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标题: 求助amber新手动力学模拟聚类分析问题 [打印本页]

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Author: 任嘉人amber 时间: 2020-5-23 21:20
标题: 求助amber新手动力学模拟聚类分析问题
本帖最后由任嘉人amber 于 2020-5-23 21:23 编辑

老师您好，就是我对体系进行了10ns的动力学模拟后，与初始结构相比的rmsd已经达到了平衡，因此提取了从一万步开始的轨迹进行聚类分析想要得到特征性的结构，但是我有几个问题不是很明白。
1.我提取的轨迹已经是rmsd平衡的部分， (, 下载次数 Times of downloads: 31) 而聚类分析是根据rmsd进行分类的，请问已经不变的rmsd怎么还能作为分类的标准呢？不太明白amber中cpptraj聚类分析的依据是什么？原理是怎样的？我在amber说明书里面没有找到对应的内容，还请予以老师指导。
2.我看amber tutorial上给提供了三种聚类方法，分别是K均值聚类，层次聚类和DBSCAN聚类，由于k均值聚类和层次聚类事先不知道应该分几组，这个分多少组我应该根据什么来定呢？还有在层次聚类中，这个hieragglo epsilon 3.0 clusters 10 averagelinkage命令我不是很理解什么叫“当群集之间的最小距离大于3时，群集将结束”，是指分类的依据是rmsd，然后每个组rmsd的最小距离都小于等于3么，dbscanminpoints 4 epsilon 2.0 sievetoframe这个命令我也不是很理解，“形成聚类/团簇的最小点数为4，形成聚类/团簇的截断距离为2.0”这句话是什么意思呢？最小点数是指什么呢？
3.下面这个图我将三者进行了列表，我知道低DBI和高PSF表示好的聚类，那个ssr/sst如何衡量和判断呢？
(, 下载次数 Times of downloads: 23)
4.生成的cpopvtime.agr里面包含的内容是什么含义呢？生成的summery.dat里面包含的内容是也是什么含义呢？筛分帧的作用是什么呢？生成的代表结构是我想要的特征结构么？
感谢老师。

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