计算化学公社

标题: MS搜索过渡态自动配对出问题 [打印本页]

作者
Author: youtuBo 时间: 2020-5-25 11:24
标题: MS搜索过渡态自动配对出问题
我是用MS中的Dmol3模块进行过渡态搜索的，在TS Search前需要对原子进行配对，但是利用其中的auto find进行配对之后，发现许多原子配对都十分混乱。由于我的模型是高岭土表面，因此原子数很多，auto find之后发现许多配对原子都不对，但是要是一个个检查的话又很麻烦。请问有没有什么方法可以让他配对的成功率高一些呢？我认为我的表面前后变化并没有非常大啊

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-5-26 18:54
我自己的经验是这样：
1、你先建立反应物模型。
2、因为一般反应都是个别原子发生移动的，然后手工讲反应物的模型原子移动为产物模型。
3、分别进行优化。
4、进行配对，这样原子之间的编号都是对应的，即便Auto find不行你也可以顺着每个原子点set match，基本上不会出错。

作者
Author: youtuBo 时间: 2020-5-27 10:25

卡开发发发表于 2020-5-26 18:54
我自己的经验是这样：
1、你先建立反应物模型。
2、因为一般反应都是个别原子发生移动的，然后手工讲反应 ...

谢谢，我已经弄好了，我是先手动对易错的进行配对之后，一个个检查顺着set match点的。
我还有一个问题想要请教，就是我对这个进行过渡态搜索之后，显示能垒是-13.7kcal/mol，这个是怎么回事啊？
而且我是先用ts search 选择medium进行计算后，想用ts opt进行精修的，可是ts opt 都会计算失败，这是为什么呀？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-5-27 11:05

youtuBo 发表于 2020-5-27 10:25
谢谢，我已经弄好了，我是先手动对易错的进行配对之后，一个个检查顺着set match点的。
我还有一个问题 ...

拿找到的“过渡态”这个结构再优化一下试试呢？看看是否存在路径上其他极小点。

作者
Author: youtuBo 时间: 2020-5-27 15:56

卡开发发发表于 2020-5-27 11:05
拿找到的“过渡态”这个结构再优化一下试试呢？看看是否存在路径上其他极小点。

是对过渡态的xsd文件再进行结构优化一下吗？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-5-27 17:04

youtuBo 发表于 2020-5-27 15:56
是对过渡态的xsd文件再进行结构优化一下吗？

对。

作者
Author: youtuBo 时间: 2020-5-28 11:33

卡开发发发表于 2020-5-27 17:04
对。

那请问是进行构型优化之后，对得到的构型进行重新配对搜索过渡态吗？是将哪两个进行配对啊

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-5-28 14:41

youtuBo 发表于 2020-5-28 11:33
那请问是进行构型优化之后，对得到的构型进行重新配对搜索过渡态吗？是将哪两个进行配对啊

看新的结构与原来反应物产物是否结构相近。如果相近说明其中有个结构没优化好，取而代之来和另一个建立路径；如果不同于另外两个，说明原来的反应可能并非基元反应，分别在新的结构和原来两个结构建立路径分别搜索过渡态。

作者
Author: youtuBo 时间: 2020-5-28 15:29

卡开发发发表于 2020-5-28 14:41
看新的结构与原来反应物产物是否结构相近。如果相近说明其中有个结构没优化好，取而代之来和另一个建立路 ...

哦哦，我知道了，太感谢了♪(･ω･)ﾉ

作者
Author: ysmmsy8 时间: 2021-9-7 15:38

卡开发发发表于 2020-5-28 14:41
看新的结构与原来反应物产物是否结构相近。如果相近说明其中有个结构没优化好，取而代之来和另一个建立路 ...

老师，如果产生的新的过渡态结构和产物的结构类似，考虑反应物与过渡态之间是否还存在其他的过渡态中间体，因此把过渡态的模型拿出来进行结构优化后，还是与原来的产物结构超级相似，遇到这种情况改如何调整呢？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-9-8 13:20

ysmmsy8 发表于 2021-9-7 15:38
老师，如果产生的新的过渡态结构和产物的结构类似，考虑反应物与过渡态之间是否还存在其他的过渡态中间体 ...

