化的（从结构和能量上看，都是从头开始的，而不是从上一次优化的最后一步开始的）。

后来想，是不是应该把&SUBSYS下面的坐标文件和盒子参数删掉呢，于是试着把inp文件中以下部分删掉：

&TOPOLOGY

COORD_FILE_FORMAT xyz

COORD_FILE_NAME filename.xyz

&CENTER_COORDINATES

&END CENTER_COORDINATES

&END TOPOLOGY

&CELL

ABC 19.4400 18.6000 18.9400

&END CELL

运行报错：

An invalid set of cellvectors was specified. The determinant det(h) is too small。

如果加上&CELL信息（相当于只删掉&TOPOLOGY信息），也报错：

No atomic coordinates have been found!

到底应该怎么续算呢？请高手指教。

非常感谢。

作者
Author: 啦啦黑还黑 时间: 2020-5-23 11:37
直接运行在提交脚本里把 .inp 换成 .restart就行了，提前把有用的文件备份，比如速度/轨迹文件

作者
Author: wanlichuan 时间: 2020-5-23 14:23
还可以这样，多谢刘老师指点。
我刚才试了一下，的确续算了，在restart文件里也有要求坐标文件的指令，但是那个指令事实上是可有可无的。
多谢多谢。

作者
Author: wangtaochem 时间: 2020-5-30 23:44

wanlichuan 发表于 2020-5-23 14:23
还可以这样，多谢刘老师指点。
我刚才试了一下，的确续算了，在restart文件里也有要求坐标文件的指令，但 ...

也可以直接把最后一轮对应得restart文件加上也是可以的。

作者
Author: wanlichuan 时间: 2020-6-1 23:55
是的，确实如此。谢谢。

作者
Author: DMYYCG 时间: 2020-11-12 15:35
您好
我想知道
需要什么操作可以控制到.wfn文件是被下一步续算的.inp文件读取了呢，是需要怎样的命令还是什么其他操作么，求指点

作者
Author: haibeih 时间: 2020-11-12 17:04

DMYYCG 发表于 2020-11-12 15:35
您好
我想知道
需要什么操作可以控制到.wfn文件是被下一步续算的.inp文件读取了呢，是需要怎样的命令还是 ...

搜索cp2k关键词：https://manual.cp2k.org/trunk/CP2K_INPUT/FORCE_EVAL/DFT.html

WFN_RESTART_FILE_NAME

作者
Author: DMYYCG 时间: 2020-11-13 15:34

haibeih 发表于 2020-11-12 17:04
搜索cp2k关键词：https://manual.cp2k.org/trunk/CP2K_INPUT/FORCE_EVAL/DFT.html

WFN_RESTART_FILE_N ...

好的谢谢

作者
Author: PoorChaos 时间: 2022-9-2 14:00
根据楼上摸索了一下
比如将file.inp 改为 file.restart作为输入文件就续上了，可能有的文件是file-1.restart

作者
Author: wzdns 时间: 2024-9-1 09:51

PoorChaos 发表于 2022-9-2 14:00
根据楼上摸索了一下
比如将file.inp 改为 file.restart作为输入文件就续上了，可能有的文件是file-1.resta ...

您好，我的文件就是-1.restart，但是我改成这个后还是报错
[proxy:0:0@node01] HYD_spawn (../../../../../src/pm/i_hydra/libhydra/spawn/intel/hydra_spawn.c:151): execvp error on file home/haichao/cp2k-2024/cp2k-2024.1/exe/local/cp2k.popt (No such file or directory)
这个是是因为什么呢，可以解答一下嘛

作者
Author: logzzz 时间: 2024-9-1 16:35

wzdns 发表于 2024-9-1 09:51
您好，我的文件就是-1.restart，但是我改成这个后还是报错
HYD_spawn (../../../../../src/pm/i_hydra/ ...

cp *-1.restart *.inp
然后提交*.inp文件

作者
Author: wzdns 时间: 2024-9-1 18:40

logzzz 发表于 2024-9-1 16:35
cp *-1.restart *.inp
然后提交*.inp文件

感谢回复，我复制进去了以后运行还是报错，如下
[mpiexec@node01] wait_proxies_to_terminate (../../../../../src/pm/i_hydra/mpiexec/intel/i_mpiexec.c:558): downstream from host node01 was killed by signal 13 (Broken pipe)
请问这个是怎么回事呢？

作者
Author: logzzz 时间: 2024-9-2 12:19

wzdns 发表于 2024-9-1 18:40
感谢回复，我复制进去了以后运行还是报错，如下
[mpiexec@node01] wait_proxies_to_terminate (../../.. ...

这个看起来不是软件的问题，是mpi有问题。建议找不到原因，可以尝试重新编译试试。你提任务的脚本里该source的都source了，就可能是mpi的问题。

作者
Author: wzdns 时间: 2024-9-2 15:13

logzzz 发表于 2024-9-2 12:19
这个看起来不是软件的问题，是mpi有问题。建议找不到原因，可以尝试重新编译试试。你提任务的脚本里该sou ...

好的，谢谢老师，准备重新弄一下了

作者
Author: 乐平 时间: 2024-9-3 11:16

PoorChaos 发表于 2022-9-2 14:00
根据楼上摸索了一下
比如将file.inp 改为 file.restart作为输入文件就续上了，可能有的文件是file-1.resta ...

你确定是 “将file.inp 改为 file.restart作为输入文件” ？

应该是将 .restart 作为 .inp 才对吧

作者
Author: PoorChaos 时间: 2024-9-11 15:16

乐平发表于 2024-9-3 11:16
你确定是 “将file.inp 改为 file.restart作为输入文件” ？

应该是将 .restart 作为 .inp 才对吧

不好意思，我没表达清楚，我的意思是用file.restart这个文件替代file.inp文件作为新的输入文件，不是替换文件名，比如之前是命令是*** file.inp |tee file.out，现在改为*** file.restart |tee file.out
好像还是没表达清楚

作者
Author: PoorChaos 时间: 2024-9-11 15:18

wzdns 发表于 2024-9-1 09:51
您好，我的文件就是-1.restart，但是我改成这个后还是报错
HYD_spawn (../../../../../src/pm/i_hydra/ ...

No such file or directory。。文件没找到，检查inp或者restart文件在哪个文件夹，

作者
Author: 汪杰 时间: 2024-11-29 17:16

啦啦黑还黑发表于 2020-5-23 11:37
直接运行在提交脚本里把 .inp 换成 .restart就行了，提前把有用的文件备份，比如速度/轨迹文件

请问刘老师，cp2k是天然的存在这个缺陷吗？是不是不能按照官网的说法来进行续算？而是必须和您一样的操作才能接着续算？

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