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标题: 求助：跃迁偶极矩单位问题 [打印本页]

作者
Author: bobo 时间: 2020-6-1 21:15
标题: 求助：跃迁偶极矩单位问题
本帖最后由 bobo 于 2020-6-3 05:00 编辑

各位老师，
   您好。
   计算intermolecular Coulomb coupling 需要跃迁偶极矩和质心矩，其中涉及单位的换算。有两个关于Gaussian文件中的单位问题：
1. 原子的坐标，请问坐标的单位是什么，是埃吗？
N                   -1 2.83275 1.976 -0.63965
C                   -1 1.5478 2.41509  -0.96232
C                   -1 1.09133 3.71776  -1.14989

2. 计算跃迁偶极矩结果如下, 显示单位是(Au)，请问这是什么长度单位？
Ground to excited state transition electric dipole moments (Au):
   state       X          Y          Z       Dip. S.    Osc.
      1       1.8031    -0.8816    0.1309    4.0454    0.2187
      2       -0.0627    0.0510    0.0235    0.0071    0.0005
      3       -0.8448    0.3670    -0.0539    0.8513    0.0607
      4       0.0387    -0.0238    -0.0089    0.0021    0.0002
      5       0.0179    0.0699    0.2853    0.0866    0.0077
3. 上述是文献中用公式计算需要用的参数，比较复杂。请问利用Gaussian可以直接计算出二聚体的分子间Coulomb coupling吗？

非常感谢帮忙！

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2020-6-1 22:27
本帖最后由 hebrewsnabla 于 2020-6-1 22:30 编辑

1. 问题表述不清。这是输入文件的，还是输出文件某一段的？

2. 是原子单位, atomic unit。跃迁偶极矩的单位显然不是长度单位。

作者
Author: bobo 时间: 2020-6-2 03:56

hebrewsnabla 发表于 2020-6-1 22:27
1. 问题表述不清。这是输入文件的，还是输出文件某一段的？

2. 是原子单位, atomic unit。跃迁偶极矩的 ...

您好，1中输出文件中分子的某一段，计算td时用nosymm关键词，所以输入分子中的这一段与输出结果是一样的。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-2 08:10
输入文件里的单位是埃，除非你写了units=bohr，此时才用Bohr

au=atomic unit，自行wiki便知细节

我对你说的intermolecular Coulomb coupling具体定义不清楚。如果是激子耦合，倒是Multiwfn直接就能算，看Multiwfn手册4.A.9节的介绍和例子

作者
Author: bobo 时间: 2020-6-2 19:19
本帖最后由 bobo 于 2020-6-3 03:17 编辑

sobereva 发表于 2020-6-2 08:10
输入文件里的单位是埃，除非你写了units=bohr，此时才用Bohr

au=atomic unit，自行wiki便知细节

非常感谢老师指导。还想请问一下具体操作：
4.A.9例子中的第二步(2) Extract coordinate of each monomer and write it into Gaussian input file, properly change keywords and perform electron excitation calculation to yield .wfn file containing natural orbitals derived from transition density. Note that nosymm keyword must be used to avoid Gaussian automatically translating and rotating the overall monomer coordinate.
我用给g16计算，从第一步提取出单体分别计算第二步，命令行这么写：b3lyp/6-31g td(singlets, nstates=10, root=1) [size=11.375px]IOp(9/40=4) density output=wfn nosymm请问这么写对吗？

作者
Author: bobo 时间: 2020-6-3 05:18

sobereva 发表于 2020-6-2 08:10
输入文件里的单位是埃，除非你写了units=bohr，此时才用Bohr

au=atomic unit，自行wiki便知细节

谢谢sob老师。
我用4.A.9的方法计算激子耦合得到上述的dimer.chg，将该文件放入Multiwfn计算耦合时，程序总是突然关闭，请问这是什么问题，我是哪一步操作有误吗？
感谢老师指导

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-3 20:59

bobo 发表于 2020-6-3 05:18
谢谢sob老师。
我用4.A.9的方法计算激子耦合得到上述的dimer.chg，将该文件放入Multiwfn计算耦合时，程 ...

八成是序号输入得有问题之类
把dimer.chg上传，并且说明启动Multiwfn后具体都输入了什么

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-3 21:01

bobo 发表于 2020-6-2 19:19
非常感谢老师指导。还想请问一下具体操作：
4.A.9例子中的第二步(2) Extract coordinate of each monome ...

6-31G完全没法用，仔细看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336（http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html）

对于当前目的可以不写IOp(9/40=4)，并不影响输出的wfn文件。其它的没问题

作者
Author: bobo 时间: 2020-6-3 21:40
本帖最后由 bobo 于 2020-6-3 21:43 编辑

sobereva 发表于 2020-6-3 20:59
八成是序号输入得有问题之类
把dimer.chg上传，并且说明启动Multiwfn后具体都输入了什么

感谢Sob老师，我把dimer.chg上传了，启动Multiwfn后直接将dimer.chg文件拖入，然会回车，没有输入其他，Multiwfn就直接关闭了。

老师我用的6-31g计算的，是不是跟这个有关系？我看了您给的基组选择的介绍决定改为6-311++G**重新计算了。

老师我还有个问题：对于已知分子晶体结构，需要算不同的dimer弱相互作用，请问可以直接通过Mercury找到要算的特定的dimer，另存为mol2文件, 再用chemdraw 3d转为gjf文件，这样操作可以吗
非常感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-6 11:05

bobo 发表于 2020-6-3 21:40
感谢Sob老师，我把dimer.chg上传了，启动Multiwfn后直接将dimer.chg文件拖入，然会回车，没有输入其他，M ...

另外帖子里已经回复了chg的问题。同一问题不要在两个帖子里问。

当前问题和基组没直接关系

可以

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