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标题: dmol3中ts opt如何分析 [打印本页]

作者
Author: youtuBo 时间: 2020-5-28 12:47
标题: dmol3中ts opt如何分析
我用dmol3搜索过渡态后，由于收敛精度为medium，因此想用ts opt进行过渡态精修，但是我认为一开始ts search得到的过渡态比较不错，对比ts opt后得到的xsd文件，opt的构型并不是中间过渡态该存在的构型，想问一下这是怎么回事？
还有，因为是第一次使用过渡态搜索，所以ts opt精修过渡态的意思是可以获得一个更为准确的过渡态构型和能量吗，那么这些是在哪里看呢？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-5-28 14:50
ts search后得到的结构不一定是过渡态，还得看频率验证的情况，一般来说只能作为一个过渡态的初始猜测。
ts opt是对过渡态进行精修，如果你能直接猜到过渡态的结构实际直接算频率做做ts opt也无妨，但通常表面上的过渡态会比较难猜。一般初猜落在接近于过渡态的二次区域ts opt会比较容易找到，但反之可能就比较困难。

作者
Author: youtuBo 时间: 2020-5-28 15:27

卡开发发发表于 2020-5-28 14:50
ts search后得到的结构不一定是过渡态，还得看频率验证的情况，一般来说只能作为一个过渡态的初始猜测。
t ...

这个ts opt对结果精修的意思是，过渡态构型更准确，能垒等也更精确吗，我想知道怎么看能垒是否有改变呢？还是说对ts search得到的能垒没有影响啊？
第一次接触希望大神指点

作者
Author: 浪啊我是 时间: 2020-5-28 15:34

youtuBo 发表于 2020-5-28 15:27
这个ts opt对结果精修的意思是，过渡态构型更准确，能垒等也更精确吗，我想知道怎么看能垒是否有改变呢？ ...

TS OPT能够更好的优化过渡态的结构，自然能量更加准确。用TS OPT的结果的能量减去反应物的能量就是能垒了，这个能量差和TS search的outmol里面的barrier energy比较就知道能垒有没有变化了。一般是以TS opt算出来的能垒为准

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-5-28 16:03

youtuBo 发表于 2020-5-28 15:27
这个ts opt对结果精修的意思是，过渡态构型更准确，能垒等也更精确吗，我想知道怎么看能垒是否有改变呢？ ...

ts opt得到的过渡态能量手动去减去反应物结构的能量，也能得到能垒，一般这个能垒和ts search的结果可能不同。ts search的比较粗糙，你可以理解为你不知道这个过渡态大概长啥样的时候给你提供一种猜测过渡态的方式，然后再拿这个结构去做ts opt，如果你一开始猜得到过渡态大致的样子，直接算频率做ts opt就行，search的过程当然就没必要了。

作者
Author: youtuBo 时间: 2020-5-28 16:30

卡开发发发表于 2020-5-28 16:03
ts opt得到的过渡态能量手动去减去反应物结构的能量，也能得到能垒，一般这个能垒和ts search的结果可能 ...

那就是直接在构型优化的过程中就勾选频率之后，直接做ts opt就可以了吗？
还有一个就是ts opt的过渡态能量反应在outmol上具体是在哪里啊，我看了一下结果，不知道具体是看哪里？

作者
Author: youtuBo 时间: 2020-5-28 16:32

浪啊我是发表于 2020-5-28 15:34
TS OPT能够更好的优化过渡态的结构，自然能量更加准确。用TS OPT的结果的能量减去反应物的能量就是能垒了 ...

那请问我有的时候进行ts opt计算时，算很久都无法收敛这是为什么呀？有哪些参数可以调整帮助ts opt进行收敛呢？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-5-28 17:00

youtuBo 发表于 2020-5-28 16:32
那请问我有的时候进行ts opt计算时，算很久都无法收敛这是为什么呀？有哪些参数可以调整帮助ts opt进行收 ...

