计算化学公社

标题: AMBER 多个副本做RMSD图的问题 [打印本页]

作者
Author: hyr95 时间: 2020-6-5 11:00
标题: AMBER 多个副本做RMSD图的问题
我有多个副本，想做到一张RMSD图上，参考结构选取某个副本的最后20ns结构的平均值。现在有几个问题
1.用xmgrace作图是不是可以写文章直接用。
2.怎么以某个副本的最后20ns结构的平均值为参考，Cα原子对齐，计算rmsd？

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-6-5 16:05
1.可以
2.VMD有个RMSD插件可以做Align

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-10 12:54
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的差异以及叠合两个结构
http://sobereva.com/290（http://bbs.keinsci.com/thread-1080-1-1.html）

注意一段轨迹里的平均结构是毫无意义的，结构会严重扭曲

作者
Author: hyr95 时间: 2020-6-10 20:37

sobereva 发表于 2020-6-10 12:54
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的差异以及叠合两个结构
http://sobereva.com/290（http://bbs.keinsci.com ...

那应该怎么选这段结构做参考？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-11 23:56

hyr95 发表于 2020-6-10 20:37
那应该怎么选这段结构做参考？

计算最有代表性的结构。比如计算所有帧之间的RMSD，找与其它帧的RMSD整体都最小的那一帧（GROMACS的gmx cluster做归簇也是这么取的有代表性的结构）

作者
Author: hyr95 时间: 2020-6-12 12:52

sobereva 发表于 2020-6-11 23:56
计算最有代表性的结构。比如计算所有帧之间的RMSD，找与其它帧的RMSD整体都最小的那一帧（GROMACS的gmx c ...

我想做三个体系的rmsd对比图（放到一个图里），参考结构选取这三个体系中最稳定的结构中与其他帧的RMSD整体都最小的那一帧作参考结构可以吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-13 01:29

hyr95 发表于 2020-6-12 12:52
我想做三个体系的rmsd对比图（放到一个图里），参考结构选取这三个体系中最稳定的结构中与其他帧的RMSD整 ...

看不懂你的问题
RMSD是对结构之间而言的，“三个体系的rmsd对比图”完全搞不懂是什么意思、谁和谁比。“最稳定的结构”的判据也不明

作者
Author: hyr95 时间: 2020-6-22 13:00
三个体系对比，参考结构是第三个体系最后20ns的平均结构。

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