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标题: pdb文件中的水分子是否影响体系的模拟？ [打印本页]

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Author: yogurt 时间: 2020-5-31 22:10
标题: pdb文件中的水分子是否影响体系的模拟？
本帖最后由 yogurt 于 2020-5-31 22:53 编辑

我用pdb2gmx的时候，把pdb文件中的HETATM行都删除了（包括水分子），请问这些水是不是很重要啊？因为我现在计算结合能的以后做能量分解，发现贡献较大的排名前几位的都是Arg和Lys这两种氨基酸（这两个都是碱性氨基酸），是不是那些水分子是结合界面的水？所以出现这种情况，还是因为模拟的时候我的体系酸碱度设定的问题，我只加了几个离子使得体系处于中性，并没有做其他的。还有是不是我没做质子化处理的原因，谢谢老师解答。

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Author: sobereva 时间: 2020-6-1 07:52
除非是极为关键的水，诸如配体与蛋白之间形成了水桥什么的，其它只是表现环境作用的水一般都去掉
是什么水在VMD里一看结构便知
后一半的问题和删不删水没有直接关系。本来侧链带电荷的残基由于强静电作用，有较大可能对结合有较大贡献。

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Author: yogurt 时间: 2020-6-1 10:20

sobereva 发表于 2020-6-1 07:52
除非是极为关键的水，诸如配体与蛋白之间形成了水桥什么的，其它只是表现环境作用的水一般都去掉
是什么水 ...

那请问sob老师，质子化处理一般只是对组氨酸进行处理么，还是其他氨基酸也需要质子化处理，我直接百度不到相关信息？因为我看着Lys和Arg和组氨酸同属于碱性氨基酸，请老师能否推荐几个做预处理的或者做质子化的软件。谢谢您。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-3 21:15

yogurt 发表于 2020-6-1 10:20
那请问sob老师，质子化处理一般只是对组氨酸进行处理么，还是其他氨基酸也需要质子化处理，我直接百度 ...

百毒这种搞笑的东西就别拿来说事了...
通常情况下模拟LYS和ARG都得是质子化状态，HIS模棱两可。一般用pdb2gmx自动确定的就可以，要求高一些用PROPKA3之类确定

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Author: yogurt 时间: 2020-6-9 15:04

sobereva 发表于 2020-6-3 21:15
百毒这种搞笑的东西就别拿来说事了...
通常情况下模拟LYS和ARG都得是质子化状态，HIS模棱两可。一般用pd ...

sob老师，我现在会使用其他软件计算PKa了，但是不了解PKa和质子化的关系，就是PKa大于多少或者小于多少是什么状态，请问有相关文献或者文章么？我想确认一下用软件做出来的质子化状态和pdb2gmx自动确定的是否一样。谢谢老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-9 15:18

yogurt 发表于 2020-6-9 15:04
sob老师，我现在会使用其他软件计算PKa了，但是不了解PKa和质子化的关系，就是PKa大于多少或者小于多少是 ...

pKa显著大于当前模拟的pH的情况侧链质子化，若显著小于则侧链去质子化

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