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标题: amber20的sander运行minimization失败 [打印本页]

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Author: caroline 时间: 2020-6-2 16:44
标题: amber20的sander运行minimization失败
本帖最后由 caroline 于 2020-6-2 16:47 编辑

请问老师，我在根据官网的教程学习http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial0/index.htm，进行到使用sander运行minimization，出现错误，错误如下：At line 764 of file /home-ys/users/YS_yangyf/jly/Softwares/Amber/amber20_src/AmberTools/src/sander/mdread1.F90 (unit = 5, file = '01_Min.in')Fortran runtime error: End of file

Error termination. Backtrace:
#0  0x2af9fdcca5be in next_record_r
at ../../../libgfortran/io/transfer.c:3455
#1  0x2af9fdcccc6e in finalize_transfer
at ../../../libgfortran/io/transfer.c:3990
#2  0x616cd2 in ???
#3  0x5e6fe3 in ???
#4  0x5e60da in ???
#5  0x5e6135 in ???
#6  0x2af9fdf8ad5c in ???
#7  0x450a88 in ???

01_min.out的内容如下所示

输入的命令为$AMBERHOME/bin/sander -O -i 01_Min.in -o 01_Min.out -p parm7 -c rst7 -r 01_Min.ncrst \-inf 01_Min.mdinfo
这该怎么解决呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-3 09:00
贴图方式不对，别人根本看不到01_min.out的内容。仔细看置顶的新社员必读了解怎么正确贴图

报错提示体现出是01_Min.in的内容有问题，仔细检查

作者
Author: caroline 时间: 2020-6-3 12:58

sobereva 发表于 2020-6-3 09:00
贴图方式不对，别人根本看不到01_min.out的内容。仔细看置顶的新社员必读了解怎么正确贴图

报错提示体现 ...

好的，我下次注意！谢谢老师的解答

作者
Author: songyidan 时间: 2021-7-26 21:07
我这里也出现了同样的报错，想问下如何解决，我的输入文件参照官网教程和其他网站也做过调整。我的输入文件如下：

作者
Author: t675210552 时间: 2021-9-28 11:00
同问，调整了min.in文件还是同样报错

作者
Author: chenbq18 时间: 2021-10-28 14:35
对于初学者，input文件报错大多格式或拼写不对。从tutorials下载的input文件只修改关键地方，其他不用动，尤其是空格空行

作者
Author: Kamala 时间: 2021-12-17 20:47

t675210552 发表于 2021-9-28 11:00
同问，调整了min.in文件还是同样报错

如果命令没有问题，那就可能是格式，比如&cntrl 应该顶格，下面的语句空格一个再编写，最后‘/’再顶格

作者
Author: xhxl 时间: 2023-4-13 23:23
最后的'/'后面有一个回车

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