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标题: 求助amber新手聚类分析结果表示什么含义 [打印本页]

作者
Author: 任嘉人amber 时间: 2020-5-24 21:36
标题: 求助amber新手聚类分析结果表示什么含义
请问老师，amber中cpptraj，运行如下命令之后，

cluster c1 kmeans clusters 3 randompointmaxit 500 rms sieve 10 random out cnumvtime.dat summary summary.dat infoinfo.dat cpopvtime cpopvtime.agr normframe repout rep repfmt pdb singlerepoutsinglerep.nc singlerepfmt netcdf avgout avg avgfmt pdb

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输出文件的各项具体含义是什么呢？我能在哪里找到呢，在amber说明书和教程里面都没有找到详细的内容，还请老师指导。

另外，每个类别之间明确的rmsd的差异在结果文件的哪里有体现呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-25 02:06
看看归簇算法的介绍就明白了。诸如Molecular modelling Principles and applications 2ed (Leach A.R.)就有不少介绍
在当前语境下，dist是通过RMSD来衡量的。诸如AvgDist就是体现这个簇里的结构之间平均的RMSD，第一个红圈里体现的是簇里面各帧相对于中间结构的平均RMSD

你在http://bbs.keinsci.com/thread-17587-1-1.html里问的问题也是，只要你了解算法的具体原理，自然就明白了。

作者
Author: 任嘉人amber 时间: 2020-5-26 13:26
谢谢老师

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