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标题: gmx rmsf计算复合物的根均方波动求助 [打印本页]

作者
Author: yogurt 时间: 2020-5-23 15:21
标题: gmx rmsf计算复合物的根均方波动求助
我使用gmx rmsf计算复合物的根均方波动，加上了-res参数，第一次用Backbone生成了complex-rmsf.xvg,第二次用chainA-Backbone和chainB-Backbone分别生成了chainA-rmsf.xvg和chainB-rmsf.xvg，打开复合体的和两条链的xvg对应的氨基酸残基的RMSF并不相同，请问是采用哪一种画图，我知道一个是基于复合物整体的骨架原子，一个是基于两条链分别的骨架原子。请问应该用哪个画图？谢谢老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-24 03:19
查看这些组里的原子序号，是否两条链的组确实真的和整体的backbone对应。原理上不应该出现这种情况
也可以用VMD算算RMSF进行对比，试图弄清楚怎么回事

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