最好先通过频率计算确定一下过渡态是不是过渡态，是的话再用TS confirm看看当中是否还存在其他中间体。

作者
Author: ysmmsy8 时间: 2021-9-8 19:46

卡开发发发表于 2021-9-8 13:20
最好先通过频率计算确定一下过渡态是不是过渡态，是的话再用TS confirm看看当中是否还存在其他中间体。

产生的过渡态的频率计算有两个虚频，一个频率是-140，对应的强度为186.57 km/mol；一个频率是-10.6，对应的强度为3480.91km/mol。但两个虚频对应的原子运动轨迹都不合理，且过渡态的能量基本和反应物与产物的能量持平。（老师，方便加您好友发详细的图片吗？）

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-9-8 20:13

ysmmsy8 发表于 2021-9-8 12:46
产生的过渡态的频率计算有两个虚频，一个频率是-140，对应的强度为186.57 km/mol；一个频率是-10.6，对应 ...

只是虚频振动方向不合理，还是TS confirm结果不合理？
当虚频很小的时候，虚频振动方向容易和直觉预期不一致，但这不一定代表过渡态找错了。比如一根键断裂，可能快要全断的时候有一个二面角转了一下，然后接着才全断，这时虚频可能是二面角转动的方向，容易误导你认为过渡态找错了，但是沿着两边扫IRC或做结构优化就会发现这个过渡态和你的目标反应物和产物确实是相连的。

作者
Author: ysmmsy8 时间: 2021-9-8 21:21

wzkchem5 发表于 2021-9-8 20:13
只是虚频振动方向不合理，还是TS confirm结果不合理？
当虚频很小的时候，虚频振动方向容易和直觉预期不 ...

还没有进行TS confirm，只进行了TS search，得到的能量图如下图1所示，过渡态的能量基本介于反应物与产物的能量之间，而并不是要比后两者高，由此做出判断这个过渡态搜索出来的结构不是过渡态，并且搜索出的过渡态与产物的结构很相似，图二所示（从左到右分别是反应物、过渡态、产物）

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-9-8 21:48

ysmmsy8 发表于 2021-9-8 14:21
还没有进行TS confirm，只进行了TS search，得到的能量图如下图1所示，过渡态的能量基本介于反应物与产物 ...

建议从这个过渡态往产物的反方向优化，尝试找到中间体，再用TS search找这个中间体和反应物之间的过渡态

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-9-9 00:07

ysmmsy8 发表于 2021-9-8 19:46
产生的过渡态的频率计算有两个虚频，一个频率是-140，对应的强度为186.57 km/mol；一个频率是-10.6，对应 ...

可以，具体看看图和详细信息吧，比如振动模式等。

作者
Author: ysmmsy8 时间: 2021-9-9 09:34

卡开发发发表于 2021-9-9 00:07
可以，具体看看图和详细信息吧，比如振动模式等。

下图1是震动频率和强度 (, 下载次数 Times of downloads: 74)

下图2是-10.6的频率对应的模型，与产物结构类似，只是结构角度的微调 (, 下载次数 Times of downloads: 51)
下图3从左往右分别是反应物、过渡态、产物 (, 下载次数 Times of downloads: 45)

下图4是过渡态搜索得到的能量 (, 下载次数 Times of downloads: 42)

作者
Author: ysmmsy8 时间: 2021-9-9 09:36

wzkchem5 发表于 2021-9-8 21:48
建议从这个过渡态往产物的反方向优化，尝试找到中间体，再用TS search找这个中间体和反应物之间的过渡态

我根据这个过渡态搜索得到的轨迹图做了好几个中间体的初猜模型，结构优化后，不是反应物的结构，就是产物的结构。。。。。。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-9-9 15:32

ysmmsy8 发表于 2021-9-9 02:36
我根据这个过渡态搜索得到的轨迹图做了好几个中间体的初猜模型，结构优化后，不是反应物的结构，就是产物 ...

第一确保初猜结构和过渡态足够近，第二把优化步长调得比平时小，再试

作者
Author: ysmmsy8 时间: 2021-9-9 16:31

wzkchem5 发表于 2021-9-9 15:32
第一确保初猜结构和过渡态足够近，第二把优化步长调得比平时小，再试

好滴，谢谢老师的解答~

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-9-9 18:11

ysmmsy8 发表于 2021-9-9 09:34
下图1是震动频率和强度

下图2是-10.6的频率对应的模型，与产物结构类似，只是结构角度的微调

有个原因，可能是晶面太小。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)