计算化学公社

标题: 求助g_mmpbsa计算的结合能的具体细节 [打印本页]

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Author: yogurt 时间: 2020-6-2 23:33
标题: 求助g_mmpbsa计算的结合能的具体细节
自学了一下结合能的一些知识，但是还是有一些没搞懂。就是g_mmpbsa中的计算包含不包含氢键和疏水相互作用，氢键是一种静电相互作用？疏水相互作用是包含在非溶剂化自由能里面？还是，疏水相互作用属于熵变，g_mmpbsa压根不计算。请明白的老师指点迷津，谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-3 09:03
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反映出帖子具体内容，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“结合能的具体细节”改了，以后务必注意

氢键在主流分子力场里是靠静电作用主要体现的。照常算的非键作用自然就把氢键效应描述出来了。
氢键的本质是什么仔细看
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513（http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html）
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413（http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html）

疏水作用是熵效应，在溶解自由能的非极性部分里等效体现

作者
Author: yogurt 时间: 2020-6-11 16:56

sobereva 发表于 2020-6-3 09:03
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反 ...

sob老师，我模拟使用的是TIP3显式溶剂，但是g_mmpsa也计算出来了数值，好像是溶剂类型对结合能计算有影响。请问可以调节么？g_mmpbsa是基于什么溶剂类型？

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Author: sobereva 时间: 2020-6-11 23:36

yogurt 发表于 2020-6-11 16:56
sob老师，我模拟使用的是TIP3显式溶剂，但是g_mmpsa也计算出来了数值，好像是溶剂类型对结合能计算有影响 ...

PBSA本身就是隐式溶剂模型，看
谈谈分子模拟中的隐式溶剂模型与GB模型
http://sobereva.com/42
做MMPBSA的时候，起到环境效应的水分子都应当去掉。如果保留水也应当只是保留关键位点的

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Author: yogurt 时间: 2020-6-12 14:27
本帖最后由 yogurt 于 2020-6-12 14:30 编辑

sobereva 发表于 2020-6-11 23:36
PBSA本身就是隐式溶剂模型，看
谈谈分子模拟中的隐式溶剂模型与GB模型
http://sobereva.com/42

sob老师，我觉得我的静电相互作用太大跟我的介电常数设置有关，我设置的是2，我觉得太小。因为我看论文说介电常数设置正确会减小和实验获得的结合能的误差。

由于g_mmpbsa只能设置所有溶质和溶剂的介电常数，不能分组设置，因为氨基酸分为带电的，非极性的等等。所以我想设置一个最适合我这个体系的介电常数。

我在一个论坛中看到写了这么一句话：you may use 'gmx dipoles' to find solute dielectric which can be used as pdie. 请问老师应该如何获得体系中的溶质和溶剂合适的介电常数呢？还有就是我的模拟是用Gromacs跑的，我看g_mmpbsa的输入参数设置有个radii参数（mbondi，bondi etc.），应该是原子半径吧，这个设置成什么好？因为我模拟的时候不记得设置过这个参数。
谢谢您，期待您的回复。

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Author: sobereva 时间: 2020-6-13 01:14

yogurt 发表于 2020-6-12 14:27
sob老师，我觉得我的静电相互作用太大跟我的介电常数设置有关，我设置的是2，我觉得太小。因为我看论文说 ...

蛋白质区域的介电常数用2~4的都有，没有一个统一的标准。多参考其它用MMPBSA的文章
划分PBSA的溶质-溶剂区域需要用到原子半径，这俩在PBSA的适用性上的差异我没具体关注过，多看相关文章

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Author: yogurt 时间: 2020-6-24 17:01

sobereva 发表于 2020-6-13 01:14
蛋白质区域的介电常数用2~4的都有，没有一个统一的标准。多参考其它用MMPBSA的文章
划分PBSA的溶质-溶剂 ...

我根据文献已经确定了介电常数，想请问sob老师原子半径应该如何选择？我看着有四个选择bondi，mbondi，mbondi2，force-field。请问根据计算结果，我看着对溶剂化自由能影响还是比较大的，请问应该如何选择。谢谢。

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