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标题: 蛋白MD时个别残基RMSF过大，检查轨迹发现异常如何解决？ [打印本页]

作者
Author: a8223007 时间: 2020-5-28 15:15
标题: 蛋白MD时个别残基RMSF过大，检查轨迹发现异常如何解决？
本帖最后由 a8223007 于 2020-5-28 15:18 编辑

蛋白用swissmodel同源建模以后，进行水中的模拟，我之前按照官方教程做的，做出来用VMD看轨迹发现很大的问题，有的残基会被拉伸的特别长，请问这一般是怎么回事呢（按照官方教程水中的溶菌酶来做的，力场是54a7）？ (, 下载次数 Times of downloads: 20) 这是正常的结构
(, 下载次数 Times of downloads: 18) (, 下载次数 Times of downloads: 11) 这是某些帧的结构
另外，请问是先在真空中进行能量最小化后再添加离子溶剂呢？还是添加完溶剂离子再能量最小化（gromacs官方教程是这样的）？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-28 18:48
在mdp里让蛋白质设成消除平动，免得模拟过程中蛋白质飘到盒子边缘，造成你的现象

作者
Author: a8223007 时间: 2020-6-1 14:19

sobereva 发表于 2020-5-28 18:48
在mdp里让蛋白质设成消除平动，免得模拟过程中蛋白质飘到盒子边缘，造成你的现象

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