计算化学公社

标题: 求助绘制RDG图的等值面设置 [打印本页]

作者
Author: sunshixx 时间: 2020-5-29 00:46
标题: 求助绘制RDG图的等值面设置
各位老师好，最近我1. VMD所展现得等值面中，能看到最外侧出现了蓝红色相间，请问在等值面上可以对应吗，是否是同时对应-0.05，-0.035以及0.02，0.05的区间内呢？这种氢键是怎么产生的呢？是否是缘于建模问题还是..
2. 在散点图中看到0附近出现了一条spike，这个请问又说明什么呢？我看到sob老师的博文中说这个代表弱相互作用，可是这条绿线并没有在等值面中体现出来。
3. 我优化另一个体系，如图3，这条绿线却消失了，想请问下各位老师是什么原因导致。
不好意思各位老师，由于水平的原因，问题可能会有很多不合理的地方，还望各位老师赐教！

作者
Author: sunshixx 时间: 2020-5-29 00:48
各位老师，第一张图片是后面优化的体系，这个图片的顺序是反过来的

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-29 06:50
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反映出帖子具体内容，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“关于等值面设置”改了，以后务必注意

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充

怎么让图片显示的顺序和期望的一致，仔细看置顶的新社员必读贴，不要让图片处于未插入的状态

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-29 07:07
1
先说清楚你这是什么体系、具体怎么算的。
如果是用簇模型表达石墨烯局部，显然模型就是无法接受的，哪可能边缘都不用氢饱和
就算是第一性原理程序做的周期性计算，这盒子尺寸也太小了

两个碳之间怎么可能是氢键。sign(lambda2)rho非常负代表有强烈的吸引作用，不代表非得是氢键

2、3 无须理会

作者
Author: sunshixx 时间: 2020-5-29 11:58
好的老师我明白了。是周期性的模型，我也觉得这个体系做小了。但是我看别人有的文献做3*3的非团簇石墨烯，很是迷惑。我重新增大体系来做。万分感谢老师指导！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)