计算化学公社

标题: 求助关于选择不同的函数形式对计算结果的影响 [打印本页]

作者
Author: 向往阳光 时间: 2020-5-29 11:09
标题: 求助关于选择不同的函数形式对计算结果的影响
在GMX中对于同一键相互作用有不同的函数形式。比如二面角项，常用的有周期型和Ryckaert〣ellemans。那么对于同一二面角的势能曲线，在拟合结果都很好的情况下，选用不同的函数形式会对计算结果产生影响吗？我先后选用周期型和Ryckaert〣ellemans模拟后计算二面角分布，分别得到了不同的结果。是这两种函数形式的计算方法有什么区别，还是我中间可能出了什么错误？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-29 12:00
原理上不应当有什么显著区别，建议先做个能量极小化，看看二面角势能到底是否是基本一样的，以排除写错的可能

作者
Author: diaok 时间: 2020-5-29 12:27
For the normal dihedral interaction there is a choice of either the GROMOS periodic function or a
function based on expansion in powers of cos (the so-called Ryckaert-Bellemans potential). This
choice has consequences for the inclusion of special interactions between the ﬁrst and the fourth
atom of the dihedral quadruple.
With the periodic GROMOS potential a special 1-4 LJ-interaction must be included;
with the Ryckaert-Bellemans potential for alkanes the 1-4 interactions must be excluded from the non-bonded list.
Note: Ryckaert-Bellemans potentials are also used in e.g. the OPLS force ﬁeld in combination with 1-4 interactions. You should therefore not modify topologies generated by pdb2gmx in this case.
手册里的
1-4作用需要调节？

作者
Author: 向往阳光 时间: 2020-5-29 13:47

sobereva 发表于 2020-5-29 12:00
原理上不应当有什么显著区别，建议先做个能量极小化，看看二面角势能到底是否是基本一样的，以排除写错的可 ...

嗯谢谢sob老师提醒，我才发现我写周期型的时候把psi和k的位置写反了，以前一直都没注意这个，一直觉得就是这样写的。😂😂

作者
Author: 向往阳光 时间: 2020-5-29 13:50

diaok 发表于 2020-5-29 12:27
For the normal dihedral interaction there is a choice of either the GROMOS periodic function or a
f ...

考虑1-4作用的话就要调节，直接把势能曲线向二面角项拟合的话去掉1-4项应该也没问题。至于手册写的这个我也不是太理解，难道不同函数的实现形式还不同？

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