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标题: 请问算自由能时若引入位置约束，那么要如何修正？ [打印本页]

作者
Author: cavalier 时间: 2020-6-1 16:40
标题: 请问算自由能时若引入位置约束，那么要如何修正？
最近在尝试用热力学积分算自由能的方法。我的体系是一根碳纳米管浸在水中，然后我想求得离子（或者简单点先研究个不带电的粒子也行）分布在管内外时自由能的差值。
由于LJ势去耦合时，当C6，C12特别小的时候，研究对象肯定会到处跑，到处穿越，所以我想用位置约束来限制研究对象待在管内/管外。
但是若加入一个位置约束，自由能的绝对值就包含了约束势，请问要如何去掉呢？
其实我有个简单的想法，如果我管内外的研究对象都加相同的位置约束，算自由能差的时候是不是可以抵消约束势的影响呢？
另外，确实PMF对这个体系比较合适，所以我下一步打算用PMF解决

作者
Author: cavalier 时间: 2020-6-2 09:54
请问是不是要像对于电荷相互作用和LJ相互作用那样，先慢慢关电荷再慢慢关LJ相互作用。
因此这里是不是要设置个初始先给约束，然后无LJ相互作用，然后先慢慢开LJ相互作用，再慢慢关掉约束，这类设置？
mdp里有个restraint_lambdas，这个参数是不是就可以实现慢慢关掉位置约束？

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