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标题: 计算大体系cluster时SCF非常慢 [打印本页]

作者
Author: c903509199 时间: 2020-6-2 13:43
标题: 计算大体系cluster时SCF非常慢
各位老师你们好！
我从晶体中抠出了几个分子，作为一个cluster，在gaussian中计算它的单点能。
cluster一共约200个原子，包含C、H、O、N和S，输入文件命令行为：

#p B3LYP/6-311+g(d) em=gd3

计算过程中发现及其慢，已经用了70000+分钟了，但SCF尚未收敛：

(, 下载次数 Times of downloads: 26)

请各位老师看看我的输入命令行有什么问题，或者求问老师们有什么加速SCF收敛的方法。
谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-2 13:47
体系又大，又加弥散，不慢才怪。
想更快就用ORCA，B97-3c跑200个原子单点很容易，精度也不错。要么根据具体要算的目的，恰当用混合基组之类做法节约时间。

作者
Author: c903509199 时间: 2020-6-2 13:57

sobereva 发表于 2020-6-2 13:47
体系又大，又加弥散，不慢才怪。
想更快就用ORCA，B97-3c跑200个原子单点很容易，精度也不错。要么根据具 ...

谢谢老师

作者
Author: Peter_zhong 时间: 2020-6-2 15:09
本帖最后由 Peter_zhong 于 2020-6-11 11:34 编辑

这描述和我最近一模一样啊不过我是用B3LYP/6-311g(d，p) em=gd3优化，优化了好几天了不知道有没有戏，没出现像你这种这么严重的震荡。我是否该杀了进程，学习一下orca，按照社长说的做？各位大佬有什么建议吗？

作者
Author: niobium 时间: 2020-6-2 15:15

Peter_zhong 发表于 2020-6-2 15:09
这描述和我最近一模一样啊不过我是用B3LYP/6-311g(d，p) em=gd3优化，优化了好几天了不知道有没有戏， ...

要看多少基函数啊，还有你服务器什么样的配置啊

作者
Author: snljty 时间: 2020-6-2 15:28

Peter_zhong 发表于 2020-6-2 15:09
这描述和我最近一模一样啊不过我是用B3LYP/6-311g(d，p) em=gd3优化，优化了好几天了不知道有没有戏， ...

给4L顺便给楼主回复一下，只要不是G09 E.01之前版本的Gaussian要算频率，通常不对B3LYP用0阻尼的D3，一般用BJ阻尼的。

作者
Author: snljty 时间: 2020-6-2 15:30

Peter_zhong 发表于 2020-6-2 15:09
这描述和我最近一模一样啊不过我是用B3LYP/6-311g(d，p) em=gd3优化，优化了好几天了不知道有没有戏， ...

你们这不是一个问题啊，你这个还有几何优化的问题，得看你算的是什么结构，普通分子和团簇几何优化收敛需要的步数差别极大。最好说一下你有什么电脑配置，大概是多少个原子的体系，大概什么样的体系，优化了多少步，优化目前收敛情况怎么样，每一轮SCF多长时间。

作者
Author: Peter_zhong 时间: 2020-6-2 16:17
本帖最后由 Peter_zhong 于 2020-6-2 22:36 编辑

snljty 发表于 2020-6-2 15:30
你们这不是一个问题啊，你这个还有几何优化的问题，得看你算的是什么结构，普通分子和团簇几何优化收敛需 ...

谢谢，刚漏打了，我是加了D3的，opt B3LYP/6-311g(d，p) em=gd3优化。9分子团簇，约200原子，只含、C、H、O，电脑36核+94G运行内存，Linux g09d下算，目的就是优化+算频率。目前优化了100多步，算上中途二面角成180度报错，总共优化了2百多步了。不知道怎么看每一轮SCF多长时间，望指导。每次任务正常结束，最后那几行给出的时间都是错误的。我目前观察到一天可以优化60-80步左右。希望大佬有空帮回答一下，不胜感激~刚看了一下目前的优化状况截图如下：

作者
Author: Peter_zhong 时间: 2020-6-2 16:19

niobium 发表于 2020-6-2 15:15
要看多少基函数啊，还有你服务器什么样的配置啊

谢谢，详细信息已经补全到下方。

作者
Author: abin 时间: 2020-6-2 16:35

Peter_zhong 发表于 2020-6-2 16:17
谢谢，刚漏打了，我是加了D3的。9分子团簇，约200原子，只含、C、H、O，电脑36核+94G运行内存，Linux g09 ...

G09系列，
最佳并行效率是12～16核心计算，核心再多，算得可能更慢哦。

换用G16 使用所有核心，可能效果不错。

作者
Author: snljty 时间: 2020-6-2 16:44

Peter_zhong 发表于 2020-6-2 16:17
谢谢，刚漏打了，我是加了D3的。9分子团簇，约200原子，只含、C、H、O，电脑36核+94G运行内存，Linux g09 ...

不是说“加了D3”，是说D3常见的有两种，D3(0)和D3(BJ)，括号代表阻尼类型，Gaussian里前者用EmpiricalDispersion=GD3，后者用EmpiricalDispersion=GD3BJ，不一样的。

作者
Author: Peter_zhong 时间: 2020-6-2 16:45
本帖最后由 Peter_zhong 于 2020-6-3 19:36 编辑

作者
Author: tiandikuoyuan 时间: 2020-6-2 20:30
先用xtb优化一下，再用Gaussian优化，加弥散之后计算非常慢。
投机取巧应该没有问题，大不了先用g16 （g09default）优化一下再用G09跑一下

作者
Author: chemhou 时间: 2020-6-3 02:52
这么大的体系用2-zeta基组基本就可以了

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-3 21:06

Peter_zhong 发表于 2020-6-2 16:17
谢谢，刚漏打了，我是加了D3的，opt B3LYP/6-311g(d，p) em=gd3优化。9分子团簇，约200原子，只含、C、H ...

这体现当前机子对当前体系用这个级别优化算得动
继续跑，如果再跑50轮，收敛趋势不明朗，加上帮助收敛的关键词，诸如GDIIS之类的，此文说了：
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

作者
Author: Peter_zhong 时间: 2020-6-11 11:33
本帖最后由 Peter_zhong 于 2020-6-11 11:36 编辑

sobereva 发表于 2020-6-3 21:06
这体现当前机子对当前体系用这个级别优化算得动
继续跑，如果再跑50轮，收敛趋势不明朗，加上帮助收敛的 ...

老师我根据您的建议尝试了博文以下两种方式：1、尝试opt=gdiis （优化快200步也是类似下图这种情况，被我停止了）
2、尝试opt(gdiis,maxstep=x,notrust)，x为3~5 （如下图，取上面的输出最后一帧算的，#p opt(gdiis,maxstep=5,notrust) b3lyp/6-311g(d,p) em=gd3 ）

目前目前收敛判据那还是4个 NO，是不是我的初始结构不合理，还是其他原因？还要继续算下去吗？（之后要做振动分析 loose就不考虑了）

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-12 00:01

Peter_zhong 发表于 2020-6-11 11:33
老师我根据您的建议尝试了博文以下两种方式：1、尝试opt=gdiis （优化快200步也是类似下图这种情况，被我 ...

recalc=3,maxstep=3再试

优化分子团簇就是非常折腾，得仔细看观看结构的震荡情况判断最佳做法，不是光看个曲线就能说清楚的。也可以试试opt=cartesian（此时需要去掉GDIIS）

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