计算化学公社

标题: 请问VMD的多个体系坐标轴能否对齐？ [打印本页]

作者
Author: yogurt 时间: 2020-6-5 00:29
标题: 请问VMD的多个体系坐标轴能否对齐？
我使用VMD的Wizard生成我PCA的分析图，我想使得我的野生型和突变型复合物的体系，看起来是一样的，就是在同一角度，因为我每次用鼠标调整总是调不好，就是想让他们大差不差的看上去类似的位置和角度，看起来比较舒服，请问有什么办法。贴个图在下面，期待老师的解答。 (, 下载次数 Times of downloads: 28)

作者
Author: snljty 时间: 2020-6-5 09:03
本帖最后由 snljty 于 2020-6-5 09:06 编辑

你是想说视角一样么？
调好一个视角，执行下面的命令

molinfo top get {center_matrix rotate_matrix scale_matrix}

复制代码

然后终端会输出一个代表当前视角的矩阵，拷贝下来。
比如{{1 0 0 0} {0 1 0 0} {0 0 1 0} {0 0 0 1}} {{0.942757 0.270104 0.195583 0} {-0.333321 0.745158 0.577612 0} {0.0102754 -0.60974 0.792535 0} {0 0 0 1}} {{0.300649 0 0 0} {0 0.300649 0 0} {0 0 0.300649 0} {0 0 0 1}}这样的。
然后加载新的分子，当你想更改成之前的视角的时候，使用

molinfo top set {center_matrix rotate_matrix scale_matrix} {刚才拷贝的视图矩阵}

复制代码

就可以使用之前的视角。如果你想说的是两个结构对齐，那用Extensions -> Analysis -> RMSD Calculator -> Align 功能对齐，注意更选区等

作者
Author: tlren 时间: 2025-2-8 18:01

snljty 发表于 2020-6-5 09:03
你是想说视角一样么？
调好一个视角，执行下面的命令

大神，molinfo top get的命令确实能获得视角矩阵，但是用molinfo top set的指令会出现报错“molinfo: incorrect format for 'set'”，请问这是啥情况呢。
以及请问如果我想批量同时修改多个分子的视角改怎么写呢？非常感谢！

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-2-8 21:12
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2025-2-8 21:14 编辑

tlren 发表于 2025-2-8 18:01
大神，molinfo top get的命令确实能获得视角矩阵，但是用molinfo top set的指令会出现报错“molinfo: inc ...

自己复制粘贴确实容易搞不清楚花括号的层次，这样的话不如直接存储于变量，也方便批量调用时直接赋值。比如载入第一个体系后调整好视角并定义

set viewpoints [molinfo top get {center_matrix rotate_matrix scale_matrix global_matrix}]

复制代码

等批量载入（假定产生了多个molecule ID）后，循环赋值即可

foreach mol [molinfo list] {
molinfo $mol set {center_matrix rotate_matrix scale_matrix global_matrix} $viewpoints }

复制代码

参考手册的12.1节，这里添加了一个global_matrix。

编辑：另外有个小小的请求，如果像上帖这样提问得到回答，可否提供个反馈呢？回个帖或者评个分都行，无论回答是很有帮助还是完全不对，提问者的回应可以给回答者一个确认，也可以帮助有相同问题的后来者解惑……

作者
Author: tlren 时间: 2025-2-9 16:42

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-2-8 21:12
自己复制粘贴确实容易搞不清楚花括号的层次，这样的话不如直接存储于变量，也方便批量调用时直接赋值。比 ...

非常感谢您的帮助！成功通过这段代码实现了批量统一视角

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