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标题: 求助vasp安装后测试的时候老是不行 [打印本页]

作者
Author: sunjie 时间: 2020-5-29 09:56
标题: 求助vasp安装后测试的时候老是不行
用的Intel_Parallel_Studio_XE_2019_Linux，安装老师的教程一步一步来，测试失败，然后也按照网上的修改参数，vasp_std编译是编译了，就是测试的时候老是不行，老是提示mpi的问题。结果如下：也不知道啥问题，感谢大佬们！！！！！！！[root@localhost vasp.Hg]# mpirun -np 4 vaspAbort(1094543) on node 1 (rank 1 in comm 0): Fatal error in PMPI_Init: Other MPI error, error stack:
MPIR_Init_thread(639)......:
MPID_Init(860).............:
MPIDI_NM_mpi_init_hook(689): OFI addrinfo() failed (ofi_init.h:689:MPIDI_NM_mpi_init_hook:No data available)
Abort(1094543) on node 2 (rank 2 in comm 0): Fatal error in PMPI_Init: Other MPI error, error stack:
MPIR_Init_thread(639)......:
MPID_Init(860).............:
MPIDI_NM_mpi_init_hook(689): OFI addrinfo() failed (ofi_init.h:689:MPIDI_NM_mpi_init_hook:No data available)
forrtl: error (78): process killed (SIGTERM)
Image             PC             Routine          Line       Source
vasp             0000000001567364  Unknown             Unknown  Unknown
libpthread-2.17.s  00007F0F8E32F630  Unknown             Unknown  Unknown
libpthread-2.17.s  00007F0F8E32E73E  read                Unknown  Unknown
libmpi.so.12.0.0 00007F0F8CFEC99F  Unknown             Unknown  Unknown
libmpi.so.12.0.0 00007F0F8CFEBD32  Unknown             Unknown  Unknown
libmpi.so.12.0.0 00007F0F8B62E8D0  Unknown             Unknown  Unknown
libmpi.so.12.0.0 00007F0F8B6DF613  MPIR_Err_return_c    Unknown  Unknown
libmpi.so.12.0.0 00007F0F8C2C3299  MPI_Init             Unknown  Unknown
libmpifort.so.12.  00007F0F8E0644EB  MPI_INIT             Unknown  Unknown
vasp             000000000041DF6D  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             000000000043C964  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             00000000013863F9  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             000000000040EBE2  Unknown             Unknown  Unknown
libc-2.17.so    00007F0F8A22C555  __libc_start_main    Unknown  Unknown
vasp             000000000040EAE9  Unknown             Unknown  Unknown
forrtl: error (78): process killed (SIGTERM)
Image             PC             Routine          Line       Source
vasp             0000000001567364  Unknown             Unknown  Unknown
libpthread-2.17.s  00007F1F3624F630  Unknown             Unknown  Unknown
libc-2.17.so    00007F1F321EF840  nanosleep          Unknown  Unknown
libc-2.17.so    00007F1F32220134  usleep             Unknown  Unknown

我的环境变量：source /opt/intel/impi/2019.1.144/intel64/bin/mpivars.sh
source /opt/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/bin/iccvars.sh intel64
source /opt/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/bin/ifortvars.sh intel64
source /opt/intel/parallel_studio_xe_2019/psxevars.sh
source /opt/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/bin/compilervars.sh intel64
source /opt/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/mkl/bin/mklvars.sh intel64
export PATH=/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/mkl/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=$PATH:/opt/share_linux/vasp.5.4.4/bin
export MKL_HOME=/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/mkl

[root@localhost vasp.Hg]# which icc
/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/bin/intel64/icc
[root@localhost vasp.Hg]# which ifort
/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/bin/intel64/ifort
[root@localhost vasp.Hg]# echo $MKLROOT
/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/mkl
[root@localhost vasp.Hg]# which mpicc
/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/mpi/intel64/bin/mpicc

Makefileinclude修改如下：MKLROOT = /opt/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/mkl #自己添加的
MKL_PATH = $(MKLROOT)/lib/intel64
BLAS    = -L$(MKL_PATH) -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread #自己添加的
LAPACK    = -L$(MKL_PATH) -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread #自己添加的
BLACS    = -L$(MKL_PATH) -lmkl_blacs_intelmpi_lp64 #修改了
SCALAPACK  = $(MKL_PATH)/libmkl_scalapack_lp64.a $(BLACS)

OBJECTS = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o fftw3d.o /opt/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/mkl/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.a #修改了

作者
Author: zblxyrz 时间: 2020-5-29 10:16
你这显然不是sob在置顶帖里面所述的最简单方法啊

作者
Author: abin 时间: 2020-5-29 11:07
如果是vasp5系列版本，请换用intel 2015版本试试。

或者参考，
https://www.bilibili.com/video/BV1U4411r7xZ/ 使用GNU系列安装。

https://youtu.be/umQY1l4jeBg 使用Intel 2015编译安装。

作者
Author: zalman 时间: 2020-5-30 20:07
可以直接用-mkl=cluster，不用设置blas那些数学库

作者
Author: JamesBourbon 时间: 2021-11-17 17:02
出现了一样的问题，而且是用着用着就出现了，以往运行正常。vasp版本分别是5.3和6.1.0，intel mkl是2019.1
目前仍未解决，vasp编译方法是sob老师在置顶帖里的最简方法
不知道有没有大佬指教一二（）

作者
Author: ludi 时间: 2022-1-7 15:02
一样的错误，参考https://slurm.schedmd.com/mpi_guide.html#intel_srun解决了。srun --mpi=list 查看了下类型。然后脚本中srun 后加了--mpi=pmi2 解决的。

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