计算化学公社

标题: 请问g_mmpbsa中的△G是怎么来的？ [打印本页]

作者
Author: yogurt 时间: 2020-5-29 23:46
标题: 请问g_mmpbsa中的△G是怎么来的？
我使用g_mmpbsa计算了复合物体系中两条链的结合能，g_mmpbsa的输出是KJ/mol，我一直觉得很大，但是查看了一下，好像summary_energy.dat中的输出好像就是△G了，不需要再进行处理了。我在文献中找到了一个公式，请问这个公式是什么意思？KD好像是实验得到的。 (, 下载次数 Times of downloads: 50) 谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-30 07:14
(, 下载次数 Times of downloads: 48)
(, 下载次数 Times of downloads: 39)

作者
Author: qinzhong605 时间: 2020-5-30 15:00

sobereva 发表于 2020-5-30 07:14

社长，对接是单独开班还是开个网课呢？想学习一下呀。

作者
Author: yogurt 时间: 2020-5-30 15:55

sobereva 发表于 2020-5-30 07:14

那请问老师，这种方式是通过实验获得的数据计算的结合能么？与通过模拟然后用g_mmpbsa软件计算出来的结合能有什么联系么？谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-31 20:49

qinzhong605 发表于 2020-5-30 15:00
社长，对接是单独开班还是开个网课呢？想学习一下呀。

提供网络视频，因为内容不值得单独开一次班。
之前弄了一半，后来事太多，就搁浅了。继续弄完不知道得到什么时候

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-31 20:50

yogurt 发表于 2020-5-30 15:55
那请问老师，这种方式是通过实验获得的数据计算的结合能么？与通过模拟然后用g_mmpbsa软件计算出来的结合 ...

实验可以测出K，进而根据式子可以知道实验的结合自由能。计算模拟得到的结合自由能越接近实验说明结果越好

作者
Author: yogurt 时间: 2020-6-19 14:10

sobereva 发表于 2020-5-31 20:50
实验可以测出K，进而根据式子可以知道实验的结合自由能。计算模拟得到的结合自由能越接近实验说明结果越 ...

请问sob老师，用这种方法计算的结合能与MM/PBSA方法计算的结合能相比，是不是不能完全做比较，因为MM/PBSA缺少熵变的影响，所以是不是应该焓变加熵变的值才能和这种方法计算的结合能作比较。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-21 03:00

yogurt 发表于 2020-6-19 14:10
请问sob老师，用这种方法计算的结合能与MM/PBSA方法计算的结合能相比，是不是不能完全做比较，因为MM/PBS ...

可以比较
MM/PBSA通常不考虑熵变一方面是计算耗时高，另一方面是从实际结果看，考虑振动熵对结果往往也没什么改进。若要考虑熵也是可以的。

作者
Author: yogurt 时间: 2020-6-21 10:29

sobereva 发表于 2020-6-21 03:00
可以比较
MM/PBSA通常不考虑熵变一方面是计算耗时高，另一方面是从实际结果看，考虑振动熵对结果往往也 ...

谢谢老师，请问老师有什么办法可以获取体系的溶质的介电常数或者合适的介电常数么？因为我在使用MM/PBSA方法时发现，介电常数的设定对于静电相互作用和溶剂化自由能影响很大，我觉得自己的模拟做的还可以，所以想获得和实验相近的结合能结果。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-21 17:32

yogurt 发表于 2020-6-21 10:29
谢谢老师，请问老师有什么办法可以获取体系的溶质的介电常数或者合适的介电常数么？因为我在使用MM/PBSA ...

有的文章根据极性和非极性氨基酸所在的区域设不同介电常数，但并没有严格的办法去确定

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