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标题: 产生力场文件的问题求助 [打印本页]

作者
Author: terrorblade 时间: 2020-5-30 16:43
标题: 产生力场文件的问题求助
想做一点MD的任务，初学。根据文献，使用gromacs软件包，体系力场由gaff产生，力场参数和原子电荷使用HF6-31(d)和amber软件（resp）得到。参考网络上相关成功案例，基本是这样的过程：通过gaussian对分子结构优化并计算静电势得到.gesp文件作为antechamber你和resp电荷的输入文件，拟合resp电荷得到.mol2文件（包含构型和resp电荷）并使用parmchk2检查gaff参数生成参数缺失文件.frcmod。再使用sleap生成amber参数文件及坐标文件，最后用acpype将amber文件转化为gromacs文件.gro,.top
在实操中，运行完Gaussian并没有得到.gesp文件，参考《RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算》使用multiwfn做resp计算，简单快捷，不到1min完成任务得到.chg文件。Gaussian输出的.out文件使用gaussview观察结果可以看到esp电荷项。将Gaussian输出的.out文件保存为.mol2文件如下，其中没有电荷。将.chg文件中最后一列添加到.mol2文件电荷位置并保存，作为acpype的输入文件，输入acpype -i lig.mol2，显示ERROR: no 'antechamber' executable!
==> Executing Antechamber...
ACPYPE FAILED: 'ACTopol' object has no attribute 'acMol2FileName'
Total time of execution: less than a second.
我想请教各位，我实操的过程中有哪些错误，最后运行acpype出错应该怎么改？

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作者
Author: snljty 时间: 2020-5-30 16:56
AmberTools没装好吧？

作者
Author: terrorblade 时间: 2020-5-30 17:03

snljty 发表于 2020-5-30 16:56
AmberTools没装好吧？

谢谢！我是在网上找的大佬编译好的版本，在cmd里输入acpype或antechamber都可以显示出正常的样子，应该没问题吧。话说，不用amber拟合resp电荷这样处理正确吗？

作者
Author: liuyuje714 时间: 2020-5-30 17:11
你既然看过那个教程，就严格按照上面的做。win下编译的这个acpype是根本不能直接处理mol2一步到位产生top的。你必须事先得到参数文件最后acpype只是将amber的top转换成gmx 的top而已。

作者
Author: terrorblade 时间: 2020-5-30 18:20

liuyuje714 发表于 2020-5-30 17:11
你既然看过那个教程，就严格按照上面的做。win下编译的这个acpype是根本不能直接处理mol2一步到位产生top的 ...

谢谢你，我明白你的意思了。我直接用手动改写的.mol2文件作为parmchk2的输入文件，可用，生成了.frcmod文件，然后使用使用sleap生成amber参数文件及坐标文件，输入loadamberparams lig.frcmod显示Error: can not find file lig.frcmod in all the search path.然而我没有改变.frcmod文件的位置啊。附.frcmod文件如下：
Remark line goes here
MASS
C  12.010       0.616             same as c
N  14.010       0.530             same as n
S  32.060       2.900             same as ss
H  1.008       0.161             same as hn
O  16.000       0.434             same as o

BOND
C -C 290.10 1.550    same as  c- c, penalty score=  0.0
C -N 478.20 1.345    same as  c- n, penalty score=  0.0
C -S 261.90 1.762    same as  c-ss, penalty score=  0.0
N -S 281.60 1.717    same as  n-ss, penalty score=  0.0
C -H    0.00 0.000    ATTN, need revision
C -O 648.00 1.214    same as  c- o, penalty score=  0.0

ANGLE
C -C -C 62.300    111.680 same as c -c -c , penalty score=  0.0
C -C -N 67.530    112.140 same as c -c -n , penalty score=  0.0
C -N -S 61.970    120.370 same as c -n -ss, penalty score=  0.0
C -C -S 62.450    115.130 same as ca-c -ss, penalty score=  2.5
C -S -C 62.200    101.400 same as c -ss-c , penalty score=  0.0
C -N -C 65.330    127.140 same as c -n -c , penalty score=  0.0
N -S -N 66.450    103.100 same as n -ss-n , penalty score=  0.0
H -C -H    0.000    0.000 ATTN, need revision
H -C -N    0.000    0.000 ATTN, need revision
C -C -H    0.000    0.000 ATTN, need revision
C -C -O 67.160    120.990 same as c -c -o , penalty score=  0.0