有可能TS search的时候你指定的反应物、产物不合理，初猜的路径不合适，等等，导致TS search给出来的结构就不好。上面已经提到，TS opt在接近过渡态结构的话修的会比较好，随便给个结构当然比较困难，当然，DMol3的TS opt本身也没那么好。

作者
Author: youtuBo 时间: 2020-5-29 10:11

卡开发发发表于 2020-5-28 17:00
有可能TS search的时候你指定的反应物、产物不合理，初猜的路径不合适，等等，导致TS search给出来的结构 ...

你好，那ts confirmation计算的中间体的话会对结果有影响吗？中间体的存在与否对反应进行的难易程度是否有影响啊？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-5-29 11:34

youtuBo 发表于 2020-5-29 10:11
你好，那ts confirmation计算的中间体的话会对结果有影响吗？中间体的存在与否对反应进行的难易程度是否 ...

TS confirm如果能做出来有中间体意味着你的反应不是基元反应，也是按照前面说的分别在中间体和原有的反应物产物各自构建路径再搜过渡态。

作者
Author: youtuBo 时间: 2020-5-29 12:23

卡开发发发表于 2020-5-29 11:34
TS confirm如果能做出来有中间体意味着你的反应不是基元反应，也是按照前面说的分别在中间体和原有的反应 ...

哦哦，好的，谢谢大神回复

作者
Author: youtuBo 时间: 2020-6-1 21:27

卡开发发发表于 2020-5-28 14:50
ts search后得到的结构不一定是过渡态，还得看频率验证的情况，一般来说只能作为一个过渡态的初始猜测。
t ...

ts search后发现有多个虚频，然后我对结果进行ts conf计算，发现虚频完全消失了，这是怎么回事啊？那如果还剩唯一的虚频，是不是可以说明这是过渡态结构呢？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-6-1 23:03
本帖最后由卡开发发于 2020-6-1 23:06 编辑

youtuBo 发表于 2020-6-1 21:27
ts search后发现有多个虚频，然后我对结果进行ts conf计算，发现虚频完全消失了，这是怎么回事啊？那如果 ...

ts conf你可能是找到某个中间体了吧？ts conf是用来确定路径的，ts opt才是用来处理消除多余虚频这种问题的。

作者
Author: youtuBo 时间: 2020-6-2 09:14

卡开发发发表于 2020-6-1 23:03
ts conf你可能是找到某个中间体了吧？ts conf是用来确定路径的，ts opt才是用来处理消除多余虚频这种问题 ...

我是这样想的，ts conf是找中间体，但是应该虚频还是存在着的，所以用后面的ts opt来消除虚频。如果ts search的时候虚频还有4个，但是ts conf后就没有了：1、那是应该将中间体提取出来吗？2、还有这个怎么提取啊，我现在只知道对应path找最低点，再从xtd帧数中拖取。除了这个还有别的方法吗？3、如果不做ts conf直接做ts opt这样可以吗？要如何看虚频对应的过渡态是长什么样子的呢？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-6-2 09:38
本帖最后由卡开发发于 2020-6-2 09:42 编辑

youtuBo 发表于 2020-6-2 09:14
我是这样想的，ts conf是找中间体，但是应该虚频还是存在着的，所以用后面的ts opt来消除虚频。如果ts se ...

ts conf之后好像是能直接给出中间体的吧？如果实在不行就把中间比较低的对应帧提取出来再优化优化。ts conf和ts opt算法针对的问题不同：ts opt主要是用来精修过渡态的；ts conf则是确定过渡态是否对应反应物产物，当中是否还有其他中间体。
另外一个问题在这回复，频率计算的话在properties勾选frequency（周期边界体系要保证足够大的格子），ts opt过程中不见得需要全频率，这样可以稍微节约一些时间。最好在tools->vib analysis里面查看振动模式。

作者
Author: youtuBo 时间: 2020-6-2 13:15

卡开发发发表于 2020-6-2 09:38
ts conf之后好像是能直接给出中间体的吧？如果实在不行就把中间比较低的对应帧提取出来再优化优化。ts co ...

