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标题: 求助：amber做伞形抽样时两原子的距离限制不住 [打印本页]

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Author: qzhang0416 时间: 2020-6-2 14:35
标题: 求助：amber做伞形抽样时两原子的距离限制不住
各位老师好，最近在使用amber做伞形抽样，我的体系是一个金属离子和一个小分子，限制的是金属离子和小分子上的一个原子的距离，但当我对体系进行NVT加热的时候，发现轨迹中出现了不合理的距离，比如我限制的距离是2A，但NVT加热的轨迹文件中却有出现10A的距离，我的力常数设置也很大了，100KCal/mol,觉得出现10A很不合理，下面是我heat的in文件和限制文件,有做过伞形抽样遇到这种问题的吗，能不能帮忙看一下
2 ns  NVT heat for 2.2 distance
&cntrl
  imin=0, ntx=1, irest =0,
  nstlim=2000000, dt=0.001,
  ntc=2, ntf=2, cut=6.0,
  ntt=3, gamma_ln=1.0,
  ntb=1,  taup=5.0,
  tempi=0.0, temp0=300.0,
  ntpr=5000, ntwx=5000, ntwr=5000,
  nmropt = 1,ioutfm=1, ntxo=1, ig=-1, iwrap=1,
/
&wt TYPE='TEMP0', istep1=0, istep2=200000,
  value1=0.1, value2=300.0, /
&wt TYPE='END' /
DISANG=disang.2.2
Harmonic restraints for 2.2 distance
&rst
  iat=4,8,
  r1=0.0, r2= 2.2, r3= 2.2, r4=50.0,
  rk2=100, rk3=100,
&end

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