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标题: 如何把石墨炔的基本结构进行扩展？ [打印本页]

作者
Author: ruanyang 时间: 2015-9-20 19:20
标题: 如何把石墨炔的基本结构进行扩展？
请教一下各位，我按照文献画好了一个石墨炔的基本结构，想对它进行扩展（类似于supercell），但是不知道怎样处理，恳请各位帮忙！谢谢

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-9-21 00:44
晶格常数估计是不对的，凑合用一下吧。 (, 下载次数 Times of downloads: 264)

作者
Author: ruanyang 时间: 2015-9-21 08:02
您好，请问您是如何制作这个.cif文件的，我看到文献上提到了lattice parameter （a,b,γ）我不是很理解是什么意思？我想您也是按照这个晶格参数设置的吧。期待您的回复！

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-9-21 09:31

ruanyang 发表于 2015-9-21 08:02
您好，请问您是如何制作这个.cif文件的，我看到文献上提到了lattice parameter （a,b,γ）我不是很理解是什 ...

不是，我就是按照网上的图自己画的，然后装到Lattice里面，我手里没有Lattice parameter的资料，但是结构是一样的，因此只要修改lattice parameter就行了。

作者
Author: ruanyang 时间: 2015-9-21 10:15
您是如何“装到Lattice里面”的呢？我用MS，但是这方面的知识不是很了解！

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-9-21 13:08

ruanyang 发表于 2015-9-21 10:15
您是如何“装到Lattice里面”的呢？我用MS，但是这方面的知识不是很了解！

首先得找到最小的单元结构，你上面的那个结构没找对，我找的不是你上面的那个 (, 下载次数 Times of downloads: 92)
之后按照这个build crystal就行了，晶格参数取个测出来差不多的值就行了。构建完周期结构后做一些手工微调（原子间的连接，相对位置），最后再放宽条件找一下对称性。

作者
Author: ruanyang 时间: 2015-10-19 16:59
卡开发发老师您好，我查了一下文献我想要的unit cell应该是这样的。红线所示的内容，我按照您的方法没能画出来，不知道您是否在解释一下，谢谢！@卡开发发

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-10-19 22:08

ruanyang 发表于 2015-10-19 16:59
卡开发发老师您好，我查了一下文献我想要的unit cell应该是这样的。红线所示的内容，我按照您的方法没能画 ...

哦，我那个还少了个三键，这个就更加简单了，把苯环放到晶格中心难度会低一些。先把非PBC画出来然后贴到晶格中再做微调。

作者
Author: ruanyang 时间: 2015-10-19 22:21
您的意思是先把红框中的 unit cell画出来，然后在 build crystal？@卡开发发

作者
Author: 小书童 时间: 2015-10-24 19:07
请问这个图是在高斯View中画出来的吗？@卡开发发

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-10-24 20:18

ruanyang 发表于 2015-10-19 22:21
您的意思是先把红框中的 unit cell画出来，然后在 build crystal？@卡开发发

对，记得测量一下相应的长度，然后再build crystal，之后最好适当放宽标准找一下对称性。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-10-24 20:19

小书童发表于 2015-10-24 19:07
请问这个图是在高斯View中画出来的吗？@卡开发发

画周期结构还是MS方便点，可以将结构做成cif导入到gview当中，不过没啥特别的意义。

作者
Author: 小书童 时间: 2015-10-24 20:22

卡开发发发表于 2015-10-24 20:19
画周期结构还是MS方便点，可以将结构做成cif导入到gview当中，不过没啥特别的意义。

高斯对周期性的结构是不是只能够算结构优化啊？不能算反应过程啊？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-10-24 21:06

小书童发表于 2015-10-24 20:22
高斯对周期性的结构是不是只能够算结构优化啊？不能算反应过程啊？

能不能算反应我还真不知道。周期体系Gaussian计算相当慢，没啥太大价值。

作者
Author: 小书童 时间: 2015-10-24 22:01

卡开发发发表于 2015-10-24 21:06
能不能算反应我还真不知道。周期体系Gaussian计算相当慢，没啥太大价值。

周期性的还是用ms算吧？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-10-24 22:11

小书童发表于 2015-10-24 22:01
周期性的还是用ms算吧？

ms、vasp、siesta、cp2k等都行。

作者
Author: 小书童 时间: 2015-10-24 22:42

卡开发发发表于 2015-10-24 22:11
ms、vasp、siesta、cp2k等都行。

恩恩，谢谢，这里面免费的是哪一个呢？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-10-25 03:24

小书童发表于 2015-10-24 22:42
恩恩，谢谢，这里面免费的是哪一个呢？

siesta cp2k pwscf这些都是开源的。

作者
Author: ruanyang 时间: 2015-10-25 07:31
以搞定，谢谢@卡开发发谢谢@jiewei的手把手指导

作者
Author: 小书童 时间: 2015-10-25 08:49

卡开发发发表于 2015-10-25 03:24
siesta cp2k pwscf这些都是开源的。

谢谢您的指导，3Q！

作者
Author: anmin0127 时间: 2015-10-26 09:07
周期性结构的计算高斯很受限制的，所以不建议用，MS是处理周期性结构比较好的选择，但是有些计算精度略低

作者
Author: piaoxue001 时间: 2019-5-28 15:45

ruanyang 发表于 2015-10-19 22:21
您的意思是先把红框中的 unit cell画出来，然后在 build crystal？@卡开发发

请教一下具体步骤

作者
Author: 研田少女 时间: 2020-4-13 11:56

ruanyang 发表于 2015-10-19 22:21
您的意思是先把红框中的 unit cell画出来，然后在 build crystal？@卡开发发

老师您好，能请教一下具体的石墨炔超胞建模吗？我想要的结构跟您上述讨论的相同，期待您的回复。本人邮箱244520664@qq.com，请老师赐教。

作者
Author: jackiewu 时间: 2022-10-29 11:21

卡开发发发表于 2015-9-21 00:44
晶格常数估计是不对的，凑合用一下吧。

这个cif不正确

作者
Author: jackiewu 时间: 2022-10-29 11:22
按这个cif得到的结果是这样的，不正确

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-10-29 14:03

jackiewu 发表于 2022-10-29 11:22
按这个cif得到的结果是这样的，不正确

少画了一段，你可以用这个 (, 下载次数 Times of downloads: 23)

作者
Author: jackiewu 时间: 2022-10-29 15:31
这个没有问题了，谢谢！

作者
Author: jackiewu 时间: 2022-10-29 15:32

卡开发发发表于 2022-10-29 14:03
少画了一段，你可以用这个

谢谢

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