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标题: 请问复合物质子化没做影响大不大 [打印本页]

作者
Author: yogurt 时间: 2020-5-29 21:44
标题: 请问复合物质子化没做影响大不大
我在PDB网站上下载了复合物的PDB文件。按照教程进行操作，当时没注意质子化的问题（刚自学模拟没多久，也不知道），就直接进行了模拟，请问影响大不大。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-30 07:18
显然质子化状态应当和实际尽可能一致。就算某些位置的残基质子化状态可能对你要研究的问题影响并不显著，但如果让别人知道了也是很不好的事

作者
Author: yogurt 时间: 2020-6-1 23:55

sobereva 发表于 2020-5-30 07:18
显然质子化状态应当和实际尽可能一致。就算某些位置的残基质子化状态可能对你要研究的问题影响并不显著，但 ...

那如果没做质子化，会影响结合能的哪一部分？ELE,VDW,polar，nopolar？谢谢老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-3 21:17

yogurt 发表于 2020-6-1 23:55
那如果没做质子化，会影响结合能的哪一部分？ELE,VDW,polar，nopolar？谢谢老师。

对ELE、polar影响甚巨
而且质子化状态和实际不符，跑出来的轨迹也会和实际不符，从而间接影响VDW、nonpolar

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