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标题: 请教RESP电荷计算问题 [打印本页]

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Author: xjp1127721434 时间: 2020-5-25 10:20
标题: 请教RESP电荷计算问题
请教一下各位老师，我想计算RESP电荷来替换itp文件里面的电荷。由于没有高斯的版权，所以先用MS的Dmol3进行结构优化后，然后导出了mol2文件，使用Multiwfn载入mol2文件后依次选择 7 18 1，最后显示收敛了，但是分子的总电荷却不是0，这是怎么回事呀。
还有一个分子，我进行计算的时候，显示不能收敛，分子结构如图，是结构有什么问题嘛。（黄色的是S原子，蓝色的是N原子，红色的是O原子）

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Author: corei70715 时间: 2020-5-25 11:05
resp电荷需要波函数信息，只有mol2不行的吧。没有Gaussian，可以用ORCA。
仔细看社长的http://sobereva.com/441

作者
Author: xjp1127721434 时间: 2020-5-25 11:32

corei70715 发表于 2020-5-25 11:05
resp电荷需要波函数信息，只有mol2不行的吧。没有Gaussian，可以用ORCA。
仔细看社长的http://sobereva.co ...

谢谢您我仔细学习一下

作者
Author: saccharide01 时间: 2022-11-28 04:00
本帖最后由 saccharide01 于 2022-11-28 04:01 编辑

死去的帖子突然开始攻击我。我从懒人脚本RESP2出发，向RESP2_ORCA.sh提供了mol2文件，经过计算后得到了chg文件，然后用站内网友提供的ch2mol2.sh直接将chg中的电荷导入了mol2。到此为止我获得了带有resp2电荷的mol2文件。然后再利用aypype转gromacs的拓扑文件，拓扑文件中的电荷自带为计算得到的resp2电荷。但此时acpype提示我电荷偏移过大： (, 下载次数 Times of downloads: 20) ,然后我改用sobtop成功获得小分子的拓扑文件，但是当蛋白-小分子复合物的拓扑文件按照分子动力学的流程往下走的时候，（具体的提示忘记截图了，抱歉！）gromacs会在能量最小化这一步由em.mdp生成em.tpr文件的时候提示由于电荷不为0所以会导致离子异常靠近（总之是一个警告），阻止生成em.tpr。我主要是想问下其实老师写的懒人脚本是允许提供结构然后一条龙最终算出电荷的，但是电荷与默认设定的整数有偏差是怎么一回事呢。
以下附一下我的一个小分子文件和我算出来的chg以及转化得到的resp文件（resp和resp2两个懒人脚本我都用了，并且反复计算，与整点电荷值误差最小在0.08）。 (, 下载次数 Times of downloads: 3) (, 下载次数 Times of downloads: 1) (, 下载次数 Times of downloads: 3) 电荷设置为0，自旋多重态设为1

作者
Author: saccharide01 时间: 2022-11-28 04:46
(, 下载次数 Times of downloads: 23) 然后先算了波函数在算了RESP电荷后就是0了，太棒了虽然不知道问题到底出在哪了。具体过程是orca (, 下载次数 Times of downloads: 1) ，然后计算标准的两步式RESP电荷。其实我很少用multiwfn，因为还是太小白了，做的分子动力学够用就行。但每次有用到multiwfn就感叹老师在量子化学方面造诣之深，犹如仙人指路。。

作者
Author: 牧生 时间: 2022-11-28 08:31
本帖最后由牧生于 2022-11-28 08:34 编辑

saccharide01 发表于 2022-11-28 04:00
死去的帖子突然开始攻击我。我从懒人脚本RESP2出发，向RESP2_ORCA.sh提供了mol2文件，经过计算后得到了chg ...

1、“aypype”，可能应该写作“acpype”
2、 (, 下载次数 Times of downloads: 19) 最好不要出现中文名

3、算RESP电荷，强烈推荐此贴的操作，简单又绝对不会错 http://bbs.keinsci.com/thread-28178-1-1.html

4、sobtop很简单，无脑都能用，为何不试试呢 http://sobereva.com/soft/Sobtop/

作者
Author: saccharide01 时间: 2022-11-28 19:42

牧生发表于 2022-11-28 08:31
1、“aypype”，可能应该写作“acpype”
2、最好不要出现中文名

你没有好好读题哦

1/2都是不影响小问题至于3我就是用3算的，4我已经做了但电荷为与整数相差过大的时候Gromacs会报warning中断，提示会引起离子的异常偏离

作者
Author: 牧生 时间: 2022-11-28 20:15
本帖最后由牧生于 2022-11-28 20:17 编辑

saccharide01 发表于 2022-11-28 19:42
你没有好好读题哦 1/2都是不影响小问题至于3我就是用3算的，4我已经做了但电荷为与整数相差过大的时 ...

和你一样的排版你也没有好好读题噢

1,2 都不是小问题，有些程序或脚本不能很好的识别中文 3 如果设定了电荷总数（1，或者2），那么，懒人脚本算出来的总电荷绝不会变，也是那个1或者2，或者0.99999999，或者1.99999999之类，不会偏离很大，可以手动改一下使其总和为设定的那个整的总数 4 电荷与整数偏差过大，考虑一下是不是有别的物质的电荷，或者离子的问题。可以加上-maxwarn 10来忽略

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Author: saccharide01 时间: 2022-11-29 15:39

牧生发表于 2022-11-28 20:15
和你一样的排版你也没有好好读题噢1,2 都不是小问题，有些程序或脚本不能很好的识别中文 3 如果 ...

总之这个问题其实是出在使用本站网友提供的脚本chg2mol2.sh生成RESP_mol2的时候小数无法保留完全，chg有12位小数但该脚本只能保存10位，少了后两位小数后再使用acpype就会判断电荷总数加起来偏移整数过大。

看来还是得完全复制粘贴行。其余的地方均无问题，懒人脚本算出来的总电荷是多少就是多少的。

作者
Author: saccharide01 时间: 2022-11-29 15:40

牧生发表于 2022-11-28 20:15
和你一样的排版你也没有好好读题噢1,2 都不是小问题，有些程序或脚本不能很好的识别中文 3 如果 ...

总之软件确实是没有任何bug的

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)