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标题: 求助：有关gmx disance的一个疑惑 [打印本页]

作者
Author: 呆宝可乐 时间: 2020-5-24 00:37
标题: 求助：有关gmx disance的一个疑惑
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文献中提到，上图是以[PF6]中的P原子为中心原子，分别计算表面活性剂EO基、PO基、阳离子、水分子与P原子的距离，
我也想求类似的一个距离随时间的变化，用的命令是gmx_19.3 distance -fmd.xtc -s md.tpr -n index.ndx -oav dis.xvg 分别选了两个组，但是得到的结果似乎不对，而且感觉命令也没表明是以什么为中心计算的距离，请问sob老师，求以某一原子为中心，其它基团与该原子的距离随时间变化，是否是使用gmx distance命令，且如何在命令中怎么显示这个中心。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-24 01:11
参考
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