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标题: 求助：ADMP分子热稳定性的判定 [打印本页]

作者
Author: c903509199 时间: 2020-5-23 23:17
标题: 求助：ADMP分子热稳定性的判定
老师们，我用gaussian跑了个单分子在500K的ADMP，一共2000步，共200fs，得到势能随时间的变化如图所示： (, 下载次数 Times of downloads: 30)
有如下疑问，希望老师们帮助：
1. 分子势能一开始在升高后就稳定波动，是否说明在500K时分子热稳定性较好

2. 总的时间是200 fs，是否太短，如果太短的话至少模拟多长时间才算合适

3. 我用是例子中的方法PM6，如果想要得到可靠的结果，什么样的方法是比较合适的,它们的耗时大概相差多少呢

4. 模拟中设定的温度和现实中的温度应该如何对应，例如想解释某分子在某温度下能不能稳定存在

感谢老师看完所有的问题，希望老师们不吝赐教，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-24 01:04
1、2 跑的时间太短，最最起码也得跑个1 ps。
诸如此文里研究C18在常温下的稳定性，动力学跑了2 ps
一篇最全面、系统的研究新颖独特的18碳环的理论文章
http://sobereva.com/524（http://bbs.keinsci.com/thread-15792-1-1.html）

还有很多情况下，热分解有很大概率在更长时间才可能发生。比如这个例子是xtb跑的1,2,4,5-Tetrazine（均四嗪）在3500 K下的热分解
(, 下载次数 Times of downloads: 20)

3 PM6有点low。xtb跑GFN-xTB都比这靠谱得多，而且速度还快得多得多。
我不知道你的体系多大，几十个原子跑个2 ps，用ORCA在靠谱的B97-3c下做都不是难事
这里给个测试：
(, 下载次数 Times of downloads: 30)
可见一天能跑24*0.24=5.76 ps

4 和现实温度直接对应。
不过，要说更严格的考虑方法，是做准经典动力学，考虑和的振动态对应的动能，这样更真实。这里我就不多说了，ORCA和xtb也没法直接这么初始化速度，虽然Gaussian的BOMD（不能用gradientonly）支持，但效率偏低。

作者
Author: c903509199 时间: 2020-5-25 02:27

sobereva 发表于 2020-5-24 01:04
1、2 跑的时间太短，最最起码也得跑个1 ps。
诸如此文里研究C18在常温下的稳定性，动力学跑了2 ps
一篇最 ...

谢谢老师详细的回复！
我做的这个分子一共有120个原子，在ORCA用B97-3c计算时，报错Error: The initial SCF did not converge. Cannot continue.
这是我的输入文件的部分：

! B97-3c noautostart miniprint nopop
%maxcore 2000
%md
timestep 1_fs
initvel 340_K
thermostat berendsen 340_K timecon 30.0_fs
constraint add center 0..118
run 2000
end

我之前设置时间间隔0.5 fs也遇到这个问题，是不是设置的时间间隔太大
不过用手册的“BLYP D3 def2-SVP”能跑起来，是不是这个方法的精度比B97-3c更低一点，所以容易跑

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-25 03:53

c903509199 发表于 2020-5-25 02:27
谢谢老师详细的回复！
我做的这个分子一共有120个原子，在ORCA用B97-3c计算时，报错Error: The initial ...

对于第一步就SCF不收敛，和步长没关系。
计算级别的精度和收敛难易没有直接关系。用BLYP D3 def2-SVP跑也可以接受

作者
Author: c903509199 时间: 2020-5-25 08:15

sobereva 发表于 2020-5-25 03:53
对于第一步就SCF不收敛，和步长没关系。
计算级别的精度和收敛难易没有直接关系。用BLYP D3 def2-SVP跑 ...

谢谢老师o(^o^)o

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