计算化学公社

标题: 请问除了gmx cluster还有什么好的聚类方法？ [打印本页]

作者
Author: yogurt 时间: 2020-5-28 23:48
标题: 请问除了gmx cluster还有什么好的聚类方法？
请问想对用gromacs模拟的轨迹进行聚类，以获得具有代表性的PDB结构，请问除了gmx cluster命令之外（因为不怎么会用，看了说明也没看明白），还有什么适合gromacs的聚类办法。谢谢。

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2020-5-29 03:17
我记得MDAnalysis或者MDTraj应该可以做聚类分析，具体是哪一个我记不清了，也可能二者均可。

如果要做tICA的话，可以考虑PyEMMA。

但如果你搜索了网上的gromacs教程后，还是搞不明白gmx cluster怎么用的话，估计前面提的三个软件你也不会用。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-29 06:54
gmx cluster是归簇工具，不是某种算法。此程序支持不止一种归簇算法
gmx cluster用起来实在太容易了，给两张我培训班的ppt作为提示，结合手册里此命令的介绍进行理解

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作者
Author: ene 时间: 2020-5-29 19:43

Daniel_Arndt 发表于 2020-5-29 03:17
我记得MDAnalysis或者MDTraj应该可以做聚类分析，具体是哪一个我记不清了，也可能二者均可。

如果要做tI ...

tICA是降维算法而不是聚类算法，对应的PCA之类的降维算法。聚类(就拿几何聚类来说)指的是k-means，k-center之类的算法。PyEMMA的workflow里面，从input features之内提取tICs和在对应前两大本征值的tIC上做聚类是两个步骤。

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2020-5-30 00:28

ene 发表于 2020-5-29 19:43
tICA是降维算法而不是聚类算法，对应的PCA之类的降维算法。聚类(就拿几何聚类来说)指的是k-means，k-cent ...

确实是我说的太匆忙。我个人习惯是做了tICA后就立刻用Markov state model。

作者
Author: ene 时间: 2020-5-30 00:41

Daniel_Arndt 发表于 2020-5-30 00:28
确实是我说的太匆忙。我个人习惯是做了tICA后就立刻用Markov state model。

跑MSM之前可以用VMAP做个打分看看，算是非常实用的功能

作者
Author: 15810593730 时间: 2020-7-12 23:06
为啥生成的pdb文件，用VMD和pymol得到的是不同的构象？（pymol和Gaussian得到的构象是一致的，）我看了pdb文件对应的帧的溶质的构象，发现应该是Pymol显示的这个。那VMD为什么会发生这种情况?

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-13 11:21

15810593730 发表于 2020-7-12 23:06
为啥生成的pdb文件，用VMD和pymol得到的是不同的构象？（pymol和Gaussian得到的构象是一致的，）我看了pdb ...

看清楚VMD显示的是哪帧

作者
Author: 15810593730 时间: 2020-7-13 16:11

sobereva 发表于 2020-7-13 11:21
看清楚VMD显示的是哪帧

多谢sob老师。竟然才注意到pdb文件也可以加载多帧

，那看来提取一些不连续的特定帧制作小电影也有思路了

作者
Author: NicoleDH 时间: 2021-10-8 17:28

sobereva 发表于 2020-5-29 06:54
gmx cluster是归簇工具，不是某种算法。此程序支持不止一种归簇算法
gmx cluster用起来实在太容易了，给两 ...

老师，请问选择每个簇的中心构象是用-cl选项吗？看官方的使用说明，我有点不太明白-wcl选项，它是将指定的簇的结构写入到编号的文件中吧？一般产生多少个簇比较合适呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-9 17:27

NicoleDH 发表于 2021-10-8 17:28
老师，请问选择每个簇的中心构象是用-cl选项吗？看官方的使用说明，我有点不太明白-wcl选项，它是将指定 ...

cluster.pdb里记录的就是各个簇里最有代表性的结构
没有产生多少个合适一说。结合实际情况凭直觉判断

作者
Author: NicoleDH 时间: 2021-10-13 22:00

sobereva 发表于 2021-10-9 17:27
cluster.pdb里记录的就是各个簇里最有代表性的结构
没有产生多少个合适一说。结合实际情况凭直觉判断

好的，谢谢老师~

作者
Author: dansor1 时间: 2022-4-6 19:56
请问各位老师，gmx cluster可以多核并行跑吗？

作者
Author: yph 时间: 2022-11-3 19:00
我想请问一下，我聚类之后产生的cluster.pdb文件不能显示二级结构呐，我想知道有哪个参数是控制这个嘛怎么把它导出来呐

作者
Author: yph 时间: 2022-12-24 12:02
想请问一下各位老师，gmx cluster里面不同的聚类算法有什么区别嘛，例如linkage、Monte Carlo还有前面老师提到的gromos

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