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标题: Gaussview搭建的三维分子结构可以投影到平面上吗？ [打印本页]
作者
Author: 星斗如盘    时间: 2020-5-23 22:22
标题: Gaussview搭建的三维分子结构可以投影到平面上吗？
Gaussview搭建的三维分子结构可以投影到平面上吗？就是画出比较像的chemdraw格式？有没有方法可以简单的转化，还是必须手工画在chemdraw上呢？
作者
Author: zjxitcc    时间: 2020-5-23 22:35
可以用与ChemDraw同一家的Chem3d打开gjf文件，然后三维结构旁就有键线式，但默认显示的键线式可能不是很漂亮，需要自己再手动调整一下，也可以将其复制进ChemDraw
作者
Author: liyuanhe211    时间: 2020-5-24 00:37
本帖最后由 liyuanhe211 于 2020-5-24 00:39 编辑

有个功能大家可能用的不多。从ChemDraw的 .cdxml 文件格式的标准中其实可以看到它是可以存储原子的三维坐标的，而不仅是平面结构，如下列原子的坐标就是（170.66，120.63，-11.92）。

  1. <n
  2. id="3"
  3. p="170.66 120.63"
  4. xyz="170.66 120.63 -11.92"
  5. Z="2"
  6. Geometry="Tetrahedral"
  7. AS="R"
  8. BondOrdering="12 13 14 0"
  9. />
复制代码
而这种带三维信息的.cdxml文件可以方便的用Chem3D生成。所以用Chem3D打开gjf，然后转化为.cdxml，用ChemDraw打开就能立体的编辑了（见如下动图），比较方便，而且比文献中很多手拖出来的图好看的多：


(, 下载次数 Times of downloads: 30)

注意Chem3D窗口中自带的ChemDraw小窗口同步过去的结构并不是立体的，必须另存为.cdxml才行。
当然，对复杂分子，仅这样做肯定是不行的，如对一些笼状骨架的天然产物分子，怎么转都不会分子的所有部分都很好看，还是要人去“艺术创作”。


作者
Author: 星斗如盘    时间: 2020-5-24 19:53
liyuanhe211 发表于 2020-5-24 00:37
有个功能大家可能用的不多。从ChemDraw的 .cdxml 文件格式的标准中其实可以看到它是可以存储原子的三维坐标 ...

我尝试了一下，确实可以转化，可是得到的结构似乎就是平面的，不能像您图中这样转动？




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