DIHE
C -C -C -C 4 1.200    180.000          2.000    same as X -c -c -X , penalty score=  0.0
C -C -N -S 4 10.000    180.000          2.000    same as X -c -n -X , penalty score=  0.0
C -C -C -S 4 1.200    180.000          2.000    same as X -c -c -X , penalty score=  0.0
C -C -C -N 4 1.200    180.000          2.000    same as X -c -c -X , penalty score=  0.0
C -N -S -N 2 3.000       0.000          2.000    same as X -n -ss-X , penalty score=  0.0
C -C -N -C 4 10.000    180.000          2.000    same as X -c -n -X , penalty score=  0.0
C -C -S -C 2 6.200    180.000          2.000    same as X -c -ss-X , penalty score=  0.0
H -C -N -C 4 10.000    180.000          2.000    same as X -c -n -X , penalty score=  0.0
N -C -C -N 4 1.200    180.000          2.000    same as X -c -c -X , penalty score=  0.0
N -C -C -S 4 1.200    180.000          2.000    same as X -c -c -X , penalty score=  0.0
S -C -C -S 4 1.200    180.000          2.000    same as X -c -c -X , penalty score=  0.0
C -C -C -H 4 1.200    180.000          2.000    same as X -c -c -X , penalty score=  0.0
H -C -C -S 4 1.200    180.000          2.000    same as X -c -c -X , penalty score=  0.0
H -C -C -H 4 1.200    180.000          2.000    same as X -c -c -X , penalty score=  0.0
C -C -C -O 4 1.200    180.000          2.000    same as X -c -c -X , penalty score=  0.0

IMPROPER
C -C -C -N       1.1       180.0       2.0       Using the default value
C -C -C -C       1.1       180.0       2.0       Using the default value
C -C -C -S       1.1       180.0       2.0       Using the default value
H -H -C -H       1.1       180.0       2.0       Using the default value
C -C -N -C       1.1       180.0       2.0       Using the default value
C -C -C -H       1.1       180.0       2.0       Using the default value
C -C -C -O       1.1       180.0       2.0       Using the default value

NONBON
  C          1.9080  0.0860          same as c
  N          1.8240  0.1700          same as n
  S          2.0000  0.2500          same as ss
  H          0.6000  0.0157          same as hn
  O          1.6612  0.2100          same as o

作者
Author: terrorblade 时间: 2020-5-30 18:32

liuyuje714 发表于 2020-5-30 17:11
你既然看过那个教程，就严格按照上面的做。win下编译的这个acpype是根本不能直接处理mol2一步到位产生top的 ...

路径问题解决了，但是出现了新的问题，输入loadamberparams lig.mol2后出错，应该怎么修改?
[gtkleap]$ loadamberparams lig.mol2
Error: no enough atoms were specified for ANGL
Input: @<TRIPOS>MOLECULE

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-30 18:47
RESP电荷应当从Multiwfn给出的chg文件中读取，自己写到[atoms]段落
网上那种antechamber弄什么gesp文件的做法又烂又麻烦。已经有很多已发表的文章都是用的Multiwfn算的RESP电荷，当然不需要用Amber。Multiwfn算RESP电荷又方便又灵活又可靠又普适。
“Gaussian输出的.out文件使用gaussview观察结果可以看到esp电荷项”这没有意义。当前Gaussian输出文件里的那是CHELPG电荷。
当前acpype运行失败就是Ambertools没以恰当方式安装。如果水平不足，直接用acpype在线版就完了（这里说了：http://sobereva.com/266），提交个mol2直接返回拓扑文件，再自己把Multiwfn算的RESP替换到[atoms]段落的电荷那一列就OK了。别把简单问题搞复杂，也别盲目效仿网上的东西。
自己去amber手册里看loadamberparams命令的而使用就知道后头不可能接mol2文件。

作者
Author: terrorblade 时间: 2020-5-31 12:57

sobereva 发表于 2020-5-30 18:47
RESP电荷应当从Multiwfn给出的chg文件中读取，自己写到[atoms]段落
网上那种antechamber弄什么gesp文件的 ...

感谢大佬提供帮助！通过acpype在线版顺利进行，拿到输出文件。话说在线版还是比较慢的，打铁还需自身硬诚不欺我。

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