那请问是ts conf出来的xsd就是直接显示的中间体的样子吗？
我现在较为混乱的一个点是，如果我用ts conf没有发现中间体，这是不是说明我可以直接将ts search的xsd进行过渡态精修进行ts opt计算；如果发现了中间体，那我就得重新建立配对，分别进行ts search后寻找过渡态后重复进行ts conf和ts opt。
因为如果我没有进行过ts conf的话，那我也不能确定是否存在多个过渡态，那也无法进行过渡态精修吧？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-6-2 14:44

youtuBo 发表于 2020-6-2 13:15
那请问是ts conf出来的xsd就是直接显示的中间体的样子吗？
我现在较为混乱的一个点是，如果我用ts conf ...

1、是，除非计算出现中断。
2、我认为先优化过渡态比较好，之后再想办法从反应物到过渡态过渡态到产物建立LST路径做ts conf。因为往往可能search这个过程都不是必要的。
3、不是，按道理是初始结构接近哪个过渡态就会给优化到那个结构，当然不排除完全优化失败。

作者
Author: youtuBo 时间: 2020-6-3 09:48

卡开发发发表于 2020-6-2 14:44
1、是，除非计算出现中断。
2、我认为先优化过渡态比较好，之后再想办法从反应物到过渡态过渡态到产物建 ...

如果先优化过渡态的话，我看说需要先进行hessian计算，但是这个要通过virbation analysis里选择保留的虚频进行anmation才行，可是我不知道该选择哪一个虚频进行保留；
那我只是想要看吸附反应的能垒的话，那我应该就直接通过opt的结果来计算吗？
从反应物到过渡态和过渡态到产物进行ts conf的话是为了得到中间体吗？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-6-3 17:13

youtuBo 发表于 2020-6-3 09:48
如果先优化过渡态的话，我看说需要先进行hessian计算，但是这个要通过virbation analysis里选择保留的虚 ...

虚频跟踪（也就是说你所谓的保留）沿着反应方向（通常会是最负的那个），最终结果是看精修的。TS confirm就是字面的意思，做确定，而不是去搜索或优化。

作者
Author: youtuBo 时间: 2020-6-5 10:11

卡开发发发表于 2020-6-3 17:13
虚频跟踪（也就是说你所谓的保留）沿着反应方向（通常会是最负的那个），最终结果是看精修的。TS confirm ...

我现在用ts conf计算得到了某中间体，现在我对反应物和中间体及中间体和产物配对后进行ts search，但是中间体和产物的配对无法搜索到过渡态，这是为什么呢？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-6-5 18:27

youtuBo 发表于 2020-6-5 10:11
我现在用ts conf计算得到了某中间体，现在我对反应物和中间体及中间体和产物配对后进行ts search，但是中 ...

那个中间体再优化下呢？然后把这个优化后的结构去和反应物产物搜索过渡态。

作者
Author: youtuBo 时间: 2020-6-8 10:35

卡开发发发表于 2020-6-5 18:27
那个中间体再优化下呢？然后把这个优化后的结构去和反应物产物搜索过渡态。

我又重新看了一下我的构型，我认为ts conf得到的结果与生成物非常相似，我是不是可以认为这个搜索出来的中间体其实并不是中间体，而是一个非常靠近产物的结构，所以我的反应应该是基元反应？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-6-8 13:37

youtuBo 发表于 2020-6-8 10:35
我又重新看了一下我的构型，我认为ts conf得到的结果与生成物非常相似，我是不是可以认为这个搜索出来的 ...

