计算化学公社

标题: 求助：用make_ndx给分子中结构分组问题 [打印本页]

作者
Author: Pown 时间: 2020-5-28 15:52
标题: 求助：用make_ndx给分子中结构分组问题
请问，怎么用gmx make_ndx把一个分子中的某个结构或官能团单独归为一组，比如如何把单个分子中或整个系统中所有的苯环给分为一组？

我看之前帖子说把苯环相应的原子归为一组，这样可行吗，这样处理问题的话不还是以单个原子为单位，而不是以某个结构（比如苯环）为单位。

期待大家能够解惑！
谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-28 18:47
根据原子名进行选择就完了，所有分子里具有相同原子名的原子都会被选中

作者
Author: Pown 时间: 2020-5-28 20:39

sobereva 发表于 2020-5-28 18:47
根据原子名进行选择就完了，所有分子里具有相同原子名的原子都会被选中

明白了，谢谢老师

作者
Author: Masshiro 时间: 2023-8-8 00:38

sobereva 发表于 2020-5-28 18:47
根据原子名进行选择就完了，所有分子里具有相同原子名的原子都会被选中

sob老师您好，想请问下我已经按原子名称分好了两个组，是第5和第6个（分别对应受体A和给体D）：
  0 System             : 68000 atoms
  1 Other             : 68000 atoms
  2 MOL                : 68000 atoms
  3 r_1-16_r_42-50    :  1700 atoms
  4 a_1-16_a_42-50    : 25 atoms
  5 A                : 25000 atoms
  6 D                : 43000 atoms
想请问下要计算第5和第6组间的RDF，也就是D/A间的RDF，具体的命令要怎么写呢，我参考之前的博文试了以下的命令，但都出现了报错：
（1）gmx rdf -f final.xtc -s final.tpr -ref "res_com of resname A" -sel "res_com of resname D"
Error in user input: Selection 'res_com of resname A' never matches any atoms.
（2）gmx rdf -f final.xtc -s final.tpr -ref 'res_com of group D' -sel 'res_com of group A'
Inconsistency in user input:
Invalid index group reference(s)
  Cannot match 'group "D"', because no such index group can be found.
  Cannot match 'group "A"', because no such index group can be found.
谢谢sob老师的指点！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-8 01:55

Masshiro 发表于 2023-8-8 00:38
sob老师您好，想请问下我已经按原子名称分好了两个组，是第5和第6个（分别对应受体A和给体D）：
0 Sys ...

group "D"而非resname D

(, 下载次数 Times of downloads: 14)

作者
Author: Masshiro 时间: 2023-8-8 12:08

sobereva 发表于 2023-8-8 01:55
group "D"而非resname D

谢谢sob老师！
改成group、加上-n index.ndx，就可以成功算D/A间的RDF了（gmx rdf -f final.xtc -s final.tpr -n index.ndx -ref 'res_com of group D' -sel 'res_com of group A'）

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)