那就是产物或反应物没优化好，这也是有可能的。

作者
Author: youtuBo 时间: 2020-6-9 09:59

卡开发发发表于 2020-6-8 13:37
那就是产物或反应物没优化好，这也是有可能的。

请问是即使构型优化显示成功了，也是有可能没有优化好这种可能的存在吗

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-6-9 10:17

youtuBo 发表于 2020-6-9 09:59
请问是即使构型优化显示成功了，也是有可能没有优化好这种可能的存在吗

存在，比如精度比较低，优化算法不加，这都有可能。

作者
Author: SUN12 时间: 2021-5-16 23:49

卡开发发发表于 2020-6-2 09:38
ts conf之后好像是能直接给出中间体的吧？如果实在不行就把中间比较低的对应帧提取出来再优化优化。ts co ...

老师您好，我想问一下，TS confirmation后的这个outmol是什么意思啊？
##  Current TS is not connected directly to reactant !!

A minimum  between Reactant-TS was found at:

## Image       5 6  7  8    -19.467579    0.0019    0.1969

##  Current TS is not connected directly to reactant !!

A minimum  between Reactant-TS with a lower energy than reactant was found at:

## Image       2 1  4  5    -19.467959    0.0017    0.0893

Perform further geometry optimization to get global minimum

A minimum smaller than 1 kcal/mol could be a spurious one

##  Current TS is connected directly with product

作者
Author: SUN12 时间: 2021-5-16 23:58

卡开发发发表于 2020-6-8 13:37
那就是产物或反应物没优化好，这也是有可能的。

那老师，“ts conf得到的结果与生成物非常相似”这种情况下，还需要将ts conf得到的产物与原来的反应物搜一个过渡态吗？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-5-17 00:28
本帖最后由卡开发发于 2021-5-17 00:29 编辑

SUN12 发表于 2021-5-16 23:49
老师您好，我想问一下，TS confirmation后的这个outmol是什么意思啊？
## Current TS is not connected ...

程序做TS conf只好找到了一个比你反应物更低的结构。建议把这个结构挑出来单独优化一次，然后保守一些可以继续用新的产物和之前的反应物及过渡态再进行TS conf。

作者
Author: SUN12 时间: 2021-5-17 08:59

卡开发发发表于 2021-5-17 00:28
程序做TS conf只好找到了一个比你反应物更低的结构。建议把这个结构挑出来单独优化一次，然后保守一些可 ...

好哒，谢谢您

作者
Author: xuhaoxuxing 时间: 2023-8-31 16:28

卡开发发发表于 2020-5-28 14:50
ts search后得到的结构不一定是过渡态，还得看频率验证的情况，一般来说只能作为一个过渡态的初始猜测。
t ...

卡老师，您好，我看您发的帐，回答的问题都很专业，想请教您几个关于用Dmol3过渡态搜索的问题：1.TS search 不计算频率，能否进行TS conf。2。是先用进行TS opt,再进行TS conf .3.进行消虚频时，怎么看收敛曲线。期待您的回复！

作者
Author: 卡开发发 时间: 2023-8-31 18:21

xuhaoxuxing 发表于 2023-8-31 16:28
卡老师，您好，我看您发的帐，回答的问题都很专业，想请教您几个关于用Dmol3过渡态搜索的问题：1.TS sear ...

1、TS conf不需要频率，只要TS search的xtd。
2、一般来说TS conf要在TS search后面，按道理在TS opt后面进行更合理，但程序不允许这么操作，需要额外技巧。
3、消虚频指的是？

作者
Author: xuhaoxuxing 时间: 2023-8-31 21:52
谢谢，老师。我做频率分析时，有两个负的频率，想通过，TS opt 去除一个，但是好像不收敛，于是我看了您发的贴，说是先做一下TSOPT，停下来，然后用优化后的结构进行频率计算后，再进TSopt去虚频，现在我正在做

作者
Author: xuhaoxuxing 时间: 2023-9-8 13:05
微生物

作者
Author: xuhaoxuxing 时间: 2023-9-8 13:09
老师，我有个关于DMOL3过渡态搜索的消虚频的问题要请教您，搜索有个虚频，不要的那虚频消不掉，怎么处理